Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6RE8	4845	2024-09-24	2019-04-12	3.8	3.75	—	3.8	0.006	0.86	0.0	0.05	14.61	0.01	1.985	5.76	0.21	4.3	95.5	0.2	-4.12	0.67	0.81	1.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53720	7099	37	0	11	0	0	logfile
✘	7YJN	33875	2024-09-24	2022-07-20	3.4	3.63	3.43	3.6	0.019	1.74	21.0	0.13	15.89	0.01	1.776	26.04	8.37	11.1	87.0	1.9	-2.39	0.70	0.83	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8528	1095	6	0	1	0	0	logfile
✘	7UoP	26652	2024-09-27	2022-04-13	2.8	3.24	2.81	3.1	0.004	0.59	0.0	0.05	12.28	0.00	2.126	2.36	1.02	2.4	97.6	0.0	0.45	0.81	0.83	3.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15702	2010	12	0	12	0	0	logfile
✘	7PHP	13424	2024-09-24	2021-08-18	3.47	3.48	—	3.6	0.017	0.90	0.0	0.05	14.25	0.01	2.182	6.60	0.11	7.0	93.0	0.0	-1.50	0.72	0.83	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1134	8	0	0	21	0	logfile
✘	7YQ4	34019	2024-09-25	2022-08-05	3.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10618	1243	5	24	0	0	0	logfile
✘	7MLZ	23914	2024-09-23	2021-04-29	3.71	4.27	3.83	3.9	0.004	0.82	0.0	0.05	14.73	0.01	2.150	18.13	0.00	17.4	82.5	0.2	-4.08	0.80	0.62	1.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4864	624	4	0	5	0	0	logfile
✘	7NAF	24271	2024-09-28	2021-06-21	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18868	1342	18	378	0	2	0	logfile
✘	7KC0	22803	2024-09-28	2020-10-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19553	2334	10	47	4	0	0	logfile
✘	7ZAG	14579	2024-09-27	2022-03-22	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65678	3824	58	1596	68	379	0	logfile
✘	7WV3	32844	2024-09-30	2022-02-09	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25386	2672	18	80	124	0	0	logfile
✘	8D1G	27129	2024-09-27	2022-05-27	2.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16201	1735	15	0	61	620	0	logfile
✘	7U5T	26358	2024-09-27	2022-03-02	3.43	3.65	3.40	3.5	0.008	1.09	0.0	0.07	13.05	0.01	2.280	7.60	0.10	6.4	93.6	0.0	-5.95	0.59	0.62	1.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9093	1190	2	0	0	0	0	logfile
✘	6RD8	4809	2024-09-27	2019-04-12	3.08	3.22	3.08	3.2	0.008	0.90	0.0	0.05	14.78	0.01	1.790	6.40	0.45	2.3	97.5	0.1	-2.59	0.58	0.86	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17312	2309	26	0	1	18	0	logfile
✘	8P3X	17398	2024-09-27	2023-05-18	3.36	3.85	3.33	3.6	0.013	1.66	2.0	0.11	14.28	0.01	2.232	7.73	1.68	4.4	95.4	0.2	-1.65	0.62	0.66	1.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17035	2293	8	0	0	0	0	logfile
✘	7XG0	33181	2024-09-28	2022-04-02	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19893	2280	12	118	1	0	0	logfile
✘	8CYi	27078	2024-09-27	2022-05-23	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14621	932	3	0	2	0	7191	logfile
✘	8HMZ	34905	2024-09-26	2022-12-06	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11542	1367	9	82	6	0	0	logfile
✘	8EJJ	28184	2024-09-27	2022-09-16	3.22	3.73	3.20	3.6	0.024	1.80	0.0	0.15	13.95	0.01	2.394	1.97	0.00	2.8	97.2	0.0	0.28	0.83	0.84	3.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14862	1743	46	0	87	0	0	logfile
✘	7YQ5	34020	2024-09-26	2022-08-05	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14067	1673	5	24	0	0	0	logfile
✘	8AN2	15530	2024-09-25	2022-08-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.32	—	—	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.62	—	—	—	3.09	8657	1040	18	0	63	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 539
• next →