Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7YiY	33866	2024-09-25	2022-07-18	2.7	2.84	2.66	2.8	0.008	0.98	0.0	0.06	16.23	0.01	2.205	6.16	4.77	5.2	94.2	0.6	-1.48	0.71	0.87	3.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9257	1164	7	0	2	0	0	logfile
✘	7Q3L	13793	2024-09-29	2021-10-28	2.21	2.93	2.31	2.6	0.008	1.50	26.0	0.12	15.89	0.01	1.876	2.99	2.50	3.2	96.8	0.0	-1.25	0.81	0.86	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20470	2440	16	41	4	180	0	logfile
✘	7UoP	26652	2024-09-27	2022-04-13	2.8	3.24	2.81	3.1	0.004	0.59	0.0	0.05	12.28	0.00	2.126	2.36	1.02	2.4	97.6	0.0	0.45	0.81	0.83	3.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15702	2010	12	0	12	0	0	logfile
✘	6PCS	20306	2024-09-28	2019-06-18	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72169	967	8	3015	1	0	0	logfile
✘	7YLV	33918	2024-09-27	2022-07-27	3.91	4.23	4.38	4.3	0.009	0.68	0.0	0.06	10.36	0.00	2.239	1.53	0.03	2.3	97.6	0.2	-0.18	0.55	0.40	0.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65495	8564	17	0	0	0	0	logfile
✘	6G90	4364	2024-09-27	2018-04-10	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65050	6796	48	474	223	0	0	logfile
✘	6PCT	20307	2024-09-28	2019-06-18	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72198	964	8	3015	1	0	0	logfile
✘	8D85	27247	2024-09-24	2022-06-07	3.81	4.26	4.04	4.2	0.003	0.53	0.0	0.04	19.55	0.00	2.357	4.77	0.00	4.1	95.8	0.1	-2.45	0.68	0.64	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7093	865	10	0	11	0	0	logfile
✘	7Yi4	33851	2024-09-30	2022-07-14	3.96	8.09	3.85	2.7	0.004	0.61	0.0	0.04	23.49	0.00	2.041	12.68	0.10	3.9	96.1	0.0	1.12	0.85	0.82	0.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25351	2359	18	302	5	0	0	logfile
✘	6PCQ	20304	2024-09-28	2019-06-18	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72125	963	8	3015	1	0	0	logfile
✘	8SXA	40829	2024-09-28	2023-05-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18596	1153	1	0	0	0	9418	logfile
✘	6XS6	22301	2024-09-28	2020-07-15	3.7	2.21	—	2.2	0.004	0.83	0.0	0.05	14.26	0.01	2.240	4.49	0.00	6.1	93.9	0.0	-1.99	0.57	0.59	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18294	2357	3	0	0	0	0	logfile
✘	8HMZ	34905	2024-09-26	2022-12-06	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11542	1367	9	82	6	0	0	logfile
✘	7WV4	32845	2024-09-30	2022-02-09	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24490	2636	6	80	80	0	0	logfile
✘	6RE5	4842	2024-09-25	2019-04-12	3.2	3.28	—	3.3	0.010	0.94	0.0	0.06	14.50	0.01	2.163	5.75	0.27	4.8	95.0	0.2	-3.94	0.72	0.85	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53720	7099	37	0	11	0	0	logfile
✘	8EM2	28232	2024-09-24	2022-09-26	3.02	3.25	3.03	3.2	0.004	0.82	0.0	0.05	17.86	0.01	2.233	6.51	0.48	4.2	95.8	0.0	-1.92	0.64	0.66	1.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8022	1002	4	0	2	0	0	logfile
✘	8EJJ	28184	2024-09-27	2022-09-16	3.22	3.73	3.20	3.6	0.024	1.80	0.0	0.15	13.95	0.01	2.394	1.97	0.00	2.8	97.2	0.0	0.28	0.83	0.84	3.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14862	1743	46	0	87	0	0	logfile
✘	6PCH	20300	2024-09-28	2019-06-17	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72134	964	8	3015	1	0	0	logfile
✘	8F7C	28902	2024-09-27	2022-11-18	3.92	4.16	3.93	4.2	0.002	0.52	0.0	0.04	13.95	0.00	1.675	4.95	0.00	3.2	96.8	0.0	0.02	0.64	0.82	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15925	2009	7	0	0	0	0	logfile
✘	8AZT	15771	2024-09-23	2022-09-06	3.7	3.48	2.93	4.2	0.011	1.98	0.0	0.11	15.54	0.01	0.000	19.56	4.35	10.3	89.7	0.0	-6.12	0.40	0.59	5.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5424	744	24	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 538
• next →