Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8KEF	37154	2024-09-27	2023-08-11	3.44	3.70	3.36	3.5	0.015	1.90	30.0	0.11	14.96	0.01	1.989	8.10	1.44	6.0	94.0	0.0	-0.51	0.45	0.73	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17802	2226	12	0	0	0	0	logfile
✘	8QQZ	18609	2024-09-26	2023-10-06	2.63	2.79	2.65	2.8	0.013	1.53	0.0	0.08	15.82	0.02	2.182	4.98	2.34	0.8	99.2	0.0	-1.99	0.72	0.90	4.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11871	1360	15	0	56	195	0	logfile
✘	8iZ9	35836	2024-09-25	2023-04-06	2.95	3.38	3.07	3.3	0.002	0.56	0.0	0.04	14.57	0.01	2.273	7.52	0.00	2.4	97.6	0.0	-0.94	0.52	0.61	0.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9779	1224	2	0	1	0	0	logfile
✘	8J1Z	35939	2024-09-30	2023-04-13	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	79520	2835	57	2632	210	664	0	logfile
✘	8R34	18860	2024-09-24	2023-11-08	2.62	2.82	2.62	2.9	0.004	0.65	0.0	0.04	19.66	0.00	2.167	7.50	2.41	2.3	97.7	0.0	0.34	0.62	0.83	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7762	970	6	0	14	62	0	logfile
✘	8P30	17381	2024-09-29	2023-05-16	3.29	3.73	3.33	3.6	0.004	0.59	0.0	0.04	14.22	0.01	2.027	6.21	0.23	2.7	97.3	0.0	1.31	0.70	0.81	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21074	2644	14	0	36	0	0	logfile
✘	8UC7	42116	2024-09-27	2023-09-25	2.9	3.13	2.84	3.1	0.015	1.75	4.0	0.09	13.19	0.01	2.560	2.24	0.00	1.7	98.3	0.0	-0.57	0.61	0.79	6.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14840	1936	8	0	16	0	0	logfile
✘	8RAS	19023	2024-09-25	2023-12-01	2.62	2.31	—	1.7	0.003	0.51	0.0	0.04	17.48	0.00	1.980	7.95	0.93	3.1	96.9	0.1	0.61	0.78	0.80	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57315	6830	45	81	4	254	0	logfile
✘	8P6X	17510	2024-09-23	2023-05-30	1.9	1.85	1.92	1.9	0.005	0.63	0.0	0.04	16.39	0.00	2.211	7.57	0.72	2.3	97.6	0.2	1.71	0.68	0.78	5.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5284	631	7	0	2	144	0	logfile
✘	8HMA	34891	2024-09-28	2022-12-02	3.4	3.79	3.59	3.7	0.005	0.58	0.0	0.04	14.85	0.00	2.196	7.66	0.00	5.6	94.4	0.0	-0.67	0.62	0.78	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19101	2333	5	0	19	0	0	logfile
✘	8iHM	35449	2024-09-26	2023-02-23	3.58	4.09	3.79	3.9	0.007	0.75	0.0	0.04	29.27	0.00	2.297	10.88	0.00	3.9	96.1	0.0	-3.94	0.84	0.83	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13153	885	12	317	0	0	0	logfile
✘	8QMA	18496	2024-09-24	2023-09-21	3.5	2.52	—	1.8	0.004	0.69	0.0	0.05	13.65	0.01	1.997	5.82	0.74	4.0	95.7	0.2	-1.28	0.80	0.74	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52064	6421	23	0	4	0	0	logfile
✘	8K1D	36792	2024-09-23	2023-07-10	3.53	3.93	3.62	4.0	0.003	0.71	0.0	0.04	16.89	0.00	2.230	11.65	0.57	1.4	98.6	0.0	1.26	0.46	0.68	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4902	610	2	0	0	0	0	logfile
✘	8JiW	36332	2024-09-28	2023-05-28	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	68755	4412	37	1571	87	0	0	logfile
✘	8KiE	37258	2024-09-26	2023-08-23	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12424	600	5	361	30	0	0	logfile
✘	9B64	44245	2024-09-28	2024-03-23	3.56	2.72	3.47	3.4	0.003	0.64	0.0	0.04	16.81	0.01	2.201	9.65	0.15	2.6	97.4	0.0	1.70	0.61	0.81	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18493	2378	8	0	0	0	0	logfile
✘	8oRS	17131	2024-09-25	2023-04-17	4.3	3.48	3.31	3.3	0.003	0.55	0.0	0.05	13.61	0.00	2.121	7.43	0.00	4.5	95.5	0.0	0.02	0.49	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10124	1298	4	0	2	0	0	logfile
✘	8GFZ	29989	2024-09-24	2023-03-08	3.0	3.28	3.08	3.3	0.003	0.50	0.0	0.04	13.53	0.00	2.201	2.21	0.00	1.7	98.3	0.0	0.72	0.65	0.88	4.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6744	891	6	0	2	5	0	logfile
✘	8WCR	37447	2024-09-27	2023-09-13	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14615	1560	15	0	50	270	0	logfile
✘	8C21	16387	2024-09-26	2022-12-21	3.6	4.19	3.27	3.8	0.003	0.58	0.0	0.04	14.61	0.00	2.223	10.61	0.07	5.2	94.4	0.4	0.00	0.65	0.67	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11954	1441	6	0	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 538
• next →