Table showing results for November 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6QCM	4508	2022-11-29	2018-12-28	4.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✔	7o0W	12681	2022-11-29	2021-03-27	2.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56476	5076	236	0	320	406	0	logfile
✔	7D1T	30547	2022-11-29	2020-09-15	1.95	1.88	1.89	1.9	0.020	1.91	31.0	0.10	18.53	0.02	1.200	3.45	2.40	1.9	97.9	0.2	-0.93	0.77	0.85	6.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52994	5312	108	0	196	2432	0	logfile
✔	7AR8	11876	2022-11-29	2020-10-23	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61461	7676	64	0	55	0	0	logfile
✔	7ML0	23904	2022-11-29	2021-04-27	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64214	7986	40	132	139	0	0	logfile
✔	6RDK	4821	2022-11-29	2019-04-12	3.7	3.64	—	3.7	0.006	0.91	0.0	0.06	14.09	0.01	2.103	6.44	0.44	4.9	94.9	0.2	-4.35	0.70	0.82	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53748	7103	37	0	11	0	0	logfile
✔	6FF4	4255	2022-11-29	2018-01-03	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72392	8220	35	273	16	0	0	logfile
✔	6ZNL	11313	2022-11-29	2020-07-06	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52864	7001	34	0	13	0	0	logfile
✔	6Y1A	10669	2022-11-29	2020-02-11	4.2	3.60	1.84	4.3	0.005	1.09	0.0	0.07	9.42	0.00	2.509	15.01	0.00	4.3	95.7	0.0	-4.99	0.53	0.63	—	4.2	0.005	0.76	0.0	0.04	11.27	0.00	2.048	15.89	0.00	9.8	90.2	0.0	-4.83	1.55	0.57	0.76	—	2960	400	32	0	16	0	0	logfile
✔	7KKL	22910	2022-11-29	2020-10-27	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53325	3360	27	0	63	0	26301	logfile
✔	6J5T	0680	2022-11-29	2019-01-12	3.4	3.94	—	3.0	0.009	1.20	0.0	0.07	11.49	0.01	1.182	7.10	0.59	11.3	88.4	0.3	-4.25	0.83	0.67	0.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53488	6640	25	0	15	0	0	logfile
✔	6WJJ	21694	2022-11-29	2020-04-13	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56908	7076	24	0	24	0	0	logfile
✔	5ZEU	6923	2022-11-29	2018-02-28	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52954	2406	22	1583	0	0	0	logfile
✔	6BNP	7116	2022-11-29	2017-11-17	4.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56792	7160	22	0	16	0	0	logfile
✔	7XU0	33454	2022-11-29	2022-05-18	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53028	3300	20	0	72	0	26135	logfile
✔	6Po3	20408	2022-11-29	2019-07-03	4.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53323	3406	20	0	12	0	26822	logfile
✔	6N3C	0334	2022-11-29	2018-11-14	3.3	3.53	—	3.5	0.009	1.31	0.0	0.07	14.00	0.00	2.387	18.47	0.00	11.5	88.5	0.0	-5.01	0.52	0.83	4.06	3.5	0.003	0.68	0.0	0.04	15.70	0.00	2.372	12.69	1.58	8.2	91.8	0.0	-3.77	2.40	0.51	0.82	3.93	4260	640	20	0	0	0	0	logfile
✔	6PoD	20412	2022-11-29	2019-07-03	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53787	3427	20	0	25	0	27048	logfile
✔	6UFR	20759	2022-11-29	2019-09-24	2.5	2.80	—	2.8	0.012	0.96	0.0	0.07	13.71	0.01	2.209	5.48	0.00	6.6	93.4	0.0	-1.99	0.50	0.87	5.55	2.8	0.004	0.63	0.0	0.06	17.00	0.00	2.402	2.46	2.95	4.8	95.2	0.0	-0.87	0.98	0.53	0.89	5.06	4420	630	20	0	0	90	0	logfile
✔	7RL4	24514	2022-11-29	2021-07-23	2.86	2.50	—	3.1	0.015	1.16	0.0	0.07	16.04	0.01	2.535	12.04	0.00	12.5	87.5	0.0	-4.62	0.39	0.82	4.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4620	680	20	0	0	0	0	logfile

• Page 1 of 23
• next →