Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6XZD	10659	2023-04-22	2020-02-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6TF9	10491	2023-04-23	2019-11-13	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZR	10666	2023-04-23	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7SPC	24770	2023-04-29	2021-11-02	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6ZJi	11234	2023-04-21	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7Z37	14472	2023-04-23	2022-03-01	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6YLF	10837	2023-04-24	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7ToP	26034	2023-04-25	2022-01-24	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7SPB	24769	2023-04-21	2021-11-02	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZG	10662	2023-04-23	2020-02-04	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7Too	26033	2023-04-25	2022-01-24	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7SPi	24771	2023-04-21	2021-11-02	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZP	10664	2023-04-23	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✔	6ZQA	11357	2023-04-26	2020-07-09	4.4	4.48	—	4.4	0.006	1.11	1.0	0.06	14.62	0.01	1.928	5.28	0.00	9.3	90.4	0.3	-3.27	0.77	0.74	—	4.4	0.011	1.41	0.0	0.06	16.91	0.01	1.638	24.83	0.00	20.3	79.5	0.2	-3.96	1.34	0.76	0.75	—	125991	19047	63	1485	5	0	0	logfile
✔	7FiK	31600	2023-04-23	2021-07-31	3.7	3.41	—	2.2	0.007	0.98	1.0	0.05	9.93	0.00	1.868	3.44	3.73	6.0	93.8	0.2	-2.13	0.50	0.52	1.35	2.2	0.002	0.60	0.0	0.04	11.18	0.00	2.017	5.54	0.21	3.9	96.1	0.0	1.53	0.65	0.60	0.69	1.62	116163	19039	32	0	722	0	0	logfile
✔	8CWM	27026	2023-04-28	2022-05-19	3.4	3.68	3.41	3.5	0.003	0.56	0.0	0.04	12.14	0.00	2.102	9.06	0.01	6.4	93.6	0.0	-3.89	0.65	0.84	3.75	3.5	0.003	0.66	0.0	0.05	14.30	0.00	2.005	10.55	0.32	5.6	94.4	0.0	-0.34	1.60	0.65	0.85	3.36	130980	17220	60	0	0	0	0	logfile
✔	7JU4	22481	2023-04-28	2020-08-19	3.4	3.50	—	3.7	0.004	0.70	3.0	0.05	15.00	0.00	1.923	14.97	0.04	5.8	94.2	0.0	-0.77	0.58	0.71	1.64	3.7	0.003	0.65	0.0	0.04	16.56	0.00	1.890	12.89	0.33	4.4	95.6	0.0	0.07	0.41	0.60	0.78	1.22	133504	16960	90	14	101	0	0	logfile
✔	6X8T	22095	2023-04-28	2020-06-01	2.9	2.95	2.71	2.9	0.007	0.68	0.0	0.05	12.90	0.01	1.483	6.41	0.41	5.4	94.6	0.0	-0.76	0.86	0.88	4.43	2.9	0.002	0.50	0.0	0.04	15.63	0.00	2.225	4.94	0.70	5.0	95.0	0.0	0.24	3.98	0.86	0.89	4.12	133440	16800	60	0	0	0	0	logfile
✔	7WPS	32690	2023-04-27	2022-01-24	4.32	4.69	—	4.2	0.007	0.92	0.0	0.06	10.45	0.01	1.790	3.99	0.35	10.0	89.8	0.2	-4.55	0.72	0.47	—	4.1	0.003	0.72	0.0	0.04	11.70	0.00	2.104	14.22	0.12	7.5	92.5	0.0	-1.91	2.69	0.91	0.80	—	127624	16646	56	0	98	0	0	logfile
✔	6GJC	0011	2023-04-25	2018-05-16	3.3	3.78	3.65	3.6	0.008	1.07	6.0	0.06	10.27	0.01	2.247	5.47	1.03	7.5	92.5	0.0	-4.03	0.86	0.84	2.14	3.6	0.003	0.69	0.0	0.04	13.17	0.00	2.106	10.45	0.30	6.0	94.0	0.0	-0.63	0.66	0.87	0.86	1.70	124992	16620	12	0	6	0	0	logfile

• Page 1 of 372
• next →