Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7MYo	24082	2023-04-21	2021-05-21	2.92	3.27	2.93	3.3	0.005	0.89	0.0	0.05	15.08	0.01	2.225	9.92	0.59	5.9	94.1	0.0	-1.97	0.57	0.66	0.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10634	1278	2	0	1	0	0	logfile
✘	7D1T	30547	2023-04-19	2020-09-15	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52994	5312	108	0	196	2432	0	logfile
✘	8DDW	27344	2023-04-27	2022-06-19	4.7	4.19	4.62	4.0	0.003	0.53	0.0	0.04	14.47	0.00	2.179	11.42	8.35	5.4	94.5	0.1	0.15	0.72	0.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25869	3198	10	0	68	0	0	logfile
✘	6R93	4767	2023-04-26	2019-04-02	4.0	4.29	—	4.1	0.010	1.48	2.0	0.10	28.72	0.01	1.600	2.04	0.00	2.5	97.0	0.5	0.30	0.78	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22961	775	10	290	0	0	10123	logfile
✘	6R94	4768	2023-04-26	2019-04-02	3.5	2.44	—	3.6	0.012	1.01	1.0	0.07	26.38	0.01	2.114	1.78	0.00	3.0	96.6	0.4	0.29	0.74	0.70	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22367	803	10	290	0	0	9995	logfile
✘	6KN8	0729	2023-04-21	2019-08-03	4.8	8.89	—	8.4	0.019	1.81	10.0	0.10	12.39	0.01	2.211	9.21	0.41	2.0	97.4	0.5	-0.24	0.74	0.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60966	7669	44	0	15	0	0	logfile
✘	8DE8	27387	2023-04-20	2022-06-20	2.82	3.75	2.73	3.6	0.006	1.63	0.0	0.05	17.71	0.01	2.200	6.01	0.43	2.6	97.4	0.0	2.28	0.67	0.81	1.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4498	552	4	0	8	0	0	logfile
✘	7RGM	24452	2023-04-21	2021-07-15	2.8	2.86	—	2.9	0.014	1.70	0.0	0.08	15.75	0.01	2.328	1.94	3.63	5.2	94.6	0.3	-1.77	0.62	0.86	3.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59928	3872	16	0	32	0	29736	logfile
✘	6Po1	20406	2023-04-19	2019-07-03	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53244	3407	20	0	18	0	26717	logfile
✘	8A01	15044	2023-04-20	2022-05-26	3.2	3.25	3.20	3.2	0.002	0.44	0.0	0.05	14.81	0.00	2.289	4.13	0.00	2.0	98.0	0.0	0.02	0.48	0.86	2.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5511	717	3	0	0	0	0	logfile
✘	6UKN	20807	2023-04-20	2019-10-05	3.65	3.85	—	3.8	0.005	0.83	0.0	0.05	13.77	0.01	2.280	4.10	0.47	7.7	92.3	0.0	-2.59	0.70	0.82	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4109	536	4	0	8	0	0	logfile
✘	8EFB	28077	2023-04-21	2022-09-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8947	1136	6	0	1	0	0	logfile
✘	6Q6i	4468	2023-04-21	2018-12-11	3.7	3.77	—	3.8	0.009	1.22	0.0	0.06	17.03	0.01	2.244	8.63	1.89	16.7	83.0	0.3	-5.81	0.70	0.74	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57200	7490	10	0	10	0	0	logfile
✘	7P14	13155	2023-04-20	2021-07-01	3.66	3.82	3.50	3.8	0.004	0.64	0.0	0.04	16.56	0.00	2.295	7.45	0.00	2.7	97.3	0.0	1.11	0.60	0.78	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3796	454	3	0	3	0	0	logfile
✘	7E0K	30935	2023-04-20	2021-01-28	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8044	677	6	0	58	0	0	logfile
✘	7W9F	32366	2023-04-20	2021-12-09	3.6	2.59	—	2.2	0.003	0.73	0.0	0.05	13.99	0.01	2.302	3.37	0.00	3.7	96.3	0.0	-3.66	0.73	0.72	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4856	625	3	0	0	0	0	logfile
✘	6XPD	22285	2023-04-20	2020-07-08	3.8	3.62	—	3.7	0.007	0.77	0.0	0.04	14.37	0.00	1.461	13.89	0.20	9.4	90.6	0.0	-3.83	0.60	0.85	1.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4622	606	4	0	4	0	0	logfile
✘	7W2Z	32268	2023-04-21	2021-11-24	2.8	3.01	—	3.0	0.009	1.13	1.0	0.06	14.53	0.01	2.078	8.01	0.82	3.6	96.3	0.1	-4.01	0.60	0.80	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9080	1154	7	0	3	0	0	logfile
✘	7XT9	33443	2023-04-23	2022-05-16	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14875	927	4	0	7	0	7351	logfile
✘	6NT7	0504	2023-04-20	2019-01-28	4.0	4.27	—	4.1	0.008	0.90	0.0	0.05	14.16	0.01	2.238	5.64	0.00	6.2	93.8	0.0	-3.29	0.75	0.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4729	588	3	0	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 372
• next →