Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8QHC	18407	2024-09-27	2023-09-07	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14829	1764	5	61	2	0	0	logfile
✘	8GJE	40088	2024-09-29	2023-03-15	3.4	3.94	3.46	3.8	0.007	1.06	0.0	0.07	14.03	0.01	1.626	1.63	0.29	2.4	97.6	0.0	1.00	0.79	0.83	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20613	2379	48	0	129	0	0	logfile
✘	8WJ0	37574	2024-09-26	2023-09-25	2.24	2.40	2.24	2.5	0.015	1.72	18.0	0.10	18.81	0.03	0.000	12.28	13.66	1.1	98.9	0.0	-1.94	0.57	0.71	3.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14370	1698	36	0	24	888	0	logfile
✘	8R8T	19009	2024-09-23	2023-11-29	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3256	418	2	0	1	0	0	logfile
✘	8T3Y	41016	2024-09-26	2023-06-08	3.47	3.65	3.22	3.4	0.004	0.64	0.0	0.04	26.54	0.00	2.284	6.78	1.74	2.8	97.2	0.0	-1.27	0.87	0.87	2.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13001	886	14	292	4	0	0	logfile
✘	8TVX	41654	2024-09-26	2023-08-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59080	3748	21	56	9	0	28632	logfile
✘	8KFX	37207	2024-09-24	2023-08-16	2.96	2.23	3.09	2.0	0.004	0.61	0.0	0.04	16.55	0.00	2.189	11.28	0.51	2.5	97.5	0.0	0.90	0.79	0.79	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9001	1139	6	0	1	0	0	logfile
✘	8JZ7	36736	2024-09-25	2023-07-04	2.6	2.26	—	1.9	0.006	0.85	0.0	0.05	13.85	0.01	2.197	15.42	0.61	7.0	93.0	0.0	-2.16	0.75	0.73	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9042	1144	6	0	1	0	0	logfile
✘	8PBB	17583	2024-09-26	2023-06-09	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13334	1684	6	0	2	0	0	logfile
✘	8CED	16606	2024-09-24	2023-02-01	4.15	3.12	4.20	3.1	0.009	1.59	17.0	0.11	23.64	0.02	1.605	10.40	3.91	6.4	92.9	0.7	-3.32	0.50	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51964	2928	22	1340	0	0	0	logfile
✘	8HF6	34714	2024-09-24	2022-11-09	3.1	3.47	3.46	3.4	0.009	1.05	3.0	0.07	15.34	0.00	2.207	8.43	3.23	4.6	95.1	0.3	1.20	0.72	0.87	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8916	1126	4	0	2	0	0	logfile
✘	8BYS	16332	2024-09-24	2022-12-13	3.28	3.60	3.29	3.7	0.004	0.56	0.0	0.04	13.51	0.00	2.195	6.52	0.00	6.0	94.0	0.0	-0.91	0.70	0.83	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7406	968	3	0	0	0	0	logfile
✘	8QYo	18760	2024-09-23	2023-10-26	2.84	3.26	2.99	3.2	0.006	0.66	0.0	0.05	13.09	0.00	2.208	3.23	0.02	2.6	97.4	0.0	0.66	0.75	0.84	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47940	6174	28	0	0	0	0	logfile
✘	8SMR	40601	2024-09-30	2023-04-26	2.7	2.39	2.78	2.4	0.008	0.84	2.0	0.06	18.18	0.00	1.975	9.47	0.92	2.7	97.3	0.0	0.77	0.76	0.85	3.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24154	3000	24	0	24	0	0	logfile
✘	8WUS	37858	2024-09-29	2023-10-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18358	1766	6	192	0	0	0	logfile
✘	8SXi	40853	2024-09-28	2023-05-22	4.5	4.37	4.48	4.3	0.006	1.00	0.0	0.06	14.40	0.01	1.987	5.43	0.05	6.2	93.4	0.4	-1.44	0.60	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19257	2439	12	0	0	0	0	logfile
✘	8WoZ	37703	2024-09-23	2023-10-08	3.25	2.47	3.32	2.2	0.003	0.70	1.0	0.04	16.32	0.01	2.147	10.00	0.15	5.8	94.2	0.0	-0.58	0.75	0.72	1.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6244	768	3	0	1	0	0	logfile
✘	8REV	19109	2024-09-24	2023-12-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7797	898	7	26	2	0	0	logfile
✘	8HUD	35035	2024-09-25	2022-12-23	3.43	3.64	3.43	3.6	0.005	0.84	0.0	0.06	20.89	0.00	2.284	10.27	0.56	9.8	90.2	0.0	-1.38	0.71	0.70	1.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8670	767	4	108	0	0	0	logfile
✘	8TVQ	41648	2024-09-26	2023-08-18	4.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57734	3424	20	100	443	0	26880	logfile

• ← previous
• Page 3 of 539
• next →