Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9F43	50182	2024-09-24	2024-04-26	3.49	3.69	3.45	3.7	0.002	0.49	0.0	0.04	14.27	0.00	2.074	5.62	0.21	2.3	97.7	0.0	1.09	0.63	0.77	1.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8465	1061	2	0	0	0	0	logfile
✘	9BHT	44552	2024-09-26	2024-04-22	3.26	4.41	3.27	3.3	0.006	1.13	4.0	0.05	19.39	0.01	2.058	21.47	2.05	6.0	93.0	1.0	-0.68	0.84	0.70	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12725	1562	12	4	2	0	0	logfile
✘	8K0A	36758	2024-09-27	2023-07-07	3.12	3.92	3.22	3.6	0.003	0.61	0.0	0.04	15.54	0.00	2.189	5.09	0.00	2.3	97.7	0.0	-0.50	0.88	0.82	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14952	1845	6	0	0	0	0	logfile
✘	8XLV	38460	2024-09-30	2023-12-26	3.07	2.39	3.08	3.2	0.003	0.67	1.0	0.05	13.41	0.01	2.202	11.82	0.15	7.8	91.9	0.3	-1.74	0.66	0.70	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24219	3025	12	0	36	0	0	logfile
✘	9CEU	45519	2024-09-26	2024-06-27	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13398	607	5	108	1	0	6141	logfile
✘	9EQ5	19897	2024-09-27	2024-03-20	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15796	2052	8	0	0	0	0	logfile
✘	9B5R	44222	2024-09-24	2024-03-22	2.95	3.43	3.01	3.3	0.003	0.45	0.0	0.04	9.74	0.00	2.006	1.30	1.31	1.7	98.3	0.0	1.02	0.75	0.82	3.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8935	1133	5	0	4	0	0	logfile
✘	8ZYC	60561	2024-09-24	2024-06-17	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	0	logfile
✘	9CEX	45522	2024-09-26	2024-06-27	3.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14679	600	8	151	3	3	6578	logfile
✘	8WiX	37571	2024-09-27	2023-09-25	2.29	2.42	2.29	2.4	0.015	1.75	0.0	0.10	18.64	0.02	0.000	8.78	9.17	2.8	96.8	0.4	-1.63	0.58	0.74	3.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14940	1722	36	0	24	702	0	logfile
✘	8U63	41942	2024-09-24	2023-09-13	3.01	2.25	2.99	2.0	0.003	0.56	0.0	0.04	17.94	0.00	2.151	8.88	0.48	2.8	97.2	0.0	-0.74	0.77	0.79	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7758	984	4	0	2	0	0	logfile
✘	9CEV	45520	2024-09-26	2024-06-27	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14047	600	6	131	3	3	6353	logfile
✘	8V1Q	42887	2024-09-26	2023-11-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11914	1367	5	56	2	3	0	logfile
✘	8V1R	42888	2024-09-26	2023-11-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11864	1355	5	56	6	3	0	logfile
✘	6o7K	0643	2024-09-25	2019-03-08	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.76	—	—	—	4.1	0.008	0.77	0.0	0.04	22.50	0.01	2.095	19.34	0.00	8.1	91.4	0.5	-1.78	—	0.90	0.84	—	57748	2934	25	1622	0	0	0	logfile
✘	7BoX	30135	2024-09-28	2020-03-20	3.8	3.29	—	3.8	0.012	1.46	5.0	0.07	12.93	0.01	2.236	9.53	0.05	8.1	91.5	0.5	-4.94	0.78	0.81	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18618	2334	12	0	0	0	0	logfile
✘	5UCY	8539	2024-09-30	2016-12-22	4.6	4.99	—	4.6	0.011	1.21	3.0	0.06	13.21	0.01	0.244	89.25	0.68	11.3	88.3	0.5	-4.47	0.50	0.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25005	2610	12	3	6	0	4467	logfile
✘	8EAo	27792	2024-09-28	2022-08-29	3.2	4.04	3.15	20.0	0.003	0.60	0.0	0.05	14.09	0.00	2.197	10.56	0.10	3.6	96.4	0.0	1.03	0.18	0.04	-0.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71628	8964	24	0	0	0	0	logfile
✘	5X58	6703	2024-09-30	2017-02-15	3.2	3.40	—	3.4	0.007	1.17	0.0	0.07	14.96	0.01	2.011	5.28	0.44	9.2	90.8	0.0	-4.64	0.68	0.79	2.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25265	3159	6	0	42	0	0	logfile
✘	8iB2	35329	2024-09-27	2023-02-09	3.8	3.87	3.55	3.8	0.003	0.69	0.0	0.05	13.90	0.01	2.232	3.61	0.00	2.2	97.8	0.0	-0.01	0.59	0.86	1.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15229	1931	11	0	5	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 539
• next →