Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	4V19	2787	2024-09-28	2014-09-25	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69409	4361	42	1583	171	204	0	logfile
✘	5AJ3	2913	2024-09-27	2015-02-20	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66363	4665	49	1102	1006	118	0	logfile
✘	7LYT	23601	2024-09-27	2021-03-08	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14354	712	6	92	6	0	6722	logfile
✘	6oMB	20124	2024-09-29	2019-04-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21815	2775	11	0	48	0	0	logfile
✘	7XGY	33189	2024-09-23	2022-04-07	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4555	574	8	0	4	0	0	logfile
✘	7XFM	33176	2024-09-26	2022-04-01	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12914	946	11	266	0	0	0	logfile
✘	7XFH	33172	2024-09-26	2022-04-01	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12969	957	11	264	0	0	0	logfile
✔	6UES	20755	2024-09-23	2019-09-23	3.7	3.94	—	3.2	0.002	0.48	0.0	0.02	26.31	0.00	2.100	7.29	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.87	0.76	—	3.3	0.007	0.90	0.0	0.04	27.47	0.01	1.929	30.44	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.83	0.88	0.83	—	3842	0	1	119	0	0	1291	logfile
✘	7KDP	22828	2024-09-27	2020-10-09	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15844	1914	6	0	34	0	0	logfile
✘	7Qo1	14080	2024-09-26	2021-12-23	4.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14179	1694	9	62	1	0	0	logfile
✘	7NV0	12601	2024-09-25	2021-03-15	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9928	1180	7	53	1	0	0	logfile
✔	5G2Y	3332	2024-09-26	2016-04-16	4.5	4.38	—	3.8	0.001	0.22	0.0	0.01	22.50	0.00	2.269	2.32	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.58	0.28	—	3.7	0.007	1.03	0.0	0.05	28.69	0.01	2.040	55.40	0.00	0.0	0.0	0.0	—	4.00	0.88	0.78	—	13494	0	1	630	0	0	0	logfile
✘	6V3E	21034	2024-09-24	2019-11-25	4.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	50850	2311	20	1528	0	0	0	logfile
✘	6N7W	0365	2024-09-24	2018-11-28	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7837	808	5	70	2	0	0	logfile
✔	7R6N	24283	2024-09-24	2021-06-22	4.1	3.51	—	3.7	0.006	0.96	0.0	0.04	25.04	0.01	2.036	3.68	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.56	0.75	—	3.7	0.007	0.83	0.0	0.04	24.91	0.01	1.762	15.26	0.00	0.0	0.0	0.0	—	1.26	0.58	0.76	—	7588	0	2	354	12	0	0	logfile
✘	8YGJ	39253	2024-09-29	2024-02-26	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19466	1777	6	241	0	0	0	logfile
✔	6LHV	0900	2024-09-27	2019-12-10	4.59	4.86	—	4.4	0.010	1.38	0.0	0.05	5.37	0.00	1.654	9.63	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.70	0.59	—	4.4	0.010	1.33	0.0	0.04	6.42	0.00	2.267	12.16	0.00	0.0	0.0	0.0	—	3.57	0.84	0.81	—	8456	0	3	0	1707	0	0	logfile
✔	6LHW	0901	2024-09-26	2019-12-10	4.84	5.29	—	4.6	0.008	1.37	1.0	0.05	5.28	0.00	1.530	14.43	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.64	0.56	—	4.6	0.008	1.28	0.0	0.04	6.20	0.00	2.244	9.56	0.00	0.0	0.0	0.0	—	2.92	0.85	0.76	—	7644	0	3	0	1541	0	0	logfile
✔	7R6M	24282	2024-09-24	2021-06-22	3.68	3.27	—	3.4	0.006	0.94	0.0	0.04	25.58	0.01	2.005	4.72	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.53	0.72	—	3.4	0.007	0.87	0.0	0.04	25.53	0.01	1.758	13.47	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.17	0.55	0.73	—	7755	0	3	362	13	0	0	logfile
✔	7R6L	24281	2024-09-24	2021-06-22	2.85	3.04	—	3.0	0.008	0.89	0.0	0.05	25.02	0.01	1.985	4.24	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.67	0.86	—	3.0	0.006	0.74	0.0	0.04	24.57	0.01	1.906	6.18	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.10	0.62	0.86	—	7857	0	3	366	20	0	0	logfile

• Page 1 of 539
• next →