Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6JP5	9866	2023-04-26	2019-03-25	2.9	3.03	—	3.1	0.016	1.54	4.0	0.13	14.11	0.01	1.921	28.83	6.11	7.7	91.7	0.6	-3.65	0.56	0.62	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22068	2694	14	0	39	0	0	logfile
✘	7D8X	30614	2023-04-21	2020-10-11	2.6	2.78	—	2.7	0.010	1.31	0.0	0.06	11.16	0.01	2.221	3.29	0.18	5.1	94.9	0.0	-3.36	0.70	0.86	4.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10928	1314	13	0	28	0	0	logfile
✘	7L8G	23233	2023-04-23	2020-12-31	4.3	4.35	4.01	4.1	0.022	1.76	0.0	0.16	10.27	0.02	2.354	1.35	0.00	1.2	98.8	0.0	0.64	0.79	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15802	1695	39	0	307	0	0	logfile
✘	7BYL	30244	2023-04-23	2020-04-23	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16332	2000	16	0	8	12	0	logfile
✘	7UK4	26574	2023-04-23	2022-03-31	1.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14487	1856	6	0	2	390	0	logfile
✘	6JPB	9869	2023-04-26	2019-03-26	2.9	3.09	—	3.1	0.015	1.48	3.0	0.12	13.70	0.01	1.739	21.16	4.38	8.5	91.1	0.4	-4.25	0.61	0.77	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21989	2694	14	0	35	0	0	logfile
✘	6VWK	21419	2023-04-20	2020-02-20	3.3	3.56	—	3.5	0.010	1.30	4.0	0.07	12.71	0.01	2.355	0.98	0.59	0.9	99.1	0.0	-0.35	0.65	0.83	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8423	1133	13	0	0	0	0	logfile
✘	7M5X	23684	2023-04-23	2021-03-25	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15476	1000	1	0	25	11	7545	logfile
✘	6JPA	9868	2023-04-26	2019-03-26	2.6	2.76	—	2.8	0.013	1.51	3.0	0.12	17.16	0.01	1.921	38.35	11.40	8.8	89.5	1.7	-3.83	0.54	0.61	1.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22232	2694	14	0	42	0	0	logfile
✘	6Vi0	21208	2023-04-25	2020-01-10	3.43	3.96	3.49	3.8	0.008	1.12	3.0	0.10	13.99	0.01	2.241	6.11	1.23	7.8	92.0	0.2	-5.43	0.80	0.83	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20823	2418	45	0	135	0	0	logfile
✘	6T0N	10356	2023-04-23	2019-10-03	2.54	2.64	2.56	2.6	0.005	0.69	0.0	0.05	14.69	0.01	2.105	3.18	4.90	4.3	95.4	0.2	-2.43	0.73	0.89	4.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14598	1703	12	29	2	268	0	logfile
✘	7M5Y	23685	2023-04-23	2021-03-25	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15447	1000	1	0	24	8	7534	logfile
✘	7WTD	32779	2023-04-28	2022-02-04	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27137	3491	6	0	4	0	0	logfile
✘	7M5V	23683	2023-04-24	2021-03-24	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16295	1046	1	0	24	6	7985	logfile
✘	7UL4	26591	2023-04-19	2022-04-03	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2524	351	3	0	1	4	0	logfile
✘	7WoR	32656	2023-04-29	2022-01-22	3.7	2.87	—	3.2	0.003	0.53	0.0	0.05	9.19	0.01	2.216	8.02	5.34	7.7	92.2	0.1	-4.04	0.72	0.71	1.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29670	3799	9	0	23	0	0	logfile
✘	7WTP	32794	2023-04-19	2022-02-05	3.8	3.62	—	3.4	0.007	0.96	0.0	0.05	16.68	0.01	2.103	8.20	0.04	8.7	91.1	0.1	-2.27	0.83	0.82	1.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52944	3296	20	1255	1	0	0	logfile
✘	8DK2	27481	2023-04-26	2022-07-01	4.1	4.81	4.17	4.1	0.002	0.47	0.0	0.04	13.54	0.00	1.988	7.72	2.88	3.7	96.3	0.0	2.05	0.84	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23727	2840	12	52	4	0	0	logfile
✘	7SXY	25510	2023-04-20	2021-11-24	2.79	3.53	—	3.2	0.005	0.84	0.0	0.06	13.35	0.01	2.303	2.81	0.00	1.3	98.7	0.0	-0.48	0.82	0.87	3.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6557	797	4	0	7	0	0	logfile
✘	6CRX	7575	2023-04-27	2018-03-19	3.9	4.05	4.09	3.9	0.010	1.12	1.0	0.06	9.42	0.01	2.208	7.00	0.18	6.8	93.2	0.0	-3.73	0.76	0.75	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26012	3203	33	0	74	0	0	logfile

• Page 1 of 372
• next →