Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8RCD	19050	2024-09-28	2023-12-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19680	2480	17	23	24	0	0	logfile
✘	8K77	36935	2024-09-24	2023-07-26	3.11	3.30	—	3.4	0.008	0.99	0.0	0.05	16.52	0.00	2.160	9.40	0.00	3.3	96.7	0.0	0.80	0.60	0.79	2.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8192	1012	4	0	6	0	0	logfile
✘	8R34	18860	2024-09-24	2023-11-08	2.62	2.82	2.62	2.9	0.004	0.65	0.0	0.04	19.66	0.00	2.167	7.50	2.41	2.3	97.7	0.0	0.34	0.62	0.83	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7762	970	6	0	14	62	0	logfile
✘	8ZAQ	39884	2024-09-24	2024-04-25	2.6	2.80	2.62	2.8	0.003	0.59	0.0	0.04	16.95	0.01	1.092	8.94	2.39	2.6	97.4	0.0	1.48	0.69	0.89	4.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6449	776	9	0	27	36	0	logfile
✘	8QQZ	18609	2024-09-26	2023-10-06	2.63	2.79	2.65	2.8	0.013	1.53	0.0	0.08	15.82	0.02	2.182	4.98	2.34	0.8	99.2	0.0	-1.99	0.72	0.90	4.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11871	1360	15	0	56	195	0	logfile
✘	8P7D	17530	2024-09-25	2023-05-30	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9686	1008	6	83	3	1	0	logfile
✘	8oRS	17131	2024-09-25	2023-04-17	4.3	3.48	3.31	3.3	0.003	0.55	0.0	0.05	13.61	0.00	2.121	7.43	0.00	4.5	95.5	0.0	0.02	0.49	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10124	1298	4	0	2	0	0	logfile
✘	8JGK	36237	2024-09-29	2023-05-21	4.04	4.09	3.96	4.1	0.003	0.56	0.0	0.04	14.40	0.00	1.966	12.26	0.00	3.7	96.3	0.0	0.73	0.54	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21650	1368	4	0	2	0	10850	logfile
✘	8ZYD	60562	2024-09-24	2024-06-17	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	0	logfile
✘	8RCF	19051	2024-09-28	2023-12-06	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20202	2488	18	46	24	0	0	logfile
✘	8RKV	19284	2024-09-27	2023-12-30	3.11	3.27	3.12	3.2	0.006	0.95	0.0	0.06	22.22	0.01	2.013	5.40	1.94	6.0	94.0	0.0	-1.75	0.59	0.67	2.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16466	1600	12	176	2	0	0	logfile
✘	8RH7	19171	2024-09-26	2023-12-15	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13866	1610	15	0	61	20	0	logfile
✘	8T6T	41080	2024-09-26	2023-06-18	3.04	3.66	3.12	3.4	0.005	1.34	0.0	0.10	18.87	0.01	2.222	4.86	0.48	2.7	97.3	0.0	-1.61	0.82	0.87	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12306	1168	4	129	0	0	0	logfile
✘	8iKG	35511	2024-09-24	2023-02-28	3.4	3.67	3.39	3.7	0.005	0.71	1.0	0.04	13.86	0.00	2.225	11.28	0.34	4.7	95.3	0.0	-0.19	0.63	0.76	1.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8456	1098	6	0	1	0	0	logfile
✘	9ARF	43780	2024-09-29	2024-02-23	3.13	3.32	3.17	3.3	0.010	1.16	42.0	0.08	11.19	0.01	1.985	8.25	5.16	4.6	95.3	0.1	-3.34	0.69	0.76	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23032	3166	10	0	6	0	0	logfile
✘	8WJ1	37575	2024-09-26	2023-09-25	2.27	2.40	2.29	2.5	0.015	1.77	12.0	0.10	18.98	0.03	0.000	10.88	14.10	1.1	98.6	0.4	-1.89	0.56	0.71	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14196	1698	36	0	24	738	0	logfile
✘	9B5R	44222	2024-09-24	2024-03-22	2.95	3.43	3.01	3.3	0.003	0.45	0.0	0.04	9.74	0.00	2.006	1.30	1.31	1.7	98.3	0.0	1.02	0.75	0.82	3.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8935	1133	5	0	4	0	0	logfile
✘	9ATP	43832	2024-09-26	2024-02-27	3.5	4.08	3.59	3.8	0.005	0.73	0.0	0.05	15.18	0.01	2.043	15.12	0.21	6.2	93.5	0.3	-1.38	0.75	0.76	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13004	1636	6	0	0	0	0	logfile
✘	8SNL	40628	2024-09-25	2023-04-27	2.78	3.35	2.84	3.3	0.004	0.73	0.0	0.05	13.03	0.01	2.183	10.77	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.70	0.61	0.78	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9098	1147	3	0	2	0	0	logfile
✘	8WiX	37571	2024-09-27	2023-09-25	2.29	2.42	2.29	2.4	0.015	1.75	0.0	0.10	18.64	0.02	0.000	8.78	9.17	2.8	96.8	0.4	-1.63	0.58	0.74	3.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14940	1722	36	0	24	702	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 539
• next →