Table showing results for February 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8WBG	37424	2025-02-15	2023-09-09	3.2	3.51	3.33	3.6	0.003	0.58	0.0	0.04	13.02	0.00	2.197	6.61	0.17	5.0	94.9	0.1	-1.10	0.64	0.77	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10854	1357	4	0	0	0	0	logfile
✘	8REV	19109	2025-02-12	2023-12-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7797	898	7	26	2	0	0	logfile
✘	8K18	36788	2025-02-11	2023-07-10	3.68	5.01	5.15	3.7	0.014	1.85	0.0	0.09	13.98	0.03	1.995	12.12	0.85	7.1	92.9	0.0	-1.91	0.53	0.34	1.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3246	414	3	0	0	0	0	logfile
✘	8AZ0	15728	2025-02-10	2022-09-05	3.4	3.10	3.36	3.6	0.006	0.74	0.0	0.05	8.05	0.01	2.611	0.94	0.00	7.7	92.3	0.0	-4.46	0.50	0.87	5.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2180	280	20	0	10	0	0	logfile
✘	8UBW	42107	2025-02-12	2023-09-25	2.59	3.18	2.61	3.0	0.002	0.48	0.0	0.03	14.62	0.00	2.236	3.93	0.85	1.4	98.6	0.0	3.39	0.70	0.88	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6741	418	2	0	4	38	3343	logfile
✘	8Y91	39066	2025-02-13	2024-02-06	3.13	3.47	3.24	3.4	0.004	0.55	0.0	0.04	11.48	0.00	1.938	9.24	5.04	4.4	95.6	0.0	-1.65	0.48	0.65	1.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9072	1130	4	0	6	0	0	logfile
✘	8R8T	19009	2025-02-10	2023-11-29	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3256	418	2	0	1	0	0	logfile
✘	8XZG	38795	2025-02-12	2024-01-21	3.2	3.59	3.31	3.6	0.008	0.88	0.0	0.06	14.04	0.00	2.173	9.19	1.56	6.1	93.8	0.1	-2.72	0.62	0.77	2.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7172	919	5	0	0	0	0	logfile
✘	8UNS	42415	2025-02-11	2023-10-19	3.4	3.73	3.46	3.7	0.004	0.77	0.0	0.05	14.48	0.00	2.332	3.61	0.00	2.1	97.9	0.0	1.05	0.65	0.86	4.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6683	916	6	0	2	1	0	logfile
✘	8K69	36919	2025-02-12	2023-07-25	2.33	2.41	2.31	2.4	0.007	0.94	0.0	0.06	17.64	0.01	2.040	9.84	5.85	2.9	96.9	0.2	0.30	0.57	0.77	5.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7744	916	6	0	18	126	0	logfile
✘	8GFV	29985	2025-02-11	2023-03-08	3.1	3.40	3.19	3.4	0.004	0.58	0.0	0.04	14.48	0.00	2.278	2.46	0.00	1.7	98.3	0.0	1.20	0.67	0.89	4.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6702	892	8	0	2	3	0	logfile
✘	8XBX	38232	2025-02-11	2023-12-07	4.36	6.89	4.04	7.5	0.005	0.90	0.0	0.04	18.16	0.01	2.260	13.70	0.00	0.9	99.1	0.0	-0.16	0.65	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5873	663	5	38	0	0	0	logfile
✘	7YG6	33809	2025-02-11	2022-07-11	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6025	727	3	9	2	0	0	logfile
✘	8Z7W	39830	2025-02-10	2024-04-21	3.09	3.32	3.05	3.4	0.007	1.03	3.0	0.07	17.01	0.02	2.241	20.67	3.30	3.7	96.3	0.0	-0.06	0.59	0.82	1.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3107	387	2	0	1	0	0	logfile
✘	8H3S	32829	2025-02-12	2022-10-09	4.9	4.75	—	7.3	0.002	0.44	0.0	0.04	9.51	0.00	2.202	10.15	2.76	7.4	92.6	0.0	-4.26	0.85	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6901	888	3	0	0	0	0	logfile
✘	8PB1	17580	2025-02-11	2023-06-08	3.5	3.99	3.47	3.7	0.005	0.86	0.0	0.06	15.49	0.01	2.253	6.71	0.26	3.7	96.3	0.0	-0.98	0.75	0.78	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6652	829	8	0	8	1	0	logfile
✘	8WJG	37579	2025-02-11	2023-09-25	3.0	3.18	2.87	3.3	0.005	1.21	0.0	0.06	15.28	0.01	2.211	6.71	2.03	2.6	97.4	0.0	0.84	0.51	0.73	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3952	533	1	0	0	0	0	logfile
✘	8GFX	29987	2025-02-11	2023-03-08	3.0	3.31	3.10	3.3	0.004	0.53	0.0	0.04	13.47	0.00	2.248	3.22	0.00	2.2	97.8	0.0	0.67	0.64	0.88	4.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6725	896	6	0	2	1	0	logfile
✘	8JTT	36652	2025-02-10	2023-06-22	3.87	4.32	3.71	4.4	0.006	0.87	0.0	0.05	12.93	0.02	2.250	7.82	0.00	4.0	96.0	0.0	-2.01	0.51	0.57	0.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3321	454	2	0	1	0	0	logfile
✘	8Y8J	39048	2025-02-11	2024-02-06	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5069	608	10	0	18	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 255
• next →