Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8EAK	27979	2023-02-24	2022-08-29	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24218	3008	17	9	14	12	0	logfile
✘	8EP0	28494	2023-02-25	2022-10-04	4.9	6.49	5.04	5.3	0.004	0.79	0.0	0.05	12.19	0.01	2.237	11.79	0.00	3.6	96.4	0.0	0.06	0.70	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24408	3372	8	0	0	0	0	logfile
✘	8DQ1	27646	2023-02-24	2022-07-18	4.1	3.85	3.29	3.9	0.011	1.10	3.0	0.06	18.76	0.01	2.082	14.69	0.87	5.7	94.3	0.0	-1.40	0.44	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17754	1075	8	36	2	0	8343	logfile
✘	7WLR	32591	2023-02-20	2022-01-13	3.54	3.36	—	3.5	0.006	0.88	0.0	0.05	29.42	0.01	2.232	3.15	0.00	1.8	98.2	0.0	1.65	0.69	0.75	2.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11922	754	10	290	0	0	0	logfile
✘	7XAV	33100	2023-02-18	2022-03-19	2.87	3.03	2.89	3.1	0.009	1.05	1.0	0.06	14.14	0.01	1.494	7.84	0.71	8.3	91.7	0.0	-4.66	0.63	0.77	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8410	1140	6	0	1	0	0	logfile
✘	6L4T	0834	2023-02-24	2019-10-21	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23863	1851	26	0	192	12	0	logfile
✘	7L6U	23208	2023-02-20	2020-12-23	3.3	3.73	3.39	3.7	0.009	0.79	0.0	0.05	14.09	0.01	2.365	6.06	0.72	8.7	91.3	0.0	-1.06	0.71	0.83	3.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12675	1555	5	0	0	0	0	logfile
✘	7XJi	33228	2023-02-18	2022-04-18	3.9	3.60	3.70	3.9	0.003	0.60	0.0	0.04	13.86	0.00	2.165	9.02	0.00	4.3	95.7	0.0	-0.25	0.61	0.78	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7851	1027	6	0	1	0	0	logfile
✘	7F56	31459	2023-02-26	2021-06-21	4.1	4.62	—	3.9	0.008	1.11	3.0	0.10	13.38	0.01	1.831	27.52	0.50	10.6	89.4	0.0	-2.66	0.78	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27834	3468	13	0	28	0	0	logfile
✘	7DZ7	30925	2023-02-27	2021-01-23	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69647	5998	55	0	471	0	0	logfile
✘	7DR0	30820	2023-02-24	2020-12-25	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22745	2171	20	0	111	0	0	logfile
✘	8EAM	27981	2023-02-24	2022-08-29	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24218	3008	17	9	14	12	0	logfile
✘	8EAJ	27978	2023-02-26	2022-08-29	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28500	3534	18	11	16	15	0	logfile
✘	6L4U	0835	2023-02-23	2019-10-21	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62199	5075	72	0	557	156	0	logfile
✘	7VD6	31906	2023-02-24	2021-09-06	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23937	1916	31	0	196	13	0	logfile
✘	6oLL	20116	2023-02-23	2019-04-16	4.1	4.59	—	4.4	0.004	1.05	0.0	0.06	6.94	0.01	2.400	0.40	0.00	2.0	97.8	0.2	-0.51	0.67	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10426	2114	6	0	0	0	0	logfile
✘	8DMM	27544	2023-02-19	2022-07-08	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9314	1152	4	0	4	0	0	logfile
✘	7Ji3	22343	2023-02-17	2020-07-22	3.46	4.28	—	4.0	0.005	0.79	0.0	0.05	13.46	0.01	2.365	6.77	0.00	3.6	96.4	0.0	-5.13	0.64	0.72	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6000	777	3	0	0	0	0	logfile
✘	6P19	20234	2023-02-26	2019-05-19	3.8	3.94	3.94	3.8	0.008	0.92	0.0	0.06	16.49	0.01	2.061	7.97	0.46	6.1	93.9	0.0	-3.93	0.84	0.82	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27416	3323	10	66	3	0	0	logfile
✘	7VZR	32229	2023-02-23	2021-11-16	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21354	2266	22	0	117	6	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 353
• next →