Table showing results for December 2021

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6RM3	4935	2021-12-01	2019-05-05	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6ZJi	11234	2021-12-02	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6ZU5	11437	2021-12-01	2020-07-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✔	6XZG	10662	2021-12-02	2020-02-04	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6QCM	4508	2021-12-01	2018-12-28	4.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6SAE	10129	2021-12-01	2019-07-16	1.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	164640	18360	480	360	600	11040	0	logfile
✔	6RVW	4444	2021-12-01	2019-06-03	3.7	3.98	—	3.9	0.008	0.66	0.0	0.05	14.12	0.00	2.263	1.75	0.00	2.0	98.0	0.0	-2.37	0.79	0.82	2.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	110208	14520	384	0	120	0	0	logfile
✔	6RVV	4443	2021-12-01	2019-06-03	3.7	3.95	—	3.9	0.006	0.60	0.0	0.05	13.27	0.00	2.245	2.48	0.00	2.0	98.0	0.0	-2.44	0.78	0.82	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	110208	14520	384	0	120	0	0	logfile
✔	3J0G	5276	2021-12-01	2011-07-21	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	108000	14160	240	0	0	0	0	logfile
✔	6QN1	4595	2021-12-02	2019-02-08	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	141480	19740	240	0	0	0	0	logfile
✔	6SAG	10130	2021-12-01	2019-07-16	2.0	2.11	2.01	2.1	0.004	0.65	0.0	0.04	12.99	0.00	0.351	2.79	0.00	2.6	97.4	0.0	-0.33	0.58	0.86	6.64	2.1	0.003	0.61	0.0	0.04	15.39	0.01	2.062	3.07	1.30	3.0	97.0	0.0	1.51	0.73	0.60	0.89	6.85	54080	6120	240	120	240	2840	0	logfile
✔	6BVN	7295	2021-12-02	2017-12-13	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	211020	25920	240	0	60	0	1020	logfile
✔	3J0G	5275	2021-12-01	2011-07-21	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	108000	14160	240	0	0	0	0	logfile
✔	5A7A	3074	2021-12-01	2015-07-03	4.1	3.87	—	3.9	0.008	1.83	0.0	0.09	20.18	0.01	1.270	105.04	3.97	7.0	93.0	0.0	-3.08	0.56	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	158894	18550	212	318	0	0	0	logfile
✔	6SKG	10224	2021-12-01	2019-08-15	2.65	2.71	—	2.7	0.007	0.74	1.0	0.05	15.54	0.05	1.679	4.44	0.01	5.5	94.5	0.0	-2.77	0.77	0.87	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	167402	8302	138	4522	14	3556	0	logfile
✔	6SKF	10223	2021-12-01	2019-08-15	2.95	2.98	—	3.0	0.014	1.13	0.0	0.07	16.36	0.05	0.933	5.84	0.02	7.8	92.2	0.0	-3.56	0.77	0.87	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	161921	7751	134	4454	75	2367	0	logfile
✔	6WFT	21656	2021-12-02	2020-04-04	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	247080	30780	120	60	0	0	0	logfile
✘	6P6F	20261	2021-12-01	2019-06-03	4.5	4.71	4.50	4.6	0.017	1.59	0.0	0.09	9.24	0.01	2.442	0.18	0.00	0.3	99.7	0.0	0.73	0.71	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	159840	21060	120	0	0	0	0	logfile
✔	7A4F	11631	2021-12-02	2020-08-19	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	141432	18540	120	0	0	0	0	logfile
✔	6TH6	10503	2021-12-01	2019-11-18	2.55	2.57	—	2.6	0.010	0.95	2.0	0.06	15.77	0.03	0.662	5.11	0.03	7.5	92.5	0.0	-2.85	0.76	0.85	3.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	161508	7742	119	4518	16	2129	0	logfile

• Page 1 of 85
• next →