Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6DBU	7850	2024-09-27	2018-05-03	3.9	4.03	—	3.9	0.007	1.20	8.0	0.05	22.11	0.01	1.769	23.39	0.13	8.8	90.9	0.2	-4.17	0.80	0.81	1.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17010	1788	10	136	6	0	0	logfile
✘	7EUo	31323	2024-09-25	2021-05-18	2.9	3.61	2.97	3.5	0.004	0.65	0.0	0.05	13.72	0.00	2.198	6.82	0.00	4.3	95.7	0.0	-0.21	0.63	0.82	3.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8950	1138	7	0	2	0	0	logfile
✘	6iRS	9721	2024-09-24	2018-11-14	3.3	3.44	—	3.4	0.011	1.36	0.0	0.07	14.19	0.01	2.150	13.11	3.66	8.8	90.3	0.9	-5.69	0.62	0.77	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7337	926	7	0	10	0	0	logfile
✘	7F3T	31440	2024-09-23	2021-06-17	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5632	660	4	0	2	0	0	logfile
✘	6NUR	0520	2024-09-24	2019-02-01	3.1	3.25	3.17	3.3	0.016	1.55	0.0	0.09	10.59	0.01	2.270	2.28	0.52	1.4	98.6	0.0	-0.12	0.64	0.81	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1087	5	0	2	0	0	logfile
✘	6VAF	21139	2024-09-29	2019-12-17	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41243	2429	5	58	0	0	20677	logfile
✘	7TKT	25981	2024-09-26	2022-01-17	3.6	3.75	3.75	3.7	0.007	1.26	0.0	0.04	21.05	0.01	2.224	6.30	0.00	4.7	95.3	0.0	0.63	0.72	0.81	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13252	1560	8	0	56	0	0	logfile
✘	6VXZ	21453	2024-09-26	2020-02-25	3.42	3.56	3.37	3.6	0.011	1.07	0.0	0.06	23.66	0.01	1.959	12.61	2.40	8.1	91.9	0.0	-3.97	0.71	0.81	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13324	1556	8	0	28	0	0	logfile
✘	6iFZ	9659	2024-09-28	2018-09-21	3.58	3.57	—	3.5	0.008	1.15	2.0	0.07	17.37	0.01	1.258	12.63	0.96	10.7	88.8	0.5	-5.16	0.72	0.80	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19185	2254	11	62	1	0	0	logfile
✘	7R78	24295	2024-09-27	2021-06-24	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15238	1881	5	18	7	0	0	logfile
✘	7VC4	31888	2024-09-27	2021-09-01	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16311	1046	10	0	0	0	8079	logfile
✘	5LMQ	4076	2024-09-25	2016-08-01	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55841	2635	29	1612	66	0	0	logfile
✘	5LMT	4079	2024-09-25	2016-08-01	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55776	2622	31	1612	88	0	0	logfile
✘	7K57	22676	2024-09-28	2020-09-16	3.7	4.17	3.78	4.0	0.007	1.03	0.0	0.06	15.81	0.01	2.107	6.10	0.94	5.9	94.1	0.0	-4.46	0.85	0.83	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70104	8892	12	0	0	0	0	logfile
✘	6UZ8	20953	2024-09-29	2019-11-14	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23320	2936	8	0	16	0	0	logfile
✘	7Mo9	23921	2024-09-25	2021-05-01	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9755	1247	4	0	6	0	0	logfile
✘	5LMV	4083	2024-09-26	2016-08-01	4.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59470	3124	31	1612	4	0	0	logfile
✘	7KR5	23002	2024-09-25	2020-11-18	3.3	3.93	—	3.9	0.004	0.57	0.0	0.04	12.42	0.00	2.197	12.00	0.77	5.0	95.0	0.0	-0.04	0.59	0.75	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10534	1438	13	0	1	0	0	logfile
✘	8GVE	34291	2024-09-24	2022-09-15	3.17	3.38	3.19	3.4	0.003	0.62	0.0	0.04	14.33	0.01	2.113	5.93	0.00	5.7	94.3	0.0	0.31	0.64	0.80	1.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8054	1020	2	0	0	0	0	logfile
✘	7W2J	32262	2024-09-27	2021-11-24	3.6	2.90	—	3.6	0.030	1.49	0.0	0.56	15.66	0.01	2.011	18.00	0.00	11.0	88.7	0.4	-2.64	0.65	0.79	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16522	2104	10	0	10	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 539
• next →