Table showing results for December 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6ZJi	11234	2022-12-18	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZP	10664	2022-12-19	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6YLF	10837	2022-12-18	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZD	10659	2022-12-19	2020-02-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✔	7Z15	14441	2022-12-21	2022-02-24	1.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7Z37	14472	2022-12-18	2022-03-01	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZR	10666	2022-12-19	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7SPi	24771	2022-12-19	2021-11-02	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZG	10662	2022-12-19	2020-02-04	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7SPB	24769	2022-12-19	2021-11-02	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7BL2	12215	2022-12-19	2021-01-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6TU7	10590	2022-12-18	2020-01-03	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7SPC	24770	2022-12-18	2021-11-02	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✔	7Z8i	14552	2022-12-21	2022-03-17	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✔	5o60	3750	2022-12-17	2017-06-02	3.18	3.26	—	3.2	0.008	1.12	0.0	0.05	17.44	0.01	1.463	7.06	10.34	4.2	95.6	0.2	-3.02	0.76	0.89	2.25	3.2	0.005	0.64	0.0	0.04	16.95	0.01	1.820	10.32	0.99	4.3	95.7	0.0	-0.34	0.59	0.75	0.87	1.94	98153	3682	47	3240	412	0	0	logfile
✔	6DZP	8937	2022-12-17	2018-07-05	3.42	3.50	—	3.4	0.012	1.08	1.0	0.06	15.97	0.01	1.028	6.77	0.60	9.8	89.2	1.0	-4.67	0.79	0.82	3.24	3.4	0.003	0.58	0.0	0.03	16.06	0.00	2.067	9.06	0.57	5.8	94.2	0.0	-1.17	3.28	0.82	0.86	2.38	98097	3715	34	3237	0	0	0	logfile
✔	7S0S	24792	2022-12-17	2021-08-31	3.05	3.10	—	3.1	0.008	0.83	0.0	0.05	16.21	0.01	1.722	9.88	1.24	6.2	93.8	0.0	-1.73	0.58	0.66	0.70	3.1	0.006	0.70	0.0	0.04	16.36	0.01	1.071	9.57	0.61	5.8	94.2	0.0	-1.41	0.97	0.70	0.85	2.56	100057	3946	46	3236	407	0	0	logfile
✔	7F0D	31398	2022-12-17	2021-06-03	3.3	3.34	—	3.3	0.009	1.04	0.0	0.09	17.88	0.01	1.984	20.12	1.00	20.5	79.1	0.4	-5.56	0.58	0.76	2.20	3.3	0.006	0.81	0.0	0.05	17.09	0.01	1.957	16.53	1.08	14.6	85.3	0.1	-3.23	0.35	0.59	0.77	1.67	94362	3216	32	3233	2	3	0	logfile
✔	5V7Q	8641	2022-12-17	2017-03-20	3.7	3.74	—	3.7	0.007	0.90	0.0	0.05	11.17	0.01	2.022	3.05	0.00	10.2	89.2	0.6	-2.24	0.78	0.76	1.68	3.7	0.007	0.80	0.0	0.04	15.24	0.01	1.970	17.62	1.23	11.4	88.5	0.2	-2.55	1.60	0.81	0.81	1.20	94306	3216	32	3233	1	0	0	logfile
✔	5ZET	6922	2022-12-17	2018-02-28	3.2	3.44	—	3.4	0.012	1.22	3.0	0.06	16.75	0.01	1.189	18.18	3.90	7.9	90.7	1.4	-3.69	0.68	0.74	2.06	3.4	0.006	0.77	0.0	0.04	16.98	0.01	1.930	13.18	0.85	9.1	90.5	0.3	-2.16	1.98	0.69	0.80	2.08	97374	3689	34	3219	0	0	0	logfile

• Page 1 of 443
• next →