Table showing results for February 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8KEP	37163	2025-02-11	2023-08-13	2.93	2.48	3.13	2.2	0.002	0.64	0.0	0.04	8.96	0.00	2.328	4.63	2.78	8.9	91.1	0.0	-4.25	0.71	0.73	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4834	622	3	0	0	0	0	logfile
✘	8JL4	36388	2025-02-14	2023-06-02	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9588	1066	8	0	86	0	0	logfile
✘	9EYi	50054	2025-02-13	2024-04-09	2.75	3.13	2.83	3.0	0.005	0.63	0.0	0.04	15.67	0.00	2.211	10.26	2.15	3.3	96.7	0.0	0.12	0.82	0.81	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9453	1248	5	8	0	0	0	logfile
✘	8VUQ	43536	2025-02-13	2024-01-29	3.85	4.17	3.94	4.1	0.003	0.62	0.0	0.04	17.33	0.01	2.133	8.08	0.66	12.1	87.5	0.4	-1.68	0.71	0.83	1.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8657	1161	4	0	0	0	0	logfile
✘	8WBG	37424	2025-02-15	2023-09-09	3.2	3.51	3.33	3.6	0.003	0.58	0.0	0.04	13.02	0.00	2.197	6.61	0.17	5.0	94.9	0.1	-1.10	0.64	0.77	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10854	1357	4	0	0	0	0	logfile
✘	8K9L	36990	2025-02-13	2023-08-01	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8919	1142	9	0	3	0	0	logfile
✘	8K9K	36989	2025-02-13	2023-08-01	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8923	1142	8	0	2	0	0	logfile
✘	8P7D	17530	2025-02-14	2023-05-30	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9686	1008	6	83	3	1	0	logfile
✘	9BKJ	44642	2025-02-11	2024-04-29	2.59	2.90	2.70	2.9	0.005	0.75	0.0	0.05	12.93	0.00	2.260	9.17	0.71	2.0	97.8	0.2	1.02	0.61	0.68	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6795	891	6	0	1	0	0	logfile
✘	8iKG	35511	2025-02-12	2023-02-28	3.4	3.67	3.39	3.7	0.005	0.71	1.0	0.04	13.86	0.00	2.225	11.28	0.34	4.7	95.3	0.0	-0.19	0.63	0.76	1.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8456	1098	6	0	1	0	0	logfile
✘	9B1K	44082	2025-02-11	2024-03-13	3.3	3.55	3.32	3.5	0.006	0.74	0.0	0.04	10.55	0.00	2.265	1.26	0.00	1.8	98.2	0.0	0.11	0.55	0.79	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3911	512	2	0	1	0	0	logfile
✘	8WJG	37579	2025-02-11	2023-09-25	3.0	3.18	2.87	3.3	0.005	1.21	0.0	0.06	15.28	0.01	2.211	6.71	2.03	2.6	97.4	0.0	0.84	0.51	0.73	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3952	533	1	0	0	0	0	logfile
✘	8UBW	42107	2025-02-12	2023-09-25	2.59	3.18	2.61	3.0	0.002	0.48	0.0	0.03	14.62	0.00	2.236	3.93	0.85	1.4	98.6	0.0	3.39	0.70	0.88	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6741	418	2	0	4	38	3343	logfile
✘	8Y91	39066	2025-02-13	2024-02-06	3.13	3.47	3.24	3.4	0.004	0.55	0.0	0.04	11.48	0.00	1.938	9.24	5.04	4.4	95.6	0.0	-1.65	0.48	0.65	1.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9072	1130	4	0	6	0	0	logfile
✘	8ZYD	60562	2025-02-12	2024-06-17	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	0	logfile
✘	8XoA	38524	2025-02-10	2023-12-31	3.03	3.24	3.01	3.3	0.007	1.00	1.0	0.06	11.52	0.01	2.346	6.05	0.00	1.3	98.7	0.0	0.90	0.57	0.77	2.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2713	376	2	0	1	0	0	logfile
✘	8GFX	29987	2025-02-11	2023-03-08	3.0	3.31	3.10	3.3	0.004	0.53	0.0	0.04	13.47	0.00	2.248	3.22	0.00	2.2	97.8	0.0	0.67	0.64	0.88	4.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6725	896	6	0	2	1	0	logfile
✘	8GFV	29985	2025-02-11	2023-03-08	3.1	3.40	3.19	3.4	0.004	0.58	0.0	0.04	14.48	0.00	2.278	2.46	0.00	1.7	98.3	0.0	1.20	0.67	0.89	4.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6702	892	8	0	2	3	0	logfile
✘	8XZG	38795	2025-02-12	2024-01-21	3.2	3.59	3.31	3.6	0.008	0.88	0.0	0.06	14.04	0.00	2.173	9.19	1.56	6.1	93.8	0.1	-2.72	0.62	0.77	2.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7172	919	5	0	0	0	0	logfile
✘	8XGU	38332	2025-02-13	2023-12-15	3.0	3.72	3.05	3.6	0.008	0.66	2.0	0.23	13.14	0.00	2.111	10.42	0.21	7.0	93.0	0.0	-0.32	0.69	0.81	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8799	1134	7	0	3	0	0	logfile

• Page 1 of 255
• next →