Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8CED	16606	2024-09-24	2023-02-01	4.15	3.12	4.20	3.1	0.009	1.59	17.0	0.11	23.64	0.02	1.605	10.40	3.91	6.4	92.9	0.7	-3.32	0.50	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51964	2928	22	1340	0	0	0	logfile
✘	8K6N	36924	2024-09-25	2023-07-25	3.2	2.28	3.18	2.1	0.004	0.66	0.0	0.05	13.23	0.00	2.211	11.71	0.10	5.7	94.3	0.0	0.15	0.71	0.69	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9291	1186	6	0	0	0	0	logfile
✘	8J85	36060	2024-09-30	2023-04-30	2.7	2.97	2.82	3.1	0.006	0.75	0.0	0.05	17.83	0.00	1.711	4.55	1.32	2.0	98.0	0.0	-0.55	0.71	0.85	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24376	3192	16	0	24	0	0	logfile
✘	8So3	40646	2024-09-27	2023-04-28	3.61	3.84	3.58	3.8	0.005	0.85	1.0	0.05	13.96	0.01	1.803	10.38	0.68	6.5	93.4	0.2	-1.49	0.73	0.72	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16718	1205	8	0	4	0	7947	logfile
✘	8P7B	17528	2024-09-26	2023-05-30	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12363	1143	10	161	6	2	0	logfile
✘	8QFS	18383	2024-09-26	2023-09-04	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13294	1576	4	61	2	0	0	logfile
✘	8GJE	40088	2024-09-29	2023-03-15	3.4	3.94	3.46	3.8	0.007	1.06	0.0	0.07	14.03	0.01	1.626	1.63	0.29	2.4	97.6	0.0	1.00	0.79	0.83	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20613	2379	48	0	129	0	0	logfile
✘	8U14	41801	2024-09-28	2023-08-30	3.9	4.27	3.88	4.0	0.003	0.65	0.0	0.04	26.36	0.00	1.330	14.66	0.00	3.3	96.7	0.0	0.65	0.88	0.83	1.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13995	1006	13	293	2	0	0	logfile
✘	8QHC	18407	2024-09-27	2023-09-07	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14829	1764	5	61	2	0	0	logfile
✘	8P4X	17429	2024-09-24	2023-05-23	2.57	2.74	2.57	2.8	0.004	0.56	0.0	0.04	13.12	0.00	2.112	1.65	0.00	3.6	96.4	0.0	-0.11	0.74	0.85	5.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8756	1052	6	0	4	84	0	logfile
✘	7XSU	33435	2024-09-25	2022-05-15	3.4	3.68	3.45	3.7	0.011	1.61	9.0	0.11	19.27	0.01	1.440	12.45	5.06	5.5	94.1	0.4	1.66	0.55	0.75	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8969	1152	3	0	13	0	0	logfile
✘	8FSB	29418	2024-09-27	2023-01-09	2.75	3.19	2.70	3.0	0.004	0.71	0.0	0.05	14.09	0.00	2.031	4.07	0.00	5.3	94.7	0.0	-0.81	0.81	0.82	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16640	1975	10	0	20	0	0	logfile
✘	8P5U	17453	2024-09-24	2023-05-24	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52878	6714	12	0	24	0	0	logfile
✘	8SEK	40419	2024-09-23	2023-04-10	3.5	3.55	3.07	3.8	0.032	2.39	0.0	0.14	10.43	0.01	2.397	1.27	0.00	20.0	80.0	0.0	-3.19	0.49	0.76	4.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2380	320	10	0	0	0	0	logfile
✘	8Fo1	29338	2024-09-30	2022-12-29	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24481	1596	4	0	0	0	12140	logfile
✘	8KFX	37207	2024-09-24	2023-08-16	2.96	2.23	3.09	2.0	0.004	0.61	0.0	0.04	16.55	0.00	2.189	11.28	0.51	2.5	97.5	0.0	0.90	0.79	0.79	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9001	1139	6	0	1	0	0	logfile
✘	8HKX	34862	2024-09-26	2022-11-28	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.91	—	—	1.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.07	—	—	—	0.69	59656	3419	28	1491	57	0	0	logfile
✘	8JZ7	36736	2024-09-25	2023-07-04	2.6	2.26	—	1.9	0.006	0.85	0.0	0.05	13.85	0.01	2.197	15.42	0.61	7.0	93.0	0.0	-2.16	0.75	0.73	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9042	1144	6	0	1	0	0	logfile
✘	8WPE	37714	2024-09-27	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16745	1898	11	69	1	0	0	logfile
✘	8TXR	41704	2024-09-28	2023-08-24	3.8	3.13	—	1.5	0.004	0.46	0.0	0.04	11.55	0.00	1.930	3.65	0.59	1.8	98.2	0.0	0.92	0.88	0.81	1.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19020	2388	20	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 538
• next →