Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6SL5	10236	2023-08-27	2019-08-18	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43789	3744	36	0	292	0	0	logfile
✘	6ZJi	11234	2023-08-12	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7YRQ	34064	2023-08-11	2022-08-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9812	1247	4	0	2	0	0	logfile
✘	7D0J	30536	2023-08-16	2020-09-10	3.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	68860	5923	56	0	453	0	0	logfile
✘	8DGC	27421	2023-08-20	2022-06-23	3.4	3.02	3.70	3.0	0.006	0.96	2.0	0.05	13.60	0.01	1.993	1.47	0.14	1.9	98.1	0.0	-0.33	0.51	0.52	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81600	10216	16	0	16	0	0	logfile
✘	8AC0	15329	2023-08-19	2022-07-05	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27948	3188	9	143	3	0	0	logfile
✘	7JR7	22443	2023-08-14	2020-08-11	3.3	3.18	—	3.3	0.010	1.34	4.0	0.08	11.83	0.01	2.254	3.49	0.57	2.6	97.0	0.4	0.62	0.65	0.79	2.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15799	2020	6	0	0	0	0	logfile
✘	7SL7	25193	2023-08-15	2021-10-22	3.1	3.35	—	3.4	0.002	0.56	0.0	0.04	13.08	0.00	2.149	8.91	0.24	5.5	94.2	0.3	-0.86	0.77	0.82	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14732	1826	10	0	0	0	0	logfile
✘	7CUQ	30474	2023-08-11	2020-08-24	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9834	1199	6	0	9	0	0	logfile
✘	7WRL	32732	2023-08-09	2022-01-27	3.51	3.69	—	3.6	0.006	1.03	0.0	0.06	14.71	0.01	2.289	5.84	0.00	13.4	86.6	0.0	-4.19	0.64	0.78	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3251	419	3	0	0	0	0	logfile
✘	7RR6	24653	2023-08-17	2021-08-09	3.1	3.36	3.18	3.3	0.008	1.21	12.0	0.08	15.64	0.01	2.102	14.14	0.44	5.0	95.0	0.0	-1.19	0.74	0.84	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23821	3063	6	0	35	0	0	logfile
✘	7UEB	26471	2023-08-24	2022-03-21	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37570	4006	25	0	106	0	0	logfile
✘	7MN5	23916	2023-08-11	2021-04-30	2.93	3.53	3.04	3.3	0.013	1.46	0.0	0.08	10.99	0.01	2.311	0.48	0.00	3.3	96.7	0.0	-0.05	0.82	0.81	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9526	1213	8	0	13	0	0	logfile
✘	7BC4	12138	2023-08-19	2020-12-18	3.1	2.99	2.99	3.0	0.008	0.88	1.0	0.06	15.49	0.01	2.285	5.33	1.19	6.4	93.6	0.0	-5.07	0.51	0.85	3.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27610	3514	2	0	1	0	0	logfile
✘	7N4U	24178	2023-08-14	2021-06-04	3.34	3.91	—	3.8	0.014	1.80	0.0	0.29	15.32	0.01	2.102	4.84	1.79	5.3	94.5	0.2	-2.74	0.58	0.74	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15396	1906	10	0	28	0	0	logfile
✘	8AD1	15357	2023-08-19	2022-07-07	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28169	3403	9	71	3	0	0	logfile
✘	7RR9	24656	2023-08-11	2021-08-09	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9094	1120	4	0	8	0	0	logfile
✘	8CV0	27004	2023-08-19	2022-05-17	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27791	1850	4	0	2	0	13711	logfile
✘	6WWZ	21950	2023-08-11	2020-05-09	3.34	3.53	—	3.5	0.014	1.77	0.0	0.09	13.13	0.00	2.318	2.07	0.10	4.4	95.6	0.0	-3.33	0.56	0.77	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9450	1211	6	0	0	0	0	logfile
✘	7S3D	24821	2023-08-18	2021-09-05	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	75150	7074	78	0	417	333	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 542
• next →