Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8TVS	41650	2024-09-25	2023-08-18	4.4	4.59	4.48	4.1	0.004	0.77	0.0	0.05	15.19	0.00	1.713	10.23	0.00	4.5	95.5	0.1	-0.62	0.83	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56913	3697	22	104	443	0	24971	logfile
✘	8UNS	42415	2024-09-24	2023-10-19	3.4	3.73	3.46	3.7	0.004	0.77	0.0	0.05	14.48	0.00	2.332	3.61	0.00	2.1	97.9	0.0	1.05	0.65	0.86	4.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6683	916	6	0	2	1	0	logfile
✘	8K9L	36990	2024-09-24	2023-08-01	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8919	1142	9	0	3	0	0	logfile
✘	8HUD	35035	2024-09-25	2022-12-23	3.43	3.64	3.43	3.6	0.005	0.84	0.0	0.06	20.89	0.00	2.284	10.27	0.56	9.8	90.2	0.0	-1.38	0.71	0.70	1.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8670	767	4	108	0	0	0	logfile
✘	8TUG	41623	2024-09-27	2023-08-16	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65461	3748	22	103	512	0	31025	logfile
✘	8TVP	41647	2024-09-27	2023-08-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63938	3748	22	103	443	0	29847	logfile
✘	8G15	29662	2024-09-25	2023-02-01	2.07	2.66	1.97	2.4	0.005	0.96	0.0	0.05	16.07	0.01	2.243	5.30	1.59	5.0	95.0	0.0	-1.62	0.88	0.90	5.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10056	1336	4	0	0	0	0	logfile
✘	8SXi	40853	2024-09-28	2023-05-22	4.5	4.37	4.48	4.3	0.006	1.00	0.0	0.06	14.40	0.01	1.987	5.43	0.05	6.2	93.4	0.4	-1.44	0.60	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19257	2439	12	0	0	0	0	logfile
✘	8T3Q	41008	2024-09-25	2023-06-07	3.14	3.59	3.25	3.6	0.008	1.15	2.0	0.07	14.66	0.01	2.144	11.89	1.75	4.3	95.6	0.1	-1.14	0.45	0.67	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9035	1159	6	0	1	0	0	logfile
✘	8X64	38079	2024-09-23	2023-11-20	3.4	4.16	3.79	4.1	0.006	0.79	1.0	0.05	14.11	0.01	2.290	13.75	0.42	7.5	92.5	0.0	-0.76	0.45	0.61	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2189	263	2	0	1	0	0	logfile
✘	8XUS	38682	2024-09-30	2024-01-14	3.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25713	3189	6	0	55	0	0	logfile
✘	8HFL	34722	2024-09-23	2022-11-11	3.0	3.38	3.09	3.3	0.003	0.55	1.0	0.04	15.47	0.00	1.981	5.43	1.72	2.7	97.1	0.2	1.46	0.60	0.82	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4441	553	2	0	2	3	0	logfile
✘	8TVW	41653	2024-09-26	2023-08-18	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61455	3748	21	56	9	0	30492	logfile
✘	8TVQ	41648	2024-09-26	2023-08-18	4.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57734	3424	20	100	443	0	26880	logfile
✘	8QYo	18760	2024-09-23	2023-10-26	2.84	3.26	2.99	3.2	0.006	0.66	0.0	0.05	13.09	0.00	2.208	3.23	0.02	2.6	97.4	0.0	0.66	0.75	0.84	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47940	6174	28	0	0	0	0	logfile
✘	8HQ7	34946	2024-09-25	2022-12-13	2.7	2.88	2.96	2.8	0.003	0.72	0.0	0.05	12.54	0.01	2.131	5.95	0.00	4.8	95.2	0.0	0.23	0.77	0.85	4.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8292	1082	6	0	2	0	0	logfile
✘	8TTH	41608	2024-09-23	2023-08-13	3.54	3.67	3.52	3.7	0.003	0.69	0.0	0.04	16.67	0.00	2.174	12.41	0.20	2.9	97.1	0.0	0.88	0.60	0.75	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4620	603	3	0	0	0	0	logfile
✘	8WUS	37858	2024-09-29	2023-10-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18358	1766	6	192	0	0	0	logfile
✘	8REV	19109	2024-09-24	2023-12-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7797	898	7	26	2	0	0	logfile
✘	8J89	36064	2024-09-26	2023-05-01	2.31	3.12	2.39	2.9	0.003	0.46	0.0	0.04	10.98	0.00	2.215	5.85	0.15	3.6	96.4	0.0	0.51	0.82	0.89	4.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12222	1502	2	0	0	0	0	logfile

• Page 1 of 539
• next →