Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8i93	35256	2024-09-29	2023-02-06	3.1	3.37	3.07	3.3	0.014	0.97	0.0	0.06	16.71	0.01	1.913	12.79	3.93	10.6	89.4	0.1	-3.81	0.75	0.81	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22342	2710	24	0	40	0	0	logfile
✘	8SQA	40700	2024-09-26	2023-05-04	4.2	4.55	4.26	4.3	0.007	0.81	0.0	0.05	14.35	0.00	2.058	26.55	0.39	18.8	81.2	0.1	-5.75	0.78	0.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12156	1563	6	0	0	0	0	logfile
✘	8EXX	28663	2024-09-26	2022-10-26	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11862	1354	5	57	4	0	0	logfile
✘	8oJD	16912	2024-09-24	2023-03-24	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8674	976	5	45	2	0	0	logfile
✘	8B3Q	15833	2024-09-30	2022-09-16	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.09	—	—	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6.42	—	—	—	-0.26	25095	3395	75	0	0	0	0	logfile
✘	8SEK	40419	2024-09-23	2023-04-10	3.5	3.55	3.07	3.8	0.032	2.39	0.0	0.14	10.43	0.01	2.397	1.27	0.00	20.0	80.0	0.0	-3.19	0.49	0.76	4.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2380	320	10	0	0	0	0	logfile
✘	8iEN	35387	2024-09-24	2023-02-15	3.25	3.66	3.30	7.2	0.004	1.21	0.0	0.04	14.04	0.00	2.168	8.43	0.24	5.0	94.9	0.1	-2.18	0.18	0.00	-0.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7678	991	2	0	4	0	0	logfile
✘	8P7B	17528	2024-09-26	2023-05-30	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12363	1143	10	161	6	2	0	logfile
✘	7XSU	33435	2024-09-25	2022-05-15	3.4	3.68	3.45	3.7	0.011	1.61	9.0	0.11	19.27	0.01	1.440	12.45	5.06	5.5	94.1	0.4	1.66	0.55	0.75	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8969	1152	3	0	13	0	0	logfile
✘	8i92	35255	2024-09-29	2023-02-06	3.2	3.51	3.07	3.4	0.013	0.93	0.0	0.06	16.45	0.01	1.843	9.78	5.36	7.9	91.9	0.2	-3.72	0.71	0.75	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22344	2710	24	0	40	0	0	logfile
✘	8EDG	28034	2024-09-29	2022-09-04	4.64	4.06	4.63	4.0	0.003	0.61	0.0	0.04	21.43	0.00	2.143	12.47	0.05	4.8	95.2	0.0	-0.34	0.69	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23358	2348	18	216	6	0	0	logfile
✘	8BKZ	16099	2024-09-28	2022-11-09	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67875	8680	70	0	42	3505	0	logfile
✘	7RB9	24400	2024-09-27	2021-07-05	3.76	4.01	3.83	3.9	0.003	0.57	0.0	0.04	14.69	0.00	2.228	9.31	0.00	3.2	96.8	0.0	0.60	0.59	0.85	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14193	1786	7	0	6	0	0	logfile
✘	5X1G	6701	2024-09-23	2017-01-25	4.5	7.89	—	37.0	0.008	1.42	0.0	0.05	10.05	0.01	2.345	27.78	0.00	6.9	93.1	0.0	-2.75	0.00	0.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	155	31	1	0	0	0	0	logfile
✘	8FGX	29077	2024-09-25	2022-12-13	2.62	3.60	2.58	3.0	0.003	0.45	0.0	0.04	9.99	0.00	2.400	1.82	0.00	1.6	98.4	0.0	1.41	0.90	0.88	4.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9899	645	4	0	3	0	4873	logfile
✘	8K6N	36924	2024-09-25	2023-07-25	3.2	2.28	3.18	2.1	0.004	0.66	0.0	0.05	13.23	0.00	2.211	11.71	0.10	5.7	94.3	0.0	0.15	0.71	0.69	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9291	1186	6	0	0	0	0	logfile
✘	8AZT	15771	2024-09-23	2022-09-06	3.7	3.48	2.93	4.2	0.011	1.98	0.0	0.11	15.54	0.01	0.000	19.56	4.35	10.3	89.7	0.0	-6.12	0.40	0.59	5.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5424	744	24	0	0	0	0	logfile
✘	8HF6	34714	2024-09-24	2022-11-09	3.1	3.47	3.46	3.4	0.009	1.05	3.0	0.07	15.34	0.00	2.207	8.43	3.23	4.6	95.1	0.3	1.20	0.72	0.87	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8916	1126	4	0	2	0	0	logfile
✘	8QSN	18637	2024-09-23	2023-10-10	3.54	4.23	3.52	4.0	0.002	0.48	0.0	0.03	10.37	0.00	2.269	4.15	3.75	3.5	96.5	0.0	2.22	0.55	0.76	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3579	464	1	0	0	0	0	logfile
✘	8SE9	40407	2024-09-25	2023-04-08	3.2	3.47	3.24	3.5	0.005	0.58	0.0	0.04	11.99	0.00	1.330	6.60	2.00	3.4	96.4	0.2	0.48	0.74	0.84	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10195	1297	5	0	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 539
• next →