Table showing results for February 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	5A7U	3079	2025-02-10	2015-07-10	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	455	27	2	0	1	0	231	logfile
✘	8DLS	27514	2025-02-11	2022-07-08	2.66	3.23	2.64	3.1	0.006	0.92	0.0	0.06	12.29	0.01	2.288	4.45	0.00	4.8	95.2	0.0	-0.59	0.70	0.83	4.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4017	495	5	0	7	0	0	logfile
✘	8F6J	28885	2025-02-14	2022-11-16	3.7	3.93	3.62	3.9	0.003	0.51	0.0	0.04	14.39	0.01	2.084	6.66	0.00	6.0	93.6	0.4	-0.50	0.73	0.81	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10472	1366	8	0	8	0	0	logfile
✘	7TRP	26100	2025-02-13	2022-01-30	2.4	3.12	2.45	2.9	0.006	0.82	0.0	0.06	11.23	0.01	2.287	2.62	0.21	2.0	98.0	0.0	-0.43	0.75	0.88	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8681	1122	6	0	2	0	0	logfile
✘	6RJU	4906	2025-02-10	2019-04-29	3.2	4.49	2.14	10.0	0.007	0.94	0.0	0.05	15.36	0.00	2.423	4.52	0.00	11.6	88.4	0.0	-7.10	0.22	-0.01	-0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1992	131	1	0	0	0	997	logfile
✘	7P9V	13267	2025-02-12	2021-07-28	3.4	3.60	3.36	3.5	0.005	0.82	0.0	0.05	15.25	0.01	2.104	15.53	0.00	11.5	88.5	0.0	-2.67	0.62	0.78	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7286	919	6	0	8	0	0	logfile
✘	8QHP	18415	2025-02-11	2023-09-08	2.8	3.49	2.82	3.3	0.002	0.38	0.0	0.04	11.64	0.00	2.176	6.09	0.00	1.0	99.0	0.0	1.77	0.76	0.86	4.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6788	820	4	0	2	0	0	logfile
✘	8E2A	27830	2025-02-11	2022-08-14	2.8	3.28	2.87	3.2	0.004	0.71	0.0	0.05	14.47	0.00	2.173	6.65	0.00	2.4	97.6	0.0	-0.21	0.67	0.79	4.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5768	686	2	15	0	0	0	logfile
✘	7BH9	12187	2025-02-11	2021-01-11	2.9	3.58	2.91	3.4	0.007	0.77	0.0	0.05	13.18	0.00	2.021	5.17	0.33	4.9	95.1	0.0	-3.10	0.85	0.88	3.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5876	730	3	0	4	0	0	logfile
✘	7KLV	22919	2025-02-14	2020-11-01	3.1	3.02	—	3.1	0.004	0.65	0.0	0.04	15.24	0.00	1.974	6.77	0.09	4.1	95.9	0.0	-0.12	0.74	0.85	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9871	1226	4	0	6	0	0	logfile
✘	6C14	7328	2025-02-14	2018-01-03	4.5	4.15	—	4.0	0.005	1.04	0.0	0.06	9.46	0.01	2.263	5.29	0.27	6.8	93.2	0.0	-4.44	0.55	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6746	860	4	0	0	0	0	logfile
✘	7YGA	33813	2025-02-13	2022-07-11	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8692	0	4	407	8	0	0	logfile
✘	7YGB	33814	2025-02-13	2022-07-11	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8738	0	5	407	54	0	0	logfile
✘	8DTi	27699	2025-02-14	2022-07-25	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9455	1258	4	0	2	0	0	logfile
✘	7T6X	25730	2025-02-13	2021-12-14	3.83	4.14	3.83	4.0	0.022	1.97	0.0	0.13	15.96	0.02	1.505	3.89	0.00	3.8	96.1	0.1	-0.16	0.77	0.82	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9217	1140	19	0	37	0	0	logfile
✘	7YGC	33815	2025-02-13	2022-07-11	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8690	0	4	407	6	0	0	logfile
✘	7N7P	24230	2025-02-11	2021-06-10	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5400	626	4	0	2	0	0	logfile
✘	7Y6U	33648	2025-02-14	2022-06-21	3.2	4.00	3.27	3.5	0.004	0.69	0.0	0.05	18.86	0.00	2.170	7.45	0.00	5.5	94.2	0.3	-0.28	0.66	0.83	3.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9915	1224	13	0	40	0	0	logfile
✘	7A8Z	11680	2025-02-12	2020-08-31	3.35	3.81	3.38	3.7	0.004	0.59	0.0	0.04	14.41	0.00	2.254	7.18	0.00	7.6	92.3	0.1	-1.49	0.68	0.75	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8402	1103	2	0	0	0	0	logfile
✘	6VTK	21380	2025-02-14	2020-02-12	2.82	3.35	—	3.3	0.005	0.82	0.0	0.05	9.13	0.01	2.016	3.10	0.00	3.2	96.8	0.0	-4.44	0.71	0.81	4.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10686	1338	6	0	6	0	0	logfile

• Page 1 of 255
• next →