cryo-EM Re-Refine

Table showing results for November 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7QHo	13977	2023-11-21	2021-12-13	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93446	5870	54	0	78	10	44952	logfile
✘	7F4V	31455	2023-11-16	2021-06-21	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67641	6336	78	0	453	402	0	logfile
✘	7FiL	31602	2023-11-13	2021-07-31	3.0	2.84	—	3.6	0.008	1.05	2.0	0.06	18.46	0.01	2.213	19.35	8.76	7.7	91.1	1.2	-1.82	0.71	0.75	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3993	504	1	0	0	0	0	logfile
✘	7o6E	12738	2023-11-21	2021-04-10	2.1	1.78	2.15	1.6	0.017	1.10	0.0	0.07	18.13	0.01	2.110	3.49	0.00	2.3	97.7	0.0	2.10	0.87	0.88	6.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35304	4248	48	0	0	1392	0	logfile
✘	7D5i	30582	2023-11-13	2020-09-26	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6232	793	3	0	3	0	0	logfile
✘	7E0J	30934	2023-11-14	2021-01-28	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8140	672	6	0	56	0	0	logfile
✘	6PP7	20421	2023-11-21	2019-07-05	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32499	2081	13	0	25	0	16296	logfile
✘	6Po1	20406	2023-11-13	2019-07-03	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53244	3407	20	0	18	0	26717	logfile
✘	6SPD	10282	2023-11-20	2019-09-01	3.28	3.35	—	3.3	0.010	1.16	0.0	0.06	18.38	0.01	0.400	15.51	1.26	12.2	87.1	0.7	-5.12	0.66	0.50	0.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	90352	3458	32	2967	0	0	0	logfile
✘	7VZB	32224	2023-11-14	2021-11-15	3.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9524	1170	4	0	4	0	0	logfile
✘	6KN8	0729	2023-11-15	2019-08-03	4.8	8.89	—	8.4	0.019	1.81	10.0	0.10	12.39	0.01	2.211	9.21	0.41	2.0	97.4	0.5	-0.24	0.74	0.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60966	7669	44	0	15	0	0	logfile
✘	6R93	4767	2023-11-18	2019-04-02	4.0	4.29	—	4.1	0.010	1.48	2.0	0.10	29.24	0.01	1.600	2.04	0.00	2.5	97.0	0.5	0.30	0.78	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22961	775	10	290	0	0	10123	logfile
✘	7P14	13155	2023-11-13	2021-07-01	3.66	3.82	3.50	3.8	0.004	0.64	0.0	0.04	16.56	0.00	2.295	7.45	0.00	2.7	97.3	0.0	1.11	0.60	0.78	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3796	454	3	0	3	0	0	logfile
✘	6Q6i	4468	2023-11-14	2018-12-11	3.7	3.77	—	3.8	0.009	1.22	0.0	0.06	17.03	0.01	2.244	8.63	1.89	16.7	83.0	0.3	-5.81	0.70	0.74	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57200	7490	10	0	10	0	0	logfile
✘	7D1T	30547	2023-11-13	2020-09-15	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52994	5312	108	0	196	2432	0	logfile
✘	8EFB	28077	2023-11-14	2022-09-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8947	1136	6	0	1	0	0	logfile
✘	7E2Y	30972	2023-11-14	2021-02-07	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6987	868	4	0	6	0	0	logfile
✘	7DR2	30823	2023-11-20	2020-12-25	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	89952	8588	76	0	438	0	0	logfile
✘	6NT5	0502	2023-11-13	2019-01-28	4.1	4.28	—	4.1	0.006	0.93	0.0	0.05	10.32	0.01	2.300	3.59	0.41	4.7	95.3	0.0	-2.40	0.73	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4586	584	2	0	0	0	0	logfile
✘	7Y6i	33641	2023-11-14	2022-06-20	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8176	938	8	0	37	6	0	logfile