Table showing results for May 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✔	3J4P	5681	2022-05-05	2013-09-10	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	254580	31020	60	0	180	60	0	logfile
✘	5ZJi	6932	2022-05-17	2018-03-20	3.3	3.39	—	3.4	0.012	1.45	0.0	0.11	16.67	0.01	1.204	8.01	0.45	6.4	93.6	0.0	-3.56	0.68	0.84	3.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44708	4087	40	0	271	0	0	logfile
✘	6oiT	20081	2022-05-13	2019-04-09	3.5	3.59	—	3.6	0.006	1.02	0.0	0.06	11.44	0.01	2.233	5.37	0.45	3.9	96.1	0.0	-2.34	0.74	0.77	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12085	1536	7	0	0	0	0	logfile
✘	6oPC	20149	2022-05-16	2019-04-24	3.7	4.08	—	3.7	0.010	1.06	4.0	0.06	14.10	0.02	1.515	5.03	0.09	8.2	91.1	0.7	-4.20	0.79	0.71	1.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30015	4455	13	0	48	0	0	logfile
✘	6iRS	9721	2022-05-12	2018-11-14	3.3	3.44	—	3.4	0.011	1.35	0.0	0.07	12.97	0.01	2.150	13.18	3.66	8.8	90.3	0.9	-5.69	0.62	0.77	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7337	926	4	0	10	0	0	logfile
✘	3J5R	5777	2022-05-14	2013-10-28	4.2	4.88	—	7.2	0.011	1.57	0.0	0.09	20.25	0.01	1.204	84.60	28.64	7.8	91.0	1.2	-0.91	0.58	0.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17564	2324	4	0	44	0	0	logfile
✘	5NJT	3656	2022-05-16	2017-03-29	3.8	4.18	4.07	4.1	0.008	1.18	0.0	0.06	17.85	0.01	1.178	8.97	1.58	14.2	85.2	0.6	-5.34	0.76	0.78	1.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	133097	5596	51	4579	0	0	0	logfile
✘	3J5Q	5776	2022-05-14	2013-10-28	3.8	4.64	—	7.1	0.010	1.45	0.0	0.09	20.92	0.01	0.275	105.06	29.72	6.4	93.1	0.5	-0.53	0.58	0.44	-0.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18264	2324	8	0	168	0	0	logfile
✘	6R21	4706	2022-05-17	2019-03-15	3.33	2.60	—	3.3	0.016	1.51	48.0	0.10	12.19	0.01	1.283	16.65	1.64	11.9	88.0	0.0	-4.23	0.81	0.80	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	101064	12786	30	0	0	0	0	logfile
✘	3JCA	6441	2022-05-13	2015-11-24	4.8	4.59	—	4.5	0.012	1.49	0.0	0.07	18.62	0.01	2.370	3.54	0.00	7.2	92.8	0.0	-1.87	0.75	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11466	1226	16	80	4	0	0	logfile
✘	6iRT	9722	2022-05-12	2018-11-14	3.5	3.76	—	3.7	0.011	1.22	0.0	0.09	12.34	0.01	2.241	10.46	3.01	9.2	90.0	0.8	-5.53	0.63	0.80	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7348	926	4	0	11	0	0	logfile
✘	6iH9	9671	2022-05-03	2018-09-29	2.8	2.91	—	3.5	0.008	0.93	0.0	0.05	10.02	0.01	1.244	43.79	0.65	4.2	95.6	0.2	-2.32	0.34	0.23	0.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	248580	31020	60	0	0	0	0	logfile
✘	4CE4	2490	2022-05-13	2013-11-08	4.9	5.03	—	5.0	0.004	0.79	0.0	0.04	14.48	0.00	1.398	13.86	2.64	5.3	94.5	0.2	-2.30	0.47	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65473	3572	40	1437	984	0	0	logfile
✘	6DBU	7850	2022-05-14	2018-05-03	3.9	4.03	—	3.9	0.007	1.20	8.0	0.05	21.90	0.01	1.769	23.51	0.13	8.8	90.9	0.2	-4.17	0.80	0.81	1.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17010	1788	10	136	6	0	0	logfile
✘	6oo3	20143	2022-05-14	2019-04-22	2.9	3.02	2.79	3.0	0.014	1.22	0.0	0.06	9.99	0.01	2.495	2.38	0.00	3.1	96.9	0.0	-2.84	0.68	0.85	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18236	2404	8	0	4	0	0	logfile
✔	3J0G	5275	2022-05-12	2011-07-21	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	108000	14160	240	0	0	0	0	logfile
✘	6oo4	20145	2022-05-14	2019-04-22	3.3	3.45	3.23	3.5	0.013	1.10	0.0	0.06	9.30	0.01	1.858	3.19	0.00	3.4	96.6	0.0	-2.86	0.47	0.64	4.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18452	2440	8	0	4	0	0	logfile
✘	6CNA	7529	2022-05-14	2018-03-07	4.6	5.89	—	5.8	0.006	0.91	0.0	0.05	10.19	0.01	2.021	26.64	0.00	9.7	90.1	0.3	-4.80	0.57	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	3160	8	0	22	0	0	logfile
✘	6R8Y	4762	2022-05-17	2019-04-02	4.3	4.52	—	4.4	0.015	1.07	2.0	0.08	22.89	0.01	2.015	3.55	0.47	5.7	94.0	0.3	-1.60	0.78	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40962	1996	12	289	0	0	19245	logfile
✔	6V10	21004	2022-05-05	2019-11-19	3.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	250920	31260	120	120	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 376
• next →