Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8APG	15570	2023-04-27	2022-08-09	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126490	7873	61	0	36	0	62387	logfile
✘	6Y5R	10703	2023-04-22	2020-02-25	3.76	3.87	3.73	3.8	0.004	0.64	0.0	0.04	11.47	0.00	2.147	7.90	0.07	4.4	95.6	0.0	-2.26	0.68	0.85	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13592	1758	6	0	8	0	0	logfile
✘	6Z43	11068	2023-04-27	2020-05-22	3.3	3.43	—	3.4	0.006	0.61	0.0	0.05	10.89	0.00	2.094	4.31	0.68	3.5	96.5	0.0	-0.78	0.78	0.84	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26725	3351	29	0	66	0	0	logfile
✘	7UPX	26677	2023-04-20	2022-04-18	3.2	3.46	—	3.4	0.013	1.88	4.0	0.11	13.52	0.01	2.176	5.28	2.20	5.4	93.2	1.4	-0.66	0.64	0.88	3.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4930	635	4	0	3	0	0	logfile
✘	8B14	15802	2023-04-24	2022-09-09	2.6	2.13	2.61	2.0	0.007	0.68	0.0	0.05	16.80	0.01	2.163	5.79	0.79	2.8	97.2	0.0	0.27	0.80	0.81	5.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18810	1243	3	0	2	0	9112	logfile
✘	7Pi0	13429	2023-04-28	2021-08-19	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	77465	7442	133	0	354	1724	0	logfile
✘	8DBX	27316	2023-04-24	2022-06-14	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16968	1998	12	0	10	914	0	logfile
✘	8GWN	34317	2023-04-26	2022-09-17	3.38	3.97	3.47	3.7	0.015	1.23	0.0	0.06	18.41	0.01	1.979	38.61	14.07	23.5	75.0	1.5	-6.16	0.86	0.83	1.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21860	2655	12	52	9	0	0	logfile
✘	8APE	15567	2023-04-27	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	60	0	36	0	62392	logfile
✘	8APJ	15572	2023-04-27	2022-08-09	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126490	7873	60	0	36	0	62387	logfile
✘	8APA	15563	2023-04-27	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	60	0	36	0	62392	logfile
✘	8APH	15571	2023-04-27	2022-08-09	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126490	7873	60	0	36	0	62387	logfile
✘	7WK0	32554	2023-04-21	2022-01-08	3.32	2.37	—	2.2	0.004	0.65	0.0	0.04	11.04	0.01	2.233	9.59	7.71	12.2	87.5	0.2	-4.96	0.75	0.75	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9724	1264	8	0	2	0	0	logfile
✘	8APC	15565	2023-04-27	2022-08-09	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	59	0	36	0	62392	logfile
✘	8AVV	15684	2023-04-20	2022-08-27	3.4	3.53	3.39	3.5	0.008	1.38	0.0	0.08	18.27	0.01	2.580	1.80	5.03	4.7	95.1	0.2	-3.08	0.76	0.87	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7794	1010	4	0	2	0	0	logfile
✘	8ENM	28273	2023-04-24	2022-09-30	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17722	1999	12	0	8	1693	0	logfile
✘	7RBU	24402	2023-04-20	2021-07-06	3.7	2.38	—	2.2	0.006	0.80	0.0	0.05	12.53	0.00	2.167	6.95	0.00	9.1	90.7	0.2	-2.50	0.74	0.77	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4107	510	6	0	7	0	0	logfile
✘	7WPB	32681	2023-04-20	2022-01-23	2.79	2.94	—	2.9	0.005	0.74	0.0	0.05	15.22	0.01	2.101	3.78	0.29	3.0	97.0	0.0	-4.67	0.68	0.86	4.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6491	793	2	0	5	0	0	logfile
✘	7Q3L	13793	2023-04-25	2021-10-28	2.21	2.93	2.31	2.6	0.008	1.50	26.0	0.12	15.22	0.01	1.876	2.99	2.50	3.2	96.8	0.0	-1.25	0.81	0.86	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20470	2440	16	41	4	180	0	logfile
✘	7ZQ9	14867	2023-04-21	2022-04-29	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	92130	4713	47	0	397	88	35670	logfile

• ← previous
• Page 2 of 372
• next →