Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6NDY	0443	2024-09-26	2018-12-14	3.6	3.70	—	3.6	0.005	0.89	0.0	0.05	14.71	0.01	2.037	4.67	0.00	5.9	94.1	0.0	-3.78	0.66	0.54	0.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12531	1596	12	0	20	0	0	logfile
✘	6ZB5	11145	2024-09-30	2020-06-07	2.85	2.93	2.86	2.9	0.009	0.77	1.0	0.06	18.16	0.01	1.985	2.81	3.76	7.6	92.4	0.0	-3.22	0.77	0.85	3.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24499	3096	9	0	29	0	0	logfile
✘	7KDP	22828	2024-09-27	2020-10-09	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15844	1914	6	0	34	0	0	logfile
✘	7U9P	26404	2024-09-23	2022-03-11	3.5	3.18	3.38	3.4	0.013	1.18	0.0	0.07	10.40	0.01	2.304	2.58	0.15	11.6	88.2	0.3	-4.34	0.69	0.84	4.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6126	773	6	0	4	0	0	logfile
✘	5A2Q	3019	2024-09-30	2015-05-21	3.9	4.01	—	3.9	0.008	1.23	0.0	0.05	24.76	0.01	1.830	13.38	12.93	4.3	95.5	0.2	-3.44	0.89	0.88	1.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	80749	4931	45	1922	115	144	0	logfile
✘	6LBH	0869	2024-09-25	2019-11-14	3.7	3.79	—	3.8	0.006	0.82	0.0	0.05	13.62	0.00	2.079	18.56	0.20	7.7	92.2	0.2	-2.87	0.75	0.83	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9219	1236	6	0	0	0	0	logfile
✘	6UEN	20754	2024-09-26	2019-09-22	3.67	3.75	—	3.7	0.006	0.65	0.0	0.04	14.23	0.00	2.112	9.04	0.13	4.6	95.4	0.0	-2.28	0.73	0.83	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13705	1696	5	0	0	0	0	logfile
✘	4V19	2787	2024-09-28	2014-09-25	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69409	4361	42	1583	171	204	0	logfile
✘	7Qo1	14080	2024-09-26	2021-12-23	4.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14179	1694	9	62	1	0	0	logfile
✘	6UXA	20931	2024-09-25	2019-11-07	4.5	5.05	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.628	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.71	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	7SMS	25207	2024-09-28	2021-10-26	3.18	3.33	—	3.3	0.006	0.78	0.0	0.05	17.59	0.00	2.187	5.21	0.00	2.8	97.2	0.0	1.21	0.78	0.85	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17051	2015	15	0	32	0	0	logfile
✘	5AJ3	2913	2024-09-27	2015-02-20	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66363	4665	49	1102	1006	118	0	logfile
✘	6N7W	0365	2024-09-24	2018-11-28	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7837	808	5	70	2	0	0	logfile
✘	6LMU	0920	2024-09-29	2019-12-26	3.4	3.65	3.35	3.7	0.010	1.16	0.0	0.06	16.07	0.01	2.033	5.34	1.50	10.7	89.3	0.0	-5.98	0.66	0.73	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22429	2893	11	0	0	0	0	logfile
✘	7XFM	33176	2024-09-26	2022-04-01	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12914	946	11	266	0	0	0	logfile
✘	7RZW	24780	2024-09-26	2021-08-27	3.3	3.02	3.30	3.3	0.006	1.01	0.0	0.06	15.42	0.01	2.321	7.55	0.88	5.8	94.2	0.0	-2.54	0.75	0.75	1.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13616	1723	4	0	2	0	0	logfile
✘	7TC0	25803	2024-09-26	2021-12-22	3.1	3.02	2.78	3.2	0.003	0.59	3.0	0.04	15.73	0.01	1.817	8.24	2.49	4.1	95.9	0.0	-1.78	0.74	0.81	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13809	1781	4	0	11	0	0	logfile
✘	7ARM	11887	2024-09-25	2020-10-25	3.6	3.73	—	3.7	0.003	0.70	0.0	0.05	13.16	0.01	2.328	2.77	0.17	4.8	95.2	0.0	-5.79	0.68	0.72	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10971	1438	7	0	2	0	0	logfile
✘	8DBC	27279	2024-09-26	2022-06-14	3.2	3.28	3.24	3.2	0.007	0.77	0.0	0.06	15.09	0.00	2.119	5.93	2.74	3.3	96.7	0.0	0.45	0.65	0.76	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14232	1854	12	0	12	0	0	logfile
✘	8A64	15205	2024-09-24	2022-06-16	4.6	7.63	4.66	4.6	0.008	0.86	0.0	0.06	10.17	0.01	2.112	20.40	0.00	5.8	94.2	0.0	-1.55	0.91	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6737	1354	4	0	3	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 539
• next →