cryo-EM Re-Refine

Table showing results for July 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7XY4	33510	2024-07-24	2022-05-31	3.3	3.40	3.32	3.3	0.007	0.87	0.0	0.06	9.93	0.01	2.227	5.53	0.07	7.1	92.9	0.0	-3.83	0.74	0.80	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27297	3422	8	0	40	0	0	logfile
✘	8oP9	17045	2024-07-21	2023-04-06	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13811	1660	15	0	36	10	0	logfile
✘	8HKK	34853	2024-07-25	2022-11-27	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28687	3596	8	0	23	0	0	logfile
✘	8BGW	16041	2024-07-21	2022-10-28	2.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12927	1500	6	0	25	449	0	logfile
✘	8oQ7	17107	2024-07-21	2023-04-11	2.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14702	1680	15	0	57	505	0	logfile
✘	7X3W	32995	2024-07-21	2022-03-01	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16134	1265	12	292	3	0	0	logfile
✘	8BK9	16093	2024-07-26	2022-11-08	2.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34978	4128	54	0	6	1156	0	logfile
✘	8EL9	28225	2024-07-22	2022-09-23	2.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17429	1990	12	0	8	1015	0	logfile
✘	8K6L	36922	2024-07-18	2023-07-25	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4155	547	3	0	4	0	0	logfile
✘	8HKQ	34858	2024-07-25	2022-11-27	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28676	3608	8	0	20	0	0	logfile
✘	8TAL	41137	2024-07-23	2023-06-27	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23516	1448	4	0	9	0	11607	logfile
✘	8AN3	15531	2024-07-19	2022-08-04	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.24	—	—	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.26	—	—	—	1.62	8721	1040	20	0	68	0	0	logfile
✘	8UCD	42124	2024-07-19	2023-09-26	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8058	939	8	0	9	1	0	logfile
✘	7YiX	33865	2024-07-20	2022-07-18	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11080	1416	10	0	20	0	0	logfile
✘	8iU0	35713	2024-07-19	2023-03-23	2.66	2.91	2.65	2.9	0.014	1.60	0.0	0.08	18.62	0.02	2.258	6.64	0.90	3.6	96.4	0.0	-1.94	0.54	0.80	5.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7062	765	6	0	45	78	0	logfile
✘	7Q2Y	13784	2024-07-22	2021-10-26	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17754	2076	8	56	6	0	0	logfile
✘	8C1P	16379	2024-07-22	2022-12-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17849	2300	22	0	16	64	0	logfile
✘	8BKA	16094	2024-07-27	2022-11-08	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36093	4128	54	0	6	2271	0	logfile
✘	8PN8	17778	2024-07-26	2023-06-30	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34298	4314	36	0	12	866	0	logfile
✘	8HNC	34910	2024-07-18	2022-12-07	3.73	3.95	3.71	4.0	0.006	1.01	2.0	0.08	15.07	0.02	2.079	14.23	0.49	3.9	96.1	0.0	-2.79	0.58	0.82	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4272	570	3	0	4	0	0	logfile