Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6H4N	0137	2023-08-30	2018-07-22	3.0	3.20	—	3.1	0.007	0.96	4.0	0.05	14.51	0.01	0.418	5.99	0.74	10.1	89.4	0.5	-4.18	0.86	0.87	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	147282	6188	57	4636	0	0	0	logfile
✘	7ND4	12275	2023-08-20	2021-01-30	3.6	3.31	—	3.2	0.004	0.62	3.0	0.05	11.02	0.00	2.233	3.79	0.28	4.1	95.6	0.2	-0.12	0.74	0.79	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29848	3729	30	0	71	0	0	logfile
✘	7RGM	24452	2023-08-11	2021-07-15	2.8	2.86	—	2.9	0.014	1.70	0.0	0.08	15.75	0.01	2.328	1.94	3.63	5.2	94.6	0.3	-1.77	0.62	0.86	3.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59928	3872	16	0	32	0	29736	logfile
✘	7DR2	30823	2023-08-22	2020-12-25	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	89952	8588	76	0	438	0	0	logfile
✘	6Q6i	4468	2023-08-10	2018-12-11	3.7	3.77	—	3.8	0.009	1.22	0.0	0.06	17.03	0.01	2.244	8.63	1.89	16.7	83.0	0.3	-5.81	0.70	0.74	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57200	7490	10	0	10	0	0	logfile
✘	6RHZ	4883	2023-08-22	2019-04-23	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53055	2783	20	0	193	0	21167	logfile
✘	6SGA	10177	2023-08-22	2019-08-03	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137038	15423	77	463	790	0	0	logfile
✘	7W4L	32307	2023-08-13	2021-11-28	3.1	3.14	—	3.1	0.007	0.82	2.0	0.05	17.34	0.01	2.198	8.90	0.28	4.2	95.6	0.1	0.78	0.79	0.88	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66469	8140	65	0	36	0	0	logfile
✘	6KN8	0729	2023-08-11	2019-08-03	4.8	8.89	—	8.4	0.019	1.81	10.0	0.10	12.39	0.01	2.211	9.21	0.41	2.0	97.4	0.5	-0.24	0.74	0.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60966	7669	44	0	15	0	0	logfile
✘	6G53	4351	2023-08-27	2018-03-28	4.5	4.86	—	4.3	0.007	1.44	21.0	0.10	21.32	0.00	1.260	2.52	0.00	7.1	92.2	0.7	-2.88	0.67	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49052	5912	37	1659	0	0	0	logfile
✘	6X68	22073	2023-08-11	2020-05-27	3.66	3.88	—	3.8	0.012	1.74	10.0	0.09	20.68	0.01	1.652	4.17	0.57	2.5	97.2	0.3	-0.38	0.72	0.77	1.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10246	956	7	124	8	0	0	logfile
✘	7WLM	32588	2023-08-10	2022-01-13	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7308	603	9	0	51	54	0	logfile
✘	5o2R	3730	2023-08-31	2017-05-22	3.4	3.45	—	3.4	0.011	1.26	7.0	0.06	15.47	0.01	0.776	7.13	1.03	11.6	87.9	0.5	-5.11	0.77	0.80	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	147985	6205	58	4643	0	0	0	logfile
✘	7EDX	31075	2023-08-20	2021-03-17	4.5	4.87	—	4.1	0.008	1.09	34.0	0.07	16.62	0.01	1.497	20.97	3.31	6.1	93.4	0.5	-3.70	0.67	0.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81790	9837	46	154	10	0	0	logfile
✘	8DDW	27344	2023-08-18	2022-06-19	4.7	4.19	4.62	4.0	0.003	0.53	0.0	0.04	14.47	0.00	2.179	11.42	8.35	5.4	94.5	0.1	0.15	0.72	0.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25869	3198	10	0	68	0	0	logfile
✘	7E32	30974	2023-08-10	2021-02-07	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8797	1117	5	0	2	0	0	logfile
✘	6M32	30069	2023-08-17	2020-03-02	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23566	2523	13	0	67	0	0	logfile
✘	7E0K	30935	2023-08-10	2021-01-28	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8044	677	6	0	58	0	0	logfile
✘	6XEV	22154	2023-08-11	2020-06-14	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10545	1312	8	0	25	0	0	logfile
✘	6oPC	20149	2023-08-21	2019-04-24	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30015	4455	13	0	48	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 542
• next →