cryo-EM Re-Refine

Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# H	Logfile
✘	6PP5	20419	2023-08-21	2019-07-05	3.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32118	2063	13	0	18	16112	logfile
✘	7RGM	24452	2023-08-11	2021-07-15	2.8	2.86	—	2.9	0.014	1.70	0.0	0.08	15.75	0.01	2.328	1.94	3.63	5.2	94.6	0.3	-1.77	0.62	0.86	3.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59928	3872	16	0	32	29736	logfile
✘	6H4N	0137	2023-08-30	2018-07-22	3.0	3.20	—	3.1	0.007	0.96	4.0	0.05	14.51	0.01	0.418	5.99	0.74	10.1	89.4	0.5	-4.18	0.86	0.87	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	147282	6188	57	4636	0	0	logfile
✘	6SGA	10177	2023-08-22	2019-08-03	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137038	15423	77	463	790	0	logfile
✘	7D5i	30582	2023-08-09	2020-09-26	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6232	793	3	0	3	0	logfile
✘	8DDW	27344	2023-08-18	2022-06-19	4.7	4.19	4.62	4.0	0.003	0.53	0.0	0.04	14.47	0.00	2.179	11.42	8.35	5.4	94.5	0.1	0.15	0.72	0.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25869	3198	10	0	68	0	logfile
✘	5NUG	3698	2023-08-26	2017-04-30	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46232	5840	4	0	10	0	logfile
✘	7EDX	31075	2023-08-20	2021-03-17	4.5	4.87	—	4.1	0.008	1.09	34.0	0.07	16.62	0.01	1.497	20.97	3.31	6.1	93.4	0.5	-3.70	0.67	0.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81790	9837	46	154	10	0	logfile
✘	6R93	4767	2023-08-17	2019-04-02	4.0	4.29	—	4.1	0.010	1.48	2.0	0.10	28.72	0.01	1.600	2.04	0.00	2.5	97.0	0.5	0.30	0.78	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22961	775	10	290	0	10123	logfile
✘	7DW9	30877	2023-08-11	2021-01-15	2.6	3.41	—	3.1	0.006	0.77	0.0	0.10	12.06	0.01	2.306	1.39	0.09	2.4	97.6	0.0	-0.01	0.73	0.87	4.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10105	1283	8	0	4	0	logfile
✘	6Q6i	4468	2023-08-10	2018-12-11	3.7	3.77	—	3.8	0.009	1.22	0.0	0.06	17.03	0.01	2.244	8.63	1.89	16.7	83.0	0.3	-5.81	0.70	0.74	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57200	7490	10	0	10	0	logfile
✘	5o2R	3730	2023-08-31	2017-05-22	3.4	3.45	—	3.4	0.011	1.26	7.0	0.06	15.47	0.01	0.776	7.13	1.03	11.6	87.9	0.5	-5.11	0.77	0.80	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	147985	6205	58	4643	0	0	logfile
✘	6G53	4351	2023-08-27	2018-03-28	4.5	4.86	—	4.3	0.007	1.44	21.0	0.10	21.32	0.00	1.260	2.52	0.00	7.1	92.2	0.7	-2.88	0.67	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49052	5912	37	1659	0	0	logfile
✘	7E0J	30934	2023-08-10	2021-01-28	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8140	672	6	0	56	0	logfile
✘	6MHZ	9124	2023-08-10	2018-09-18	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7112	908	6	0	2	0	logfile
✘	7DR2	30823	2023-08-22	2020-12-25	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	89952	8588	76	0	438	0	logfile
✘	3JAF	6346	2023-08-13	2015-06-08	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13865	1710	15	0	15	0	logfile
✘	6RW6	10033	2023-08-24	2019-06-04	2.75	2.81	—	2.7	0.011	0.96	0.0	0.06	9.75	0.01	2.148	4.16	0.00	2.2	97.8	0.0	-3.68	0.85	0.87	4.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	98645	12425	5	0	0	0	logfile
✘	7oWG	13097	2023-08-12	2021-06-18	4.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	114114	7078	8	0	110	57040	logfile
✘	6NT5	0502	2023-08-09	2019-01-28	4.1	4.28	—	4.1	0.006	0.93	0.0	0.05	10.32	0.01	2.300	3.59	0.41	4.7	95.3	0.0	-2.40	0.73	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4586	584	2	0	0	0	logfile