Table showing results for July 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✔	6RVW	4444	2022-07-03	2019-06-03	3.7	3.98	—	3.9	0.008	0.66	0.0	0.05	14.12	0.00	2.263	1.75	0.00	2.0	98.0	0.0	-2.37	0.79	0.82	2.87	4.0	0.004	0.69	0.0	0.05	18.09	0.00	2.125	11.85	1.00	1.4	98.6	0.0	-1.37	3.19	0.80	0.83	3.34	110208	14520	384	0	120	0	0	logfile
✔	5W7V	8781	2022-07-04	2017-06-20	3.8	3.42	—	3.5	0.007	0.77	0.0	0.06	12.79	0.00	2.365	17.82	0.00	1.4	98.6	0.0	-2.52	0.47	0.74	3.24	3.4	0.005	0.82	0.0	0.06	15.80	0.00	2.238	9.91	2.42	3.5	96.5	0.0	-0.65	1.28	0.53	0.79	3.88	20430	2640	270	0	0	0	0	logfile
✔	3J0G	5276	2022-07-03	2011-07-21	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	108000	14160	240	0	0	0	0	logfile
✔	7CKC	30385	2022-07-10	2020-07-16	2.9	2.95	—	2.9	0.007	0.92	0.0	0.05	16.47	0.01	2.090	5.46	0.00	2.2	97.8	0.0	-0.01	0.81	0.87	3.65	2.9	0.004	0.68	0.0	0.04	17.51	0.00	2.071	5.77	1.96	2.2	97.8	0.0	0.67	1.55	0.81	0.88	3.39	150300	20820	240	0	0	0	0	logfile
✔	3J0G	5275	2022-07-03	2011-07-21	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	108000	14160	240	0	0	0	0	logfile
✔	6QN1	4595	2022-07-07	2019-02-08	3.28	3.37	3.25	3.3	0.007	0.66	0.0	0.04	14.37	0.00	1.898	4.69	0.41	4.9	95.1	0.0	-2.95	0.81	0.85	2.33	3.3	0.003	0.59	0.0	0.04	17.84	0.00	2.083	5.56	0.49	1.8	98.2	0.0	0.22	0.78	0.82	0.87	1.99	141480	19740	240	0	0	0	0	logfile
✔	6SAG	10130	2022-07-03	2019-07-16	2.0	2.11	2.01	2.1	0.004	0.65	0.0	0.04	12.99	0.00	0.351	2.79	0.00	2.6	97.4	0.0	-0.33	0.58	0.86	6.64	2.1	0.004	0.63	0.0	0.04	15.40	0.01	2.054	3.11	1.17	3.1	96.9	0.0	1.56	0.73	0.60	0.89	6.90	54080	6120	240	120	240	2840	0	logfile
✘	7o0V	12680	2022-07-03	2021-03-27	2.5	2.50	—	2.4	0.005	0.99	0.0	0.05	15.29	0.01	1.180	2.11	0.31	1.2	98.8	0.0	1.63	0.82	0.86	5.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55475	4947	238	0	317	489	0	logfile
✘	7o0X	12682	2022-07-03	2021-03-28	2.44	2.39	—	2.3	0.005	0.97	0.0	0.05	15.18	0.01	1.184	1.97	0.23	1.4	98.6	0.0	1.33	0.82	0.86	5.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56446	5072	237	0	316	521	0	logfile
✘	7o0W	12681	2022-07-03	2021-03-27	2.47	2.42	—	2.3	0.006	1.02	0.0	0.05	15.37	0.01	1.181	2.28	0.28	1.4	98.6	0.0	1.25	0.82	0.86	5.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56476	5076	236	0	320	406	0	logfile
✘	7o0U	12679	2022-07-03	2021-03-27	2.35	2.42	—	2.3	0.005	0.99	0.0	0.05	15.46	0.01	1.183	2.09	0.41	1.2	98.8	0.0	1.39	0.83	0.86	5.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55758	4972	236	0	320	491	0	logfile
✘	7RoD	24592	2022-07-07	2021-07-30	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139944	19176	204	0	0	0	0	logfile
✘	7RoE	24593	2022-07-06	2021-07-30	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137886	18894	201	0	0	0	0	logfile
✘	7Roi	24597	2022-07-06	2021-07-30	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137886	18894	201	0	0	0	0	logfile
✘	7RoC	24591	2022-07-06	2021-07-30	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137886	18894	201	0	0	0	0	logfile
✘	7RoH	24595	2022-07-06	2021-07-30	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137886	18894	201	0	0	0	0	logfile
✘	7Ro6	24589	2022-07-06	2021-07-30	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137886	18894	201	0	0	0	0	logfile
✘	7RoG	24594	2022-07-06	2021-07-30	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137886	18894	201	0	0	0	0	logfile
✘	7Ro4	24587	2022-07-06	2021-07-30	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137886	18894	201	0	0	0	0	logfile
✘	7Ro3	24586	2022-07-06	2021-07-30	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137886	18894	201	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 392
• next →