Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7R77	24294	2024-09-27	2021-06-24	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14980	1830	4	25	5	0	0	logfile
✘	7FFL	31568	2024-09-30	2021-07-23	3.1	3.25	—	3.2	0.007	0.96	4.0	0.07	9.55	0.01	2.092	5.13	0.35	6.7	93.2	0.2	-3.39	0.46	0.81	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25767	3336	18	0	3	0	0	logfile
✘	6DBU	7850	2024-09-27	2018-05-03	3.9	4.03	—	3.9	0.007	1.20	8.0	0.05	22.11	0.01	1.769	23.39	0.13	8.8	90.9	0.2	-4.17	0.80	0.81	1.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17010	1788	10	136	6	0	0	logfile
✘	6VAF	21139	2024-09-29	2019-12-17	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41243	2429	5	58	0	0	20677	logfile
✘	6VXZ	21453	2024-09-26	2020-02-25	3.42	3.56	3.37	3.6	0.011	1.07	0.0	0.06	23.66	0.01	1.959	12.61	2.40	8.1	91.9	0.0	-3.97	0.71	0.81	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13324	1556	8	0	28	0	0	logfile
✘	7Xi9	33200	2024-09-24	2022-04-12	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7620	870	8	24	4	232	0	logfile
✘	6LHS	0896	2024-09-29	2019-12-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1456	2	0	0	0	11313	logfile
✘	7EUo	31323	2024-09-25	2021-05-18	2.9	3.61	2.97	3.5	0.004	0.65	0.0	0.05	13.72	0.00	2.198	6.82	0.00	4.3	95.7	0.0	-0.21	0.63	0.82	3.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8950	1138	7	0	2	0	0	logfile
✘	7XCT	33127	2024-09-29	2022-03-25	2.72	3.02	—	3.0	0.012	1.11	0.0	0.06	22.81	0.01	2.220	3.84	0.59	5.3	94.3	0.4	-5.11	0.73	0.82	3.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18633	1575	16	290	2	0	0	logfile
✘	7T02	25577	2024-09-27	2021-11-29	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14359	1752	4	25	5	0	0	logfile
✘	5LMR	4077	2024-09-25	2016-08-01	4.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55662	2628	29	1609	4	0	0	logfile
✘	7N0L	24108	2024-09-23	2021-05-25	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5270	626	4	0	2	0	0	logfile
✘	6NUR	0520	2024-09-24	2019-02-01	3.1	3.25	3.17	3.3	0.016	1.55	0.0	0.09	10.59	0.01	2.270	2.28	0.52	1.4	98.6	0.0	-0.12	0.64	0.81	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1087	5	0	2	0	0	logfile
✘	6E0P	8949	2024-09-27	2018-07-06	2.6	2.80	2.51	2.7	0.007	0.85	0.0	0.05	25.47	0.01	2.253	2.30	0.00	4.8	95.2	0.0	-2.18	0.79	0.86	4.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15567	1220	12	290	0	0	0	logfile
✘	7Y80	33676	2024-09-25	2022-06-22	2.71	2.92	2.77	3.0	0.005	0.90	3.0	0.05	20.87	0.01	2.031	8.90	3.77	1.8	98.2	0.0	-1.49	0.59	0.75	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10572	1218	3	35	5	0	0	logfile
✘	6LHU	0899	2024-09-29	2019-12-10	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23169	1518	2	0	0	0	11483	logfile
✘	7XiB	33201	2024-09-24	2022-04-12	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7178	815	8	24	2	196	0	logfile
✘	5LMT	4079	2024-09-25	2016-08-01	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55776	2622	31	1612	88	0	0	logfile
✘	6WKW	21811	2024-09-25	2020-04-17	3.6	3.75	—	3.6	0.017	1.19	0.0	0.06	15.79	0.00	2.066	12.81	0.52	12.6	87.3	0.2	-5.89	0.87	0.91	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10037	1319	8	0	4	0	0	logfile
✘	6RQJ	4983	2024-09-27	2019-05-15	3.5	4.14	3.49	3.7	0.006	0.74	0.0	0.11	14.35	0.00	2.041	11.05	0.06	6.9	92.9	0.2	-4.28	0.84	0.75	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14971	1899	6	0	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 538
• next →