Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7LHG	23339	2023-04-22	2021-01-23	3.8	4.27	—	4.2	0.008	1.67	1.0	0.08	14.92	0.01	2.325	7.96	0.00	5.3	94.6	0.1	-4.42	0.73	0.76	1.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11592	1492	4	0	0	0	0	logfile
✘	6QCT	4512	2023-04-24	2018-12-30	3.2	3.59	—	3.2	0.008	0.85	0.0	0.05	14.84	0.01	2.075	4.28	5.87	5.0	95.0	0.0	-3.92	0.90	0.84	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18266	2186	8	38	3	0	0	logfile
✘	7YPA	33997	2023-04-27	2022-08-03	3.05	3.16	3.05	3.1	0.003	0.59	0.0	0.04	14.85	0.01	2.191	3.02	0.08	3.1	96.9	0.0	-3.59	0.76	0.81	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26022	3129	10	86	3	0	0	logfile
✘	7SWo	25477	2023-04-20	2021-11-20	4.1	3.78	—	3.8	0.007	0.89	0.0	0.05	14.43	0.01	2.215	26.02	0.19	10.0	90.0	0.0	-2.59	0.65	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4784	627	3	0	0	0	0	logfile
✘	6Hio	0226	2023-04-23	2018-08-30	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16085	1925	20	0	30	0	0	logfile
✘	6R0C	4692	2023-04-22	2019-03-12	4.2	4.33	4.09	4.2	0.008	0.86	0.0	0.05	27.85	0.01	1.900	5.06	0.00	3.1	96.9	0.0	-2.35	0.88	0.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11737	747	11	284	1	0	0	logfile
✘	6i53	4411	2023-04-23	2018-11-12	3.2	3.37	3.20	3.3	0.007	0.90	0.0	0.05	9.13	0.01	2.264	3.96	0.00	3.7	96.3	0.0	-4.72	0.52	0.70	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15362	1821	16	0	34	0	0	logfile
✘	7ZR8	14886	2023-04-20	2022-05-03	3.7	3.81	3.43	3.8	0.003	0.46	0.0	0.04	8.45	0.00	2.181	7.02	0.74	3.9	96.1	0.0	-0.94	0.72	0.82	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3693	471	4	0	1	0	0	logfile
✘	6TF9	10491	2023-04-23	2019-11-13	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7E0H	30932	2023-04-20	2021-01-28	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8017	661	6	0	57	0	0	logfile
✘	6XKT	22224	2023-04-22	2020-06-27	3.75	3.88	—	3.8	0.009	0.99	1.0	0.07	13.78	0.01	1.732	26.25	0.08	16.5	83.1	0.4	-4.20	0.75	0.79	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13079	1678	12	0	8	0	0	logfile
✘	7P2Q	13172	2023-04-20	2021-07-06	4.9	4.54	—	4.3	0.004	0.84	0.0	0.05	8.76	0.01	2.264	4.17	0.00	5.0	95.0	0.0	-3.09	0.77	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4780	587	5	0	5	0	0	logfile
✘	5T4D	8354	2023-04-23	2016-08-29	3.0	3.12	2.96	3.1	0.010	0.81	0.0	0.05	8.91	0.00	2.120	12.34	0.26	4.4	95.6	0.0	-2.69	0.75	0.79	4.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14876	1852	8	0	12	0	0	logfile
✘	7P2P	13171	2023-04-20	2021-07-06	4.9	4.40	5.09	4.3	0.005	1.10	0.0	0.07	11.29	0.01	2.325	4.27	0.19	8.1	91.9	0.0	-3.94	0.76	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4783	587	5	0	5	0	0	logfile
✘	6YLF	10837	2023-04-24	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6RAK	4778	2023-04-21	2019-04-06	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10180	1280	5	0	4	0	0	logfile
✘	6WHA	21669	2023-04-20	2020-04-07	3.36	3.16	—	3.4	0.012	1.20	2.0	0.08	13.68	0.01	2.284	6.97	2.99	4.1	95.9	0.0	-0.19	0.78	0.85	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7888	1074	6	0	1	0	0	logfile
✘	6UXB	20932	2023-04-21	2019-11-07	4.9	5.50	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.627	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.74	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	8HJ9	34835	2023-04-20	2022-11-22	3.12	3.29	3.00	3.2	0.004	0.65	0.0	0.04	15.54	0.00	2.234	10.94	0.00	2.7	97.3	0.0	1.80	0.43	0.76	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3274	416	1	0	1	0	0	logfile
✘	7XL4	33272	2023-04-27	2022-04-21	3.86	3.92	—	3.8	0.001	0.36	0.0	0.04	9.42	0.00	2.274	4.13	0.00	1.4	98.6	0.0	-4.82	0.78	0.75	1.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24560	3479	8	0	3	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 372
• next →