Table showing results for February 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8Y8B	39040	2025-02-12	2024-02-06	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7303	902	14	0	26	0	0	logfile
✘	8P7D	17530	2025-02-14	2023-05-30	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9686	1008	6	83	3	1	0	logfile
✘	8ZYD	60562	2025-02-12	2024-06-17	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	0	logfile
✘	8XJW	38408	2025-02-15	2023-12-22	2.84	3.04	2.80	3.0	0.003	0.58	0.0	0.04	16.62	0.00	2.132	9.85	0.00	5.6	94.3	0.1	-0.92	0.66	0.71	2.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6248	690	5	31	1	6	0	logfile
✘	8YZD	39690	2025-02-11	2024-04-06	3.07	2.88	3.09	1.9	0.002	0.42	0.0	0.04	7.78	0.00	2.299	1.99	1.29	2.2	97.8	0.0	-1.69	0.87	0.87	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6436	792	2	0	0	0	0	logfile
✘	9EYi	50054	2025-02-13	2024-04-09	2.75	3.13	2.83	3.0	0.005	0.63	0.0	0.04	15.67	0.00	2.211	10.26	2.15	3.3	96.7	0.0	0.12	0.82	0.81	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9453	1248	5	8	0	0	0	logfile
✘	9B1K	44082	2025-02-11	2024-03-13	3.3	3.55	3.32	3.5	0.006	0.74	0.0	0.04	10.55	0.00	2.265	1.26	0.00	1.8	98.2	0.0	0.11	0.55	0.79	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3911	512	2	0	1	0	0	logfile
✘	8XUU	38684	2025-02-11	2024-01-14	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3598	431	3	0	9	0	0	logfile
✘	8XGU	38332	2025-02-13	2023-12-15	3.0	3.72	3.05	3.6	0.008	0.66	2.0	0.23	13.14	0.00	2.111	10.42	0.21	7.0	93.0	0.0	-0.32	0.69	0.81	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8799	1134	7	0	3	0	0	logfile
✘	8XSM	38622	2025-02-10	2024-01-09	3.01	3.31	3.04	3.3	0.008	0.93	0.0	0.05	13.81	0.01	2.161	5.27	1.40	3.8	96.2	0.0	-1.76	0.54	0.81	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2788	375	2	0	2	0	0	logfile
✘	8Y8J	39048	2025-02-11	2024-02-06	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5069	608	10	0	18	0	0	logfile
✘	9EYK	50056	2025-02-11	2024-04-09	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6639	891	5	8	0	0	0	logfile
✘	8VLU	43344	2025-02-13	2024-01-12	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8596	1096	4	0	9	0	0	logfile
✘	8VBE	43122	2025-02-12	2023-12-12	2.6	3.21	2.56	3.1	0.004	0.68	0.0	0.05	19.82	0.00	2.052	4.72	4.46	4.0	95.4	0.5	-0.35	0.79	0.86	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8421	931	4	39	3	0	0	logfile
✘	8U54	41912	2025-02-14	2023-09-12	2.65	3.71	2.66	3.5	0.006	0.79	0.0	0.05	12.07	0.01	2.221	3.48	0.17	3.6	96.4	0.0	-1.34	0.61	0.67	0.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10745	1359	4	0	2	0	0	logfile
✘	8WFS	37498	2025-02-13	2023-09-20	3.36	2.57	3.39	2.2	0.005	0.87	0.0	0.05	19.14	0.01	2.261	13.55	0.94	5.8	94.2	0.0	-1.77	0.73	0.75	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6274	808	13	0	14	0	0	logfile
✘	8VX4	43607	2025-02-11	2024-02-03	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3650	311	3	60	0	0	0	logfile
✘	8Y7Y	39026	2025-02-12	2024-02-05	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6860	861	13	0	27	0	0	logfile
✘	8KEP	37163	2025-02-11	2023-08-13	2.93	2.48	3.13	2.2	0.002	0.64	0.0	0.04	8.96	0.00	2.328	4.63	2.78	8.9	91.1	0.0	-4.25	0.71	0.73	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4834	622	3	0	0	0	0	logfile
✘	6NT9	0506	2025-02-14	2019-01-28	3.3	3.42	—	3.3	0.010	0.89	0.0	0.06	9.66	0.01	2.250	1.52	0.18	3.5	96.5	0.0	-2.03	0.81	0.86	3.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9906	1228	4	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 255
• next →