Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7ZG7	14705	2023-07-17	2022-04-02	1.77	1.79	1.79	1.8	0.004	0.74	0.0	0.04	14.44	0.01	1.952	3.06	0.00	1.8	98.2	0.0	3.49	0.77	0.86	9.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39086	4128	72	0	382	2680	0	logfile
✘	7LUM	23522	2023-07-06	2021-02-22	4.5	4.68	—	4.6	0.007	0.85	0.0	0.05	14.02	0.00	1.970	26.15	0.00	7.5	92.3	0.2	-0.70	0.79	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63978	8374	16	0	0	0	0	logfile
✘	7RL9	24522	2023-07-16	2021-07-23	3.3	3.87	—	3.6	0.003	0.73	0.0	0.04	11.05	0.00	2.210	9.51	0.00	8.1	91.6	0.3	-1.82	0.82	0.81	1.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35220	4464	12	0	12	0	0	logfile
✘	8GVC	34290	2023-07-04	2022-09-14	2.89	3.10	2.90	3.2	0.002	0.48	0.0	0.04	14.66	0.00	1.670	13.40	1.14	2.0	97.8	0.2	2.06	0.64	0.82	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8080	1022	4	0	2	0	0	logfile
✘	7CQ7	30438	2023-07-07	2020-08-08	3.55	3.95	—	4.0	0.008	1.07	0.0	0.06	10.33	0.01	1.915	5.84	0.07	9.3	90.7	0.0	-4.47	0.39	0.42	0.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13810	1766	8	0	9	0	0	logfile
✘	7X08	32920	2023-07-16	2022-02-21	2.7	2.78	—	2.8	0.009	0.96	0.0	0.10	17.17	0.01	1.910	14.34	10.68	8.4	90.6	0.9	-2.76	0.63	0.76	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36396	4572	36	0	81	0	0	logfile
✘	6XEV	22154	2023-07-05	2020-06-14	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10545	1312	8	0	25	0	0	logfile
✘	7XYA	33515	2023-07-12	2022-06-01	3.3	3.39	3.24	3.2	0.004	0.68	1.0	0.04	18.79	0.00	1.962	11.59	1.00	4.0	95.9	0.0	-0.19	0.81	0.84	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26550	3479	11	126	1	0	0	logfile
✘	7Z5J	14522	2023-07-20	2022-03-09	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25576	3234	24	0	54	0	0	logfile
✘	7BL2	12215	2023-07-16	2021-01-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7oWG	13097	2023-07-06	2021-06-18	4.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	114114	7078	8	0	110	0	57040	logfile
✘	6TRC	10558	2023-07-12	2019-12-18	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	75591	6849	99	0	402	651	0	logfile
✘	5ZGB	6929	2023-07-16	2018-03-08	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35011	3102	31	0	215	0	0	logfile
✘	7o7Q	12753	2023-07-18	2021-04-13	3.6	4.18	—	4.0	0.010	1.54	10.0	0.08	14.43	0.01	1.769	11.99	0.63	14.5	84.1	1.4	-4.14	0.83	0.76	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40530	5126	16	0	40	0	0	logfile
✘	7XSQ	33431	2023-07-08	2022-05-15	2.88	2.17	2.83	2.1	0.009	0.93	3.0	0.06	17.11	0.01	2.157	2.60	2.74	6.1	93.8	0.1	-2.88	0.77	0.75	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16573	1967	4	34	4	0	0	logfile
✘	3JAF	6346	2023-07-07	2015-06-08	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13865	1710	15	0	15	0	0	logfile
✘	6VoY	21301	2023-07-08	2020-02-01	3.7	4.09	—	4.0	0.013	1.52	30.0	0.10	24.39	0.01	1.583	35.03	0.46	2.4	97.6	0.0	-6.32	0.69	0.82	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17556	1724	16	180	6	0	0	logfile
✘	7XYB	33516	2023-07-10	2022-06-01	3.7	4.48	3.71	3.3	0.005	0.75	1.0	0.05	16.21	0.00	1.956	17.39	0.62	4.8	95.0	0.2	-0.49	0.87	0.82	1.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22525	3187	10	65	1	0	0	logfile
✘	7K7G	22698	2023-07-06	2020-09-22	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11098	766	11	246	2	0	0	logfile
✘	6TRD	10559	2023-07-12	2019-12-18	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	74991	6849	84	0	402	51	0	logfile

• Page 1 of 500
• next →