cryo-EM Re-Refine

Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7EZ2	31386	2024-09-24	2021-06-01	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8698	0	4	406	31	0	0	logfile
✘	6VAF	21139	2024-09-29	2019-12-17	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41243	2429	5	58	0	0	20677	logfile
✘	7XiB	33201	2024-09-24	2022-04-12	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7178	815	8	24	2	196	0	logfile
✘	7N0L	24108	2024-09-23	2021-05-25	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5270	626	4	0	2	0	0	logfile
✘	6LHU	0899	2024-09-29	2019-12-10	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23169	1518	2	0	0	0	11483	logfile
✘	6LHS	0896	2024-09-29	2019-12-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1456	2	0	0	0	11313	logfile
✘	7T02	25577	2024-09-27	2021-11-29	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14359	1752	4	25	5	0	0	logfile
✘	7Xi9	33200	2024-09-24	2022-04-12	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7620	870	8	24	4	232	0	logfile
✘	5LMQ	4076	2024-09-25	2016-08-01	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55841	2635	29	1612	66	0	0	logfile
✘	7NG8	12309	2024-09-28	2021-02-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20173	1341	4	0	0	0	9979	logfile
✘	6XZG	10662	2024-09-28	2020-02-04	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.77	—	—	1.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.76	—	—	—	1.39	65993	4065	8	19	0	0	33062	logfile
✘	7PPo	13583	2024-09-25	2021-09-14	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10990	1383	5	0	2	0	0	logfile
✘	7oZV	13138	2024-09-24	2021-06-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8409	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7oZU	13135	2024-09-24	2021-06-28	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8408	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7VDD	31914	2024-09-26	2021-09-06	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11940	1044	10	0	0	0	3736	logfile
✘	7F3T	31440	2024-09-23	2021-06-17	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5632	660	4	0	2	0	0	logfile
✘	7XMV	33306	2024-09-27	2022-04-27	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15228	1842	18	0	30	810	0	logfile
✘	6XZP	10664	2024-09-28	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.75	—	—	1.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.28	—	—	—	2.21	66221	4077	8	20	0	0	33176	logfile
✘	7VC4	31888	2024-09-27	2021-09-01	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16311	1046	10	0	0	0	8079	logfile
✘	7R77	24294	2024-09-27	2021-06-24	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14980	1830	4	25	5	0	0	logfile