Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7TC0	25803	2024-09-26	2021-12-22	3.1	3.02	2.78	3.2	0.003	0.59	3.0	0.04	15.73	0.01	1.817	8.24	2.49	4.1	95.9	0.0	-1.78	0.74	0.81	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13809	1781	4	0	11	0	0	logfile
✘	6RBE	4795	2024-09-28	2019-04-10	3.8	3.81	4.03	5.1	0.007	1.27	0.0	0.06	23.46	0.01	2.076	9.10	1.35	11.9	86.8	1.2	-4.17	0.38	0.09	0.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72721	4512	33	1750	0	0	0	logfile
✘	8A64	15205	2024-09-24	2022-06-16	4.6	7.63	4.66	4.6	0.008	0.86	0.0	0.06	10.17	0.01	2.112	20.40	0.00	5.8	94.2	0.0	-1.55	0.91	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6737	1354	4	0	3	0	0	logfile
✘	6LX3	30004	2024-09-25	2020-02-10	3.15	3.29	3.08	3.2	0.016	1.20	0.0	0.07	15.57	0.01	2.266	5.25	1.40	10.5	89.5	0.0	-3.73	0.72	0.85	3.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11503	1490	6	0	0	0	0	logfile
✘	6S1M	10080	2024-09-28	2019-06-19	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19726	2399	11	50	3	0	0	logfile
✘	8BC3	15961	2024-09-27	2022-10-14	2.1	2.00	2.14	2.2	0.014	1.93	0.0	0.10	18.17	0.02	2.310	1.34	11.95	3.3	96.7	0.0	-4.28	0.71	0.84	5.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16880	2170	30	0	10	500	0	logfile
✘	6TM5	10518	2024-09-27	2019-12-03	3.9	4.07	—	4.1	0.010	1.11	0.0	0.05	15.92	0.01	1.619	28.83	0.76	11.9	87.8	0.3	-4.46	0.36	0.48	0.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63885	8117	23	0	3	0	0	logfile
✘	6RBE	4794	2024-09-28	2019-04-10	3.8	4.03	3.73	40.0	0.007	1.27	0.0	0.06	23.46	0.01	2.076	9.10	1.35	11.9	86.8	1.2	-4.17	0.25	0.02	0.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72721	4512	33	1750	0	0	0	logfile
✘	7QDS	13925	2024-09-26	2021-11-30	3.8	3.53	3.57	3.7	0.005	0.86	1.0	0.05	14.59	0.01	2.067	14.28	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.33	0.80	0.82	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13798	1771	4	0	0	0	0	logfile
✘	7UGN	26490	2024-09-30	2022-03-25	3.4	3.60	3.35	3.4	0.004	0.65	0.0	0.19	15.93	0.01	0.844	6.76	0.11	4.5	95.5	0.0	-3.47	0.83	0.84	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25698	3150	49	0	87	0	0	logfile
✘	7YHP	33835	2024-09-23	2022-07-14	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3815	374	4	38	1	0	0	logfile
✘	8DBN	27291	2024-09-26	2022-06-14	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14244	1824	12	0	24	0	0	logfile
✘	8EJG	28181	2024-09-25	2022-09-16	3.13	3.83	3.14	3.5	0.025	1.94	3.0	0.17	20.95	0.01	2.106	0.88	0.00	6.4	93.6	0.0	-1.09	0.86	0.81	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9966	1083	36	0	102	0	0	logfile
✘	8DBi	27285	2024-09-27	2022-06-14	2.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14496	1854	18	0	30	12	0	logfile
✘	7NKQ	12446	2024-09-25	2021-02-18	2.98	3.25	—	3.1	0.004	0.49	0.0	0.04	13.52	0.00	2.018	7.16	0.00	2.7	97.3	0.0	1.39	0.81	0.81	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10621	714	8	0	0	0	5312	logfile
✘	6S1N	10081	2024-09-28	2019-06-19	4.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19726	2399	11	50	3	0	0	logfile
✘	6TNY	10539	2024-09-28	2019-12-10	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19726	2399	10	50	3	0	0	logfile
✘	6SKY	10231	2024-09-29	2019-08-16	2.8	2.95	—	3.0	0.009	0.69	0.0	0.05	13.86	0.00	2.077	5.03	3.63	4.2	95.8	0.0	-2.12	0.75	0.85	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22348	2824	4	0	4	0	0	logfile
✘	6ND4	0441	2024-09-27	2018-12-13	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63993	9225	37	551	1306	0	0	logfile
✘	6UKN	20807	2024-09-23	2019-10-05	3.65	3.85	—	3.8	0.005	0.83	0.0	0.05	20.63	0.01	2.280	4.10	0.47	7.7	92.3	0.0	-2.59	0.70	0.82	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4109	536	4	0	8	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 538
• next →