Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7PWF	13680	2024-09-26	2021-10-06	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60466	3965	45	1355	303	0	0	logfile
✘	7oQH	12701	2024-09-27	2021-06-03	3.32	3.46	3.31	3.4	0.004	0.62	0.0	0.04	14.79	0.01	1.967	11.39	0.00	6.5	93.5	0.0	-0.13	0.72	0.79	0.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16824	2169	12	0	11	0	0	logfile
✘	6VPC	21308	2024-09-27	2020-02-03	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16309	1633	9	154	5	0	0	logfile
✘	9ENQ	19838	2024-09-23	2024-03-13	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5743	707	6	4	4	7	0	logfile
✘	6KPF	0744	2024-09-24	2019-08-15	2.9	3.03	—	3.0	0.007	0.91	0.0	0.05	14.93	0.01	2.215	5.40	0.00	4.4	95.4	0.2	-4.46	0.67	0.82	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8775	1135	6	0	1	0	0	logfile
✘	6M5R	30090	2024-09-25	2020-03-11	3.5	3.68	—	3.6	0.005	0.77	2.0	0.05	15.65	0.00	2.015	11.54	5.29	9.2	90.7	0.1	-3.65	0.61	0.80	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11055	1440	4	0	2	0	0	logfile
✘	6YBW	10775	2024-09-24	2020-03-18	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52840	3374	30	1248	61	0	0	logfile
✘	8H14	34424	2024-09-30	2022-09-30	3.39	3.39	3.33	3.4	0.005	0.95	6.0	0.06	13.87	0.01	2.177	2.50	1.35	3.6	96.4	0.0	-0.84	0.78	0.84	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24750	3087	6	0	45	0	0	logfile
✘	7KU5	23034	2024-09-23	2020-11-24	3.76	3.63	—	3.9	0.006	1.29	0.0	0.07	14.85	0.01	2.420	3.63	0.00	12.8	87.2	0.0	-5.41	0.23	0.65	-0.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	750	88	2	0	4	0	0	logfile
✘	7Z4Z	14511	2024-09-23	2022-03-06	4.0	3.29	3.87	3.9	0.003	0.75	1.0	0.05	14.17	0.01	2.305	11.39	0.00	2.1	97.3	0.6	-4.82	0.61	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4817	673	4	0	0	0	0	logfile
✘	8EP0	28494	2024-09-30	2022-10-04	4.9	6.49	5.04	5.3	0.004	0.79	0.0	0.05	12.19	0.01	2.237	11.79	0.00	3.6	96.4	0.0	0.06	0.70	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24408	3372	8	0	0	0	0	logfile
✘	6WQN	21872	2024-09-30	2020-04-29	2.9	2.43	2.85	2.8	0.003	0.49	3.0	0.03	23.04	0.00	1.951	9.03	2.31	2.9	97.1	0.0	-3.39	0.75	0.85	3.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	80700	2646	28	2798	1	0	0	logfile
✘	7D06	30525	2024-09-28	2020-09-09	3.1	3.23	—	3.2	0.012	1.54	0.0	0.06	19.88	0.02	2.021	10.56	4.91	10.4	88.6	1.0	-5.86	0.75	0.85	3.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18328	2374	15	0	12	0	0	logfile
✘	8BR2	16197	2024-09-27	2022-11-22	2.9	2.85	2.83	2.9	0.008	0.56	0.0	0.04	18.03	0.02	2.117	11.68	0.80	3.0	97.0	0.0	-2.85	0.62	0.85	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15574	1866	21	40	18	120	0	logfile
✘	8HTT	35017	2024-09-23	2022-12-21	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3292	389	5	0	8	0	0	logfile
✘	5LMU	4080	2024-09-25	2016-08-01	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55195	2550	29	1612	82	0	0	logfile
✘	7YG9	33812	2024-09-24	2022-07-11	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8630	0	4	404	8	0	0	logfile
✘	8TVY	41655	2024-09-30	2023-08-18	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	76945	4692	23	103	9	0	37409	logfile
✘	6o1N	0593	2024-09-28	2019-02-21	2.9	3.21	—	3.8	0.011	1.37	12.0	0.07	11.02	0.01	1.856	9.13	1.51	6.4	93.1	0.5	-6.01	0.60	0.73	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19608	2448	4	0	0	0	0	logfile
✘	6iRS	9721	2024-09-24	2018-11-14	3.3	3.44	—	3.4	0.011	1.36	0.0	0.07	14.19	0.01	2.150	13.11	3.66	8.8	90.3	0.9	-5.69	0.62	0.77	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7337	926	7	0	10	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 538
• next →