Table showing results for November 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8AYH	15713	2023-11-17	2022-09-02	3.35	3.45	3.40	3.4	0.007	0.91	0.0	0.06	14.44	0.01	2.114	5.00	0.65	6.5	93.4	0.1	-4.12	0.83	0.85	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19109	2414	5	0	2	0	0	logfile
✘	6C26	7336	2023-11-17	2018-01-06	3.5	3.64	—	3.6	0.011	1.41	0.0	0.07	15.78	0.01	1.833	6.82	2.07	9.8	90.2	0.0	-4.59	0.67	0.80	3.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17188	2077	16	0	19	0	0	logfile
✘	6PTJ	20471	2023-11-21	2019-07-15	3.8	4.13	—	4.0	0.008	1.12	1.0	0.06	14.87	0.01	2.011	6.46	0.39	10.6	89.2	0.2	-5.32	0.86	0.82	1.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34361	4280	14	0	0	0	0	logfile
✘	6Z5R	11080	2023-11-19	2020-05-27	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25048	2336	72	0	105	3	0	logfile
✘	7E0i	30933	2023-11-14	2021-01-28	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8033	677	6	0	58	0	0	logfile
✘	3JCU	6617	2023-11-18	2016-03-10	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	75994	7648	76	0	322	0	0	logfile
✘	6Z5S	11081	2023-11-18	2020-05-27	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22794	2214	66	0	91	10	0	logfile
✘	6SHT	10205	2023-11-22	2019-08-08	2.73	2.88	2.75	2.8	0.015	1.55	0.0	0.07	19.28	0.01	0.000	7.75	5.56	0.6	98.8	0.6	-2.82	0.81	0.91	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37152	4176	24	0	48	1728	0	logfile
✘	6HZ7	0313	2023-11-16	2018-10-22	4.3	4.43	4.32	4.3	0.008	0.97	0.0	0.05	14.60	0.01	1.959	2.86	0.59	2.9	97.1	0.0	-0.47	0.81	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67582	4120	26	6	12	0	33368	logfile
✘	7S8B	24892	2023-11-18	2021-09-17	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21124	2448	8	0	46	0	0	logfile
✘	7AP9	11851	2023-11-20	2020-10-16	3.01	3.70	—	3.2	0.008	0.68	0.0	0.05	12.00	0.00	2.023	4.33	2.91	6.9	93.1	0.0	-0.45	0.90	0.88	3.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30881	3782	14	11	5	0	0	logfile
✘	7RES	24438	2023-11-20	2021-07-13	3.05	2.96	—	2.9	0.017	1.40	3.0	0.06	16.62	0.00	2.150	11.59	4.87	7.0	93.0	0.1	-3.02	0.64	0.83	4.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30088	3856	16	0	32	0	0	logfile
✘	5GW4	9540	2023-11-15	2016-09-08	4.7	4.89	—	4.8	0.001	0.42	0.0	0.04	7.26	0.00	2.187	6.49	0.00	4.3	95.6	0.1	-3.58	0.77	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64544	8446	16	0	0	0	0	logfile
✘	6PM5	20388	2023-11-16	2019-07-01	3.1	3.38	—	3.4	0.002	0.49	0.0	0.06	6.82	0.00	2.275	4.99	0.00	2.4	97.6	0.0	-4.42	0.52	0.78	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13975	1735	15	0	15	0	0	logfile
✘	6iGM	9668	2023-11-18	2018-09-25	4.0	4.14	—	4.1	0.004	0.88	0.0	0.05	10.13	0.01	1.054	20.78	2.70	7.3	91.6	1.1	-4.30	0.70	0.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24257	3054	9	0	62	0	0	logfile
✘	6QEM	4538	2023-11-15	2019-01-08	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65750	4104	24	26	16	0	32652	logfile
✘	5GW5	9541	2023-11-15	2016-09-08	4.6	4.75	—	4.7	0.002	0.58	0.0	0.04	7.37	0.00	2.136	6.87	0.01	4.5	95.4	0.1	-3.73	0.74	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64544	8446	16	0	0	0	0	logfile
✘	6RKo	4908	2023-11-14	2019-04-30	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7289	875	8	0	9	31	0	logfile
✘	7A95	11685	2023-11-20	2020-09-01	4.3	4.83	4.39	4.3	0.003	0.47	2.0	0.04	5.77	0.00	2.226	3.53	0.90	11.0	89.0	0.0	-4.57	0.87	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29887	3794	4	0	0	0	0	logfile
✘	6K0A	30036	2023-11-18	2019-05-05	4.6	4.81	—	4.5	0.003	0.70	0.0	0.04	15.45	0.01	2.316	2.94	0.83	5.3	94.7	0.0	-4.65	0.80	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22276	1364	14	516	2	0	0	logfile

• Page 1 of 528
• next →