cryo-EM Re-Refine

Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6oVH	20212	2024-09-25	2019-05-07	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10895	1272	36	0	68	171	0	logfile
✘	6XZD	10659	2024-09-27	2020-02-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.86	—	—	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63749	3919	7	20	0	0	31961	logfile
✘	7oZV	13138	2024-09-24	2021-06-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8409	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7XMU	33305	2024-09-27	2022-04-26	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15294	1842	18	0	36	822	0	logfile
✘	7PPo	13583	2024-09-25	2021-09-14	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10990	1383	5	0	2	0	0	logfile
✘	7MHS	23835	2024-09-29	2021-04-15	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21148	2652	11	0	48	0	0	logfile
✘	6XZP	10664	2024-09-28	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.75	—	—	1.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.28	—	—	—	2.21	66221	4077	8	20	0	0	33176	logfile
✘	7YG9	33812	2024-09-24	2022-07-11	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8630	0	4	404	8	0	0	logfile
✘	5LMT	4079	2024-09-25	2016-08-01	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55776	2622	31	1612	88	0	0	logfile
✘	7EZ2	31386	2024-09-24	2021-06-01	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8698	0	4	406	31	0	0	logfile
✘	6UZ8	20953	2024-09-29	2019-11-14	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23320	2936	8	0	16	0	0	logfile
✘	6LHU	0899	2024-09-29	2019-12-10	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23169	1518	2	0	0	0	11483	logfile
✘	6XZR	10666	2024-09-28	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.72	—	—	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.47	—	—	—	2.18	66206	4077	8	19	0	0	33177	logfile
✘	7T92	25750	2024-09-28	2021-12-17	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18777	1159	8	0	25	0	9156	logfile
✘	7oZU	13135	2024-09-24	2021-06-28	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8408	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	8TVY	41655	2024-09-30	2023-08-18	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	76945	4692	23	103	9	0	37409	logfile
✘	7PWF	13680	2024-09-26	2021-10-06	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60466	3965	45	1355	303	0	0	logfile
✘	7N0L	24108	2024-09-23	2021-05-25	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5270	626	4	0	2	0	0	logfile
✘	6VPC	21308	2024-09-27	2020-02-03	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16309	1633	9	154	5	0	0	logfile
✘	7YGC	33815	2024-09-24	2022-07-11	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8690	0	4	407	6	0	0	logfile