Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7S8B	24892	2023-02-23	2021-09-17	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21124	2448	8	0	46	0	0	logfile
✘	7V21	31633	2023-02-20	2021-08-07	3.08	3.18	—	3.1	0.004	0.73	0.0	0.05	13.48	0.00	2.266	4.92	0.31	2.6	97.3	0.1	0.95	0.72	0.87	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11903	1505	4	0	0	0	0	logfile
✘	6DG7	7882	2023-02-22	2018-05-17	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16720	1955	29	0	40	5	0	logfile
✘	6PPL	20442	2023-02-18	2019-07-08	3.02	3.14	—	3.1	0.010	0.99	0.0	0.25	14.17	0.01	1.917	3.20	0.23	2.7	97.3	0.0	-6.00	0.74	0.86	4.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8155	980	6	0	4	0	0	logfile
✘	6iGM	9668	2023-02-24	2018-09-25	4.0	4.14	—	4.1	0.004	0.88	0.0	0.05	10.13	0.01	1.054	20.76	2.70	7.3	91.6	1.1	-4.30	0.70	0.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24257	3054	9	0	62	0	0	logfile
✘	6HZ7	0313	2023-02-26	2018-10-22	4.3	4.43	4.32	4.3	0.008	0.97	0.0	0.05	14.60	0.01	1.959	2.86	0.59	2.9	97.1	0.0	-0.47	0.81	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67582	4120	26	6	12	0	33368	logfile
✘	6BWD	7297	2023-02-24	2017-12-14	3.7	3.83	—	3.8	0.011	1.65	8.0	0.09	13.73	0.01	1.254	13.17	0.57	12.5	86.3	1.2	-5.69	0.64	0.76	1.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23187	2600	12	0	509	30	0	logfile
✘	7X76	33033	2023-02-24	2022-03-09	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64334	3793	18	168	15	0	31436	logfile
✘	7EDA	31062	2023-02-24	2021-03-15	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22843	2567	32	0	67	16	0	logfile
✘	6PM5	20388	2023-02-21	2019-07-01	3.1	3.38	—	3.4	0.001	0.42	0.0	0.06	6.80	0.00	2.275	4.99	0.00	2.4	97.6	0.0	-4.42	0.52	0.78	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13975	1735	15	0	15	0	0	logfile
✘	7K21	22639	2023-02-20	2020-09-08	3.0	3.25	—	3.1	0.007	0.87	0.0	0.06	10.39	0.01	2.066	5.07	0.00	2.5	97.5	0.0	-4.23	0.72	0.87	4.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11848	1488	8	0	16	0	0	logfile
✘	6QEM	4538	2023-02-24	2019-01-08	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65750	4104	24	26	16	0	32652	logfile
✘	5GW5	9541	2023-02-24	2016-09-08	4.6	4.75	—	4.7	0.002	0.58	0.0	0.04	7.37	0.00	2.136	6.87	0.01	4.5	95.4	0.1	-3.73	0.74	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64544	8446	16	0	0	0	0	logfile
✘	7K20	22638	2023-02-20	2020-09-08	3.2	3.37	—	3.2	0.013	1.02	0.0	0.06	10.52	0.01	2.141	3.41	0.00	4.5	95.5	0.0	-5.12	0.72	0.87	4.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11828	1488	8	0	12	0	0	logfile
✘	7D44	30569	2023-02-26	2020-09-22	4.0	4.14	—	4.0	0.006	0.86	0.0	0.05	14.78	0.00	2.049	20.50	0.28	16.3	83.6	0.1	-5.25	0.80	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28391	3825	12	0	0	0	0	logfile
✘	6LBH	0869	2023-02-19	2019-11-14	3.7	3.79	—	3.8	0.006	0.82	0.0	0.05	13.62	0.00	2.079	18.56	0.20	7.7	92.2	0.2	-2.87	0.75	0.83	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9219	1236	6	0	0	0	0	logfile
✘	6DJN	7937	2023-02-20	2018-05-25	3.1	3.26	—	3.2	0.011	0.95	0.0	0.06	10.67	0.01	2.106	5.53	0.00	5.4	94.6	0.0	-4.61	0.69	0.86	4.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11768	1488	8	0	12	0	0	logfile
✘	5GW4	9540	2023-02-24	2016-09-08	4.7	4.89	—	4.8	0.001	0.42	0.0	0.04	7.26	0.00	2.187	6.49	0.00	4.3	95.6	0.1	-3.58	0.77	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64544	8446	16	0	0	0	0	logfile
✘	7DSC	30830	2023-02-20	2020-12-30	3.5	3.66	—	3.5	0.004	0.55	0.0	0.04	12.74	0.00	2.299	4.53	0.00	1.6	98.4	0.0	-0.35	0.53	0.73	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11848	1528	16	0	8	0	0	logfile
✘	7E0i	30933	2023-02-18	2021-01-28	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8033	677	6	0	58	0	0	logfile

• Page 1 of 353
• next →