Table showing results for February 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8F7W	28911	2025-02-13	2022-11-20	3.19	3.44	3.14	3.4	0.004	0.80	0.0	0.06	8.29	0.01	2.282	3.96	0.10	1.9	98.1	0.0	-1.80	0.58	0.75	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9087	1145	7	0	5	0	0	logfile
✘	7N76	24221	2025-02-12	2021-06-09	2.9	3.57	2.96	3.3	0.005	0.64	0.0	0.07	12.16	0.00	2.074	5.80	0.00	3.3	96.7	0.0	0.22	0.70	0.83	3.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7399	1036	2	0	0	3	0	logfile
✘	7Fii	31598	2025-02-14	2021-07-31	4.3	4.37	—	4.1	0.002	0.36	0.0	0.04	8.97	0.00	2.073	1.66	0.00	0.9	99.1	0.0	3.08	0.64	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8765	1522	6	0	0	0	0	logfile
✘	7LLL	23425	2025-02-13	2021-02-04	3.7	3.48	3.62	3.7	0.006	0.90	0.0	0.06	13.68	0.01	2.124	8.45	0.11	7.1	92.9	0.0	-4.22	0.68	0.82	2.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8940	1153	6	0	0	0	0	logfile
✘	7F3T	31440	2025-02-11	2021-06-17	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5632	660	4	0	2	0	0	logfile
✘	7Xi9	33200	2025-02-12	2022-04-12	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7620	870	8	24	4	232	0	logfile
✘	7EZ2	31386	2025-02-13	2021-06-01	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8698	0	4	406	31	0	0	logfile
✘	6KPF	0744	2025-02-13	2019-08-15	2.9	3.03	—	3.0	0.007	0.91	0.0	0.05	14.93	0.01	2.215	5.40	0.00	4.4	95.4	0.2	-4.46	0.67	0.82	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8775	1135	6	0	1	0	0	logfile
✘	7Mo8	23920	2025-02-14	2021-05-01	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9877	1250	3	0	6	0	0	logfile
✘	7L1U	23118	2025-02-13	2020-12-15	3.2	3.71	—	3.7	0.011	1.00	0.0	0.06	13.51	0.01	2.202	3.03	0.78	3.6	96.4	0.0	-3.21	0.67	0.85	3.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8723	1148	7	0	1	0	0	logfile
✘	7A8Z	11680	2025-02-12	2020-08-31	3.35	3.81	3.38	3.7	0.004	0.59	0.0	0.04	14.41	0.00	2.254	7.18	0.00	7.6	92.3	0.1	-1.49	0.68	0.75	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8402	1103	2	0	0	0	0	logfile
✘	7N7P	24230	2025-02-11	2021-06-10	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5400	626	4	0	2	0	0	logfile
✘	7Y6U	33648	2025-02-14	2022-06-21	3.2	4.00	3.27	3.5	0.004	0.69	0.0	0.05	18.86	0.00	2.170	7.45	0.00	5.5	94.2	0.3	-0.28	0.66	0.83	3.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9915	1224	13	0	40	0	0	logfile
✘	6C14	7328	2025-02-14	2018-01-03	4.5	4.15	—	4.0	0.005	1.04	0.0	0.06	9.46	0.01	2.263	5.29	0.27	6.8	93.2	0.0	-4.44	0.55	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6746	860	4	0	0	0	0	logfile
✘	6RJU	4906	2025-02-10	2019-04-29	3.2	4.49	2.14	10.0	0.007	0.94	0.0	0.05	15.36	0.00	2.423	4.52	0.00	11.6	88.4	0.0	-7.10	0.22	-0.01	-0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1992	131	1	0	0	0	997	logfile
✘	7YGB	33814	2025-02-13	2022-07-11	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8738	0	5	407	54	0	0	logfile
✘	7KLV	22919	2025-02-14	2020-11-01	3.1	3.02	—	3.1	0.004	0.65	0.0	0.04	15.24	0.00	1.974	6.77	0.09	4.1	95.9	0.0	-0.12	0.74	0.85	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9871	1226	4	0	6	0	0	logfile
✘	8A03	15046	2025-02-11	2022-05-26	3.2	3.30	3.21	3.3	0.002	0.44	0.0	0.04	14.18	0.00	2.399	3.41	0.00	2.4	97.6	0.0	0.63	0.51	0.84	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5511	717	3	0	0	0	0	logfile
✘	8F6J	28885	2025-02-14	2022-11-16	3.7	3.93	3.62	3.9	0.003	0.51	0.0	0.04	14.39	0.01	2.084	6.66	0.00	6.0	93.6	0.4	-0.50	0.73	0.81	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10472	1366	8	0	8	0	0	logfile
✘	7WSC	32753	2025-02-11	2022-01-28	3.78	4.01	—	4.0	0.013	1.67	5.0	0.10	15.34	0.01	1.600	41.09	4.99	14.7	81.6	3.6	-4.09	0.65	0.78	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3369	422	4	0	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 255
• next →