Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7YKJ	33892	2024-09-23	2022-07-22	3.5	3.71	3.62	3.7	0.013	1.78	1.0	0.09	15.54	0.04	1.761	8.58	2.98	6.6	92.2	1.1	-2.51	0.51	0.72	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4811	626	4	0	0	0	0	logfile
✘	8DTi	27699	2024-09-25	2022-07-25	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9455	1258	4	0	2	0	0	logfile
✘	7NAT	12247	2024-09-24	2021-01-25	3.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	50921	2562	25	1430	66	0	0	logfile
✘	6M4N	30079	2024-09-28	2020-03-07	3.8	4.04	—	3.8	0.009	1.17	0.0	0.06	11.94	0.01	2.164	7.82	0.73	10.9	88.9	0.2	-4.50	0.70	0.81	1.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17836	2254	10	0	2	0	0	logfile
✘	7F62	31470	2024-09-23	2021-06-24	3.6	4.33	—	4.1	0.003	0.65	0.0	0.04	13.21	0.00	1.925	19.73	1.38	8.1	91.6	0.2	-2.76	0.66	0.62	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3321	427	3	0	0	0	0	logfile
✘	7C2K	30275	2024-09-25	2020-05-07	2.93	3.24	3.00	3.1	0.007	0.67	0.0	0.04	15.54	0.00	2.256	7.20	0.00	4.5	95.5	0.0	-2.91	0.78	0.89	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10692	1256	8	31	3	0	0	logfile
✘	7JR9	22444	2024-09-25	2020-08-11	2.95	3.21	—	3.1	0.008	0.82	0.0	0.05	8.26	0.01	2.235	4.11	0.00	3.1	96.9	0.0	-2.53	0.84	0.89	5.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10021	1300	7	0	14	0	0	logfile
✘	8i4A	35167	2024-09-25	2023-01-19	3.4	3.59	3.42	3.6	0.012	0.94	0.0	0.05	15.10	0.01	2.115	13.72	0.00	5.1	94.9	0.0	-1.46	0.61	0.79	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9763	1218	2	0	1	0	0	logfile
✘	8SL0	40570	2024-09-23	2023-04-20	3.3	4.17	3.09	3.8	0.003	0.62	0.0	0.05	16.00	0.00	2.201	7.96	0.00	8.4	91.2	0.4	-1.67	0.42	0.83	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1737	228	1	0	0	0	0	logfile
✘	7ASN	11901	2024-09-30	2020-10-27	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	80694	2545	25	2848	0	0	0	logfile
✘	6S6T	10105	2024-09-25	2019-07-03	4.1	4.22	4.17	4.1	0.024	0.98	0.0	0.08	13.05	0.00	1.163	8.26	0.02	5.6	94.4	0.0	-3.19	0.74	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56543	7304	14	0	17	0	0	logfile
✘	7LB8	23251	2024-09-25	2021-01-07	3.4	3.48	—	3.5	0.002	0.62	1.0	0.04	14.95	0.00	2.093	9.76	2.66	4.7	95.0	0.3	-1.98	0.58	0.72	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10439	1405	4	0	0	0	0	logfile
✘	7YGB	33814	2024-09-24	2022-07-11	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8738	0	5	407	54	0	0	logfile
✘	7ZRZ	14923	2024-09-24	2022-05-05	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.27	—	—	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.14	—	—	—	1.82	6580	617	5	77	0	0	0	logfile
✘	6ZXH	11521	2024-09-30	2020-07-29	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	76979	5195	45	1651	135	0	0	logfile
✘	7XHN	33196	2024-09-29	2022-04-09	3.71	3.96	3.74	3.8	0.011	1.26	0.0	0.06	19.32	0.01	1.828	35.23	1.25	8.6	90.7	0.7	-2.92	0.75	0.72	1.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23364	2888	20	50	0	0	0	logfile
✘	7VX1	32167	2024-09-30	2021-11-12	3.5	2.44	—	3.4	0.002	0.49	1.0	0.04	7.46	0.00	1.753	8.22	0.00	4.3	95.7	0.1	-2.11	0.63	0.59	1.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25362	3237	3	0	0	0	0	logfile
✘	6RJU	4906	2024-09-23	2019-04-29	3.2	4.49	2.14	10.0	0.007	0.93	0.0	0.05	15.36	0.00	2.423	4.52	0.00	11.6	88.4	0.0	-7.10	0.22	-0.01	-0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1992	131	1	0	0	0	997	logfile
✘	7W0M	32244	2024-09-25	2021-11-18	3.71	2.51	3.74	2.2	0.004	0.76	0.0	0.05	14.11	0.00	2.230	11.46	0.00	5.6	94.4	0.0	-1.90	0.73	0.74	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8929	1134	6	0	1	0	0	logfile
✘	7BH9	12187	2024-09-23	2021-01-11	2.9	3.58	2.91	3.4	0.007	0.77	0.0	0.05	13.18	0.00	2.021	5.17	0.33	4.9	95.1	0.0	-3.10	0.85	0.88	3.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5876	730	3	0	4	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 538
• next →