cryo-EM Re-Refine

Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7RH5	24455	2023-07-17	2021-07-16	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93342	6072	44	0	66	0	44380	logfile
✘	8B5L	15860	2023-07-19	2022-09-23	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	145148	7621	64	3890	183	0	0	logfile
✘	7VFV	31960	2023-07-09	2021-09-13	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19776	2383	8	0	40	0	0	logfile
✘	8F68	28877	2023-07-05	2022-11-16	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9666	1198	6	0	6	0	0	logfile
✘	6RH3	4882	2023-07-12	2019-04-18	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26300	3207	9	58	4	0	0	logfile
✘	6KAF	9957	2023-07-19	2019-06-22	3.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	104363	9607	104	0	552	0	0	logfile
✘	7DXG	30908	2023-07-11	2021-01-18	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23432	2792	8	0	40	0	0	logfile
✘	6VPV	21320	2023-07-14	2020-02-04	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72192	6753	60	0	384	0	0	logfile
✘	6VM0	21234	2023-07-07	2020-01-27	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15355	1815	15	0	20	0	0	logfile
✘	6ADQ	9610	2023-07-19	2018-08-01	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	48946	6026	44	0	74	0	0	logfile
✘	7DXE	30906	2023-07-10	2021-01-18	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22280	2740	8	0	20	0	0	logfile
✔	7YGA	33813	2023-07-04	2022-07-11	2.35	3.08	2.44	2.8	0.008	0.62	0.0	0.04	15.23	0.01	1.779	10.87	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.89	0.87	—	2.8	0.007	0.60	0.0	0.04	15.25	0.00	1.826	12.63	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.16	0.89	0.88	—	8692	0	3	407	8	0	0	logfile
✘	6YXR	10995	2023-07-05	2020-05-03	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31910	2783	20	0	194	0	0	logfile
✘	7Z37	14472	2023-07-07	2022-03-01	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✔	7ZFW	14704	2023-07-06	2022-04-01	3.8	4.62	3.46	3.0	0.006	0.83	0.0	0.05	17.92	0.03	2.266	2.77	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.32	0.81	—	3.0	0.009	0.90	0.0	0.04	20.26	0.01	1.952	38.01	0.00	0.0	0.0	0.0	—	2.55	0.33	0.85	—	13188	0	1	615	0	0	0	logfile
✘	6YEZ	10798	2023-07-17	2020-03-25	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39217	3438	35	0	244	2	0	logfile
✘	7SQ9	25380	2023-07-08	2021-11-04	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15810	1876	16	0	18	16	0	logfile
✘	6VM2	21236	2023-07-07	2020-01-27	3.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15355	1815	15	0	20	0	0	logfile
✘	7UEA	26469	2023-07-12	2022-03-21	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26313	2793	16	0	77	0	0	logfile
✘	7M5Y	23685	2023-07-08	2021-03-25	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15447	1000	1	0	24	8	7534	logfile