cryo-EM Re-Refine

Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7UT8	26760	2023-07-09	2022-04-26	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20221	2538	18	0	13	29	0	logfile
✘	6Zoo	11326	2023-07-17	2020-07-07	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38497	3341	33	0	243	2	0	logfile
✘	7UEB	26471	2023-07-17	2022-03-21	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37570	4006	25	0	106	0	0	logfile
✘	7RH5	24455	2023-07-17	2021-07-16	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93342	6072	44	0	66	0	44380	logfile
✘	7RBT	24401	2023-07-06	2021-07-06	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.82	—	—	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.87	—	—	—	2.09	10881	1386	7	0	1	0	0	logfile
✘	6YXR	10995	2023-07-05	2020-05-03	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31910	2783	20	0	194	0	0	logfile
✘	6YEF	10791	2023-07-16	2020-03-24	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	141837	5351	60	4639	288	0	0	logfile
✘	6ADQ	9610	2023-07-19	2018-08-01	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	48946	6026	44	0	74	0	0	logfile
✘	7BLZ	12228	2023-07-10	2021-01-19	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55800	2817	41	0	206	249	21916	logfile
✘	7ZK6	14756	2023-07-05	2022-04-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9310	1178	1	0	6	4	0	logfile
✘	5XNL	6741	2023-07-17	2017-05-23	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	98986	9364	136	0	490	1076	0	logfile
✘	8B5L	15860	2023-07-19	2022-09-23	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	145148	7621	64	3890	183	0	0	logfile
✘	6YEZ	10798	2023-07-17	2020-03-25	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39217	3438	35	0	244	2	0	logfile
✘	6VPV	21320	2023-07-14	2020-02-04	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72192	6753	60	0	384	0	0	logfile
✘	7XVF	33485	2023-07-07	2022-05-22	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13625	1554	8	0	42	0	0	logfile
✘	7UTA	26764	2023-07-11	2022-04-26	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24323	3068	20	0	22	55	0	logfile
✘	8CUZ	27003	2023-07-13	2022-05-17	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27791	1850	4	0	2	0	13711	logfile
✘	6KAF	9957	2023-07-19	2019-06-22	3.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	104363	9607	104	0	552	0	0	logfile
✘	8ENo	28275	2023-07-08	2022-09-30	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16485	2047	9	0	9	0	0	logfile
✘	7ZQC	14870	2023-07-18	2022-04-29	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	82030	4165	39	0	351	621	31531	logfile