Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7SA3	24943	2023-08-14	2021-09-22	2.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15960	1644	19	0	79	230	0	logfile
✘	6M32	30069	2023-08-17	2020-03-02	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23566	2523	13	0	67	0	0	logfile
✘	6Jo6	9854	2023-08-26	2019-03-20	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45099	3899	36	0	285	0	0	logfile
✘	8DDR	27339	2023-08-21	2022-06-18	3.2	2.96	3.18	3.2	0.015	0.94	0.0	0.07	11.39	0.00	2.251	5.05	1.77	3.3	96.7	0.0	1.33	0.82	0.82	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32074	3872	12	0	78	0	0	logfile
✘	6ZDG	11173	2023-08-20	2020-06-14	4.7	4.97	—	4.8	0.004	0.50	0.0	0.04	8.99	0.00	1.891	7.24	2.41	3.9	96.1	0.0	0.05	0.71	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28548	1884	12	0	3	0	13995	logfile
✘	7E8C	31014	2023-08-25	2021-03-01	3.16	2.56	3.11	2.5	0.006	0.98	3.0	0.06	16.36	0.01	1.508	13.70	9.23	7.7	92.0	0.3	-1.93	0.71	0.70	2.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40225	5218	21	0	0	0	0	logfile
✘	7CoY	30420	2023-08-10	2020-08-05	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57966	6096	66	0	279	84	0	logfile
✘	7RL5	24516	2023-08-18	2021-07-23	3.8	3.61	—	3.8	0.013	2.04	24.0	0.11	16.71	0.02	0.524	3.05	2.05	3.3	96.3	0.4	-1.86	0.40	0.52	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	106032	6708	24	0	24	0	52716	logfile
✘	6UUW	20902	2023-08-22	2019-11-01	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32438	4136	12	0	14	27	0	logfile
✘	5XNo	6744	2023-08-11	2017-05-23	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10020	854	8	0	72	0	0	logfile
✘	6MZU	9307	2023-08-22	2018-11-05	3.4	3.56	—	3.5	0.006	0.72	0.0	0.05	8.11	0.01	2.309	6.63	0.03	2.5	97.5	0.0	-4.73	0.78	0.85	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32833	4523	42	0	0	0	0	logfile
✘	7ZL1	14774	2023-08-19	2022-04-13	2.5	2.06	2.45	2.4	0.007	0.88	0.0	0.06	14.64	0.01	2.033	2.59	0.65	5.7	93.3	1.0	-0.02	0.73	0.86	6.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27257	1720	24	0	8	379	13574	logfile
✘	6Jo5	9853	2023-08-26	2019-03-20	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	48476	4170	40	0	313	0	0	logfile
✘	6RKV	4912	2023-08-14	2019-04-30	4.6	4.86	—	4.5	0.002	0.53	0.0	0.04	12.80	0.00	2.207	7.23	0.00	5.3	94.7	0.0	-1.73	0.87	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15460	1784	8	64	0	0	0	logfile
✘	6K15	9905	2023-08-16	2019-05-09	3.4	3.68	—	3.6	0.005	0.96	0.0	0.05	10.23	0.01	1.639	5.00	0.33	8.6	91.3	0.1	-4.21	0.74	0.78	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21486	2655	14	0	1	0	0	logfile
✘	5YKG	6833	2023-08-27	2017-10-14	4.57	4.68	4.39	4.4	0.005	0.71	4.0	0.04	13.41	0.01	2.245	13.33	7.90	4.2	95.6	0.1	-2.42	0.73	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	50868	6536	16	0	12	0	0	logfile
✘	7QDS	13925	2023-08-13	2021-11-30	3.8	3.53	3.57	3.7	0.005	0.86	1.0	0.05	14.59	0.01	2.067	14.28	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.33	0.80	0.82	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13798	1771	4	0	0	0	0	logfile
✘	7P14	13155	2023-08-09	2021-07-01	3.66	3.82	3.50	3.8	0.004	0.64	0.0	0.04	16.56	0.00	2.295	7.45	0.00	2.7	97.3	0.0	1.11	0.60	0.78	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3796	454	3	0	3	0	0	logfile
✘	7W4L	32307	2023-08-13	2021-11-28	3.1	3.14	—	3.1	0.007	0.82	2.0	0.05	17.34	0.01	2.198	8.90	0.28	4.2	95.6	0.1	0.78	0.79	0.88	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66469	8140	65	0	36	0	0	logfile
✘	7DZ8	30926	2023-08-16	2021-01-23	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69460	5986	55	0	471	0	0	logfile

• Page 1 of 542
• next →