Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6Roi	4973	2023-02-20	2019-05-13	3.7	3.83	3.74	3.8	0.008	1.12	0.0	0.06	16.54	0.01	1.709	5.05	0.23	5.0	95.0	0.0	-5.18	0.69	0.80	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.75	—	—	—	1.80	11775	1447	7	0	9	2	0	logfile
✘	6BWF	7298	2023-02-24	2017-12-14	4.1	4.19	—	4.2	0.008	1.49	2.0	0.07	12.82	0.01	2.204	12.32	0.59	12.1	86.6	1.3	-5.34	0.62	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22174	2584	4	0	480	0	0	logfile
✘	6JZo	9898	2023-02-23	2019-05-03	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21405	2657	8	0	12	0	0	logfile
✘	7WTC	32778	2023-02-26	2022-02-04	4.0	4.61	—	3.1	0.008	0.82	0.0	0.05	13.69	0.01	2.060	22.27	0.10	8.0	92.0	0.1	-0.78	0.86	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28418	3661	8	0	6	0	0	logfile
✘	6oES	20036	2023-02-22	2019-03-27	3.06	3.17	—	3.1	0.005	0.77	2.0	0.05	19.56	0.01	2.226	4.56	2.87	3.4	96.4	0.2	-3.12	0.81	0.83	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16829	1784	14	128	4	2	0	logfile
✘	7D44	30569	2023-02-26	2020-09-22	4.0	4.14	—	4.0	0.006	0.86	0.0	0.05	14.78	0.00	2.049	20.50	0.28	16.3	83.6	0.1	-5.25	0.80	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28391	3825	12	0	0	0	0	logfile
✘	3JC6	6534	2023-02-24	2015-11-24	3.7	4.01	—	3.9	0.009	1.53	0.0	0.06	12.91	0.01	1.203	39.69	0.87	9.8	89.0	1.1	-3.87	0.79	0.76	1.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23732	2953	12	0	1	0	0	logfile
✘	6AEi	9615	2023-02-23	2018-08-05	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21142	2568	8	0	13	0	0	logfile
✘	8GNJ	34166	2023-02-17	2022-08-24	3.78	3.60	3.67	3.6	0.012	1.34	0.0	0.07	15.38	0.01	1.811	12.03	0.00	4.6	95.4	0.0	-3.73	0.66	0.81	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5832	746	4	0	1	0	0	logfile
✘	7X76	33033	2023-02-24	2022-03-09	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64334	3793	18	168	15	0	31436	logfile
✘	7DEG	30657	2023-02-20	2020-11-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12852	1520	12	0	18	0	0	logfile
✘	6BWD	7297	2023-02-24	2017-12-14	3.7	3.83	—	3.8	0.011	1.65	8.0	0.09	13.73	0.01	1.254	13.17	0.57	12.5	86.3	1.2	-5.69	0.64	0.76	1.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23187	2600	12	0	509	30	0	logfile
✘	5MLV	3527	2023-02-22	2016-12-07	4.5	4.47	—	4.4	0.010	1.21	0.0	0.06	17.43	0.01	2.060	8.31	0.20	9.0	91.0	0.0	-4.85	0.67	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56928	7218	36	6	24	0	0	logfile
✘	6DJN	7937	2023-02-20	2018-05-25	3.1	3.26	—	3.2	0.011	0.95	0.0	0.06	10.67	0.01	2.106	5.53	0.00	5.4	94.6	0.0	-4.61	0.69	0.86	4.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11768	1488	8	0	12	0	0	logfile
✘	6RoH	4972	2023-02-20	2019-05-13	2.8	2.94	2.83	2.9	0.006	0.88	0.0	0.05	13.67	0.01	1.709	4.00	0.23	3.4	96.6	0.0	-4.73	0.68	0.79	3.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11758	1449	7	0	9	2	0	logfile
✘	6HiQ	0227	2023-02-21	2018-08-30	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16110	1925	20	0	30	0	0	logfile
✘	7E0i	30933	2023-02-18	2021-01-28	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8033	677	6	0	58	0	0	logfile
✘	6PPL	20442	2023-02-18	2019-07-08	3.02	3.14	—	3.1	0.010	0.99	0.0	0.25	14.17	0.01	1.917	3.20	0.23	2.7	97.3	0.0	-6.00	0.74	0.86	4.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8155	980	6	0	4	0	0	logfile
✘	7DGZ	30676	2023-02-23	2020-11-12	3.8	4.12	—	4.0	0.008	1.42	3.0	0.07	12.24	0.01	1.238	9.03	1.31	17.6	80.9	1.5	-6.15	0.80	0.71	1.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60921	7992	61	0	21	0	0	logfile
✘	7ZUB	14971	2023-02-26	2022-05-12	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28082	1722	7	0	7	0	14035	logfile

• ← previous
• Page 3 of 353
• next →