Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6U9V	20702	2023-02-26	2019-09-09	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26701	1680	15	3	54	0	12634	logfile
✘	7RWA	24712	2023-02-22	2021-08-19	4.7	5.66	4.89	4.6	0.003	0.89	0.0	0.05	5.84	0.00	1.914	2.65	0.00	5.8	93.7	0.5	-0.12	0.84	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16158	3244	10	0	0	0	0	logfile
✘	7UNL	26626	2023-02-20	2022-04-11	2.45	3.35	2.50	3.1	0.003	0.56	0.0	0.04	14.66	0.00	2.143	2.41	1.94	1.1	98.9	0.0	2.30	0.72	0.83	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11724	734	6	0	8	120	5900	logfile
✘	6VFi	21173	2023-02-22	2020-01-05	4.54	4.63	4.96	4.5	0.018	1.47	0.0	0.09	10.93	0.01	2.449	0.53	0.00	1.3	98.7	0.0	1.21	0.80	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	58488	7560	48	0	0	0	0	logfile
✘	7DX4	30895	2023-02-18	2021-01-18	3.6	3.96	—	3.8	0.007	0.99	0.0	0.06	10.06	0.01	0.766	7.21	0.23	6.0	93.7	0.3	-4.20	0.71	0.79	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8234	1027	6	0	5	0	0	logfile
✘	7LD5	23282	2023-02-21	2021-01-12	3.07	3.46	—	3.4	0.006	0.67	0.0	0.05	16.01	0.00	2.102	8.95	6.51	4.3	95.7	0.0	-2.06	0.77	0.82	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13542	1761	9	15	6	0	0	logfile
✘	6SNH	10257	2023-02-19	2019-08-24	3.9	4.16	—	3.9	0.008	1.24	1.0	0.06	14.34	0.00	2.181	19.63	1.49	11.0	88.9	0.1	-4.30	0.65	0.71	2.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7315	918	4	0	1	1	0	logfile
✘	6H3i	0133	2023-02-23	2018-07-18	3.5	3.59	—	3.5	0.009	0.92	0.0	0.05	10.08	0.01	2.012	39.59	0.40	21.4	78.4	0.2	-5.64	0.78	0.86	4.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20599	2597	3	0	0	0	53	logfile
✘	6T0N	10356	2023-02-21	2019-10-03	2.54	2.64	2.56	2.6	0.005	0.69	0.0	0.05	14.69	0.01	2.105	3.18	4.90	4.3	95.4	0.2	-2.43	0.73	0.89	4.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14598	1703	12	29	2	268	0	logfile
✘	7VRV	32107	2023-02-25	2021-10-25	4.2	4.29	—	4.2	0.003	0.64	0.0	0.05	13.14	0.00	2.071	14.14	0.00	6.7	93.3	0.0	-2.00	0.76	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26151	3257	19	0	57	0	0	logfile
✘	6WEK	21650	2023-02-22	2020-04-02	2.7	3.19	—	3.1	0.019	1.56	24.0	0.08	15.78	0.01	1.988	10.13	4.95	4.8	95.2	0.0	-1.65	0.63	0.81	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17616	2048	8	0	32	0	0	logfile
✘	6JP5	9866	2023-02-24	2019-03-25	2.9	3.03	—	3.1	0.016	1.53	4.0	0.12	14.51	0.01	1.921	28.81	6.11	7.7	91.7	0.6	-3.65	0.56	0.62	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22068	2694	14	0	39	0	0	logfile
✘	6JCV	9798	2023-02-27	2019-01-30	2.92	4.05	—	3.7	0.007	0.90	0.0	0.06	13.94	0.01	2.341	4.98	0.00	5.2	94.8	0.0	-5.68	0.87	0.86	3.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30876	3912	31	0	24	96	0	logfile
✘	6U9W	20703	2023-02-26	2019-09-09	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26919	1686	12	3	42	0	12885	logfile
✘	7UB5	26435	2023-02-25	2022-03-14	3.35	3.64	3.34	3.5	0.003	0.63	0.0	0.05	13.14	0.01	2.287	3.61	0.00	3.5	96.5	0.0	-0.85	0.85	0.87	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24923	3104	16	0	47	0	0	logfile
✘	8DK2	27481	2023-02-24	2022-07-01	4.1	4.81	4.17	4.1	0.002	0.47	0.0	0.04	13.54	0.00	1.988	7.70	2.88	3.7	96.3	0.0	2.05	0.84	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23727	2840	12	52	4	0	0	logfile
✘	8EFo	28086	2023-02-20	2022-09-08	2.8	2.69	2.95	3.0	0.004	0.85	0.0	0.06	8.02	0.01	2.241	5.81	0.00	1.5	98.5	0.0	-0.93	0.59	0.76	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11708	1441	9	0	12	0	0	logfile
✘	6JPA	9868	2023-02-24	2019-03-26	2.6	2.76	—	2.8	0.013	1.50	3.0	0.12	17.43	0.01	1.921	38.35	11.40	8.8	89.5	1.7	-3.83	0.54	0.61	1.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22232	2694	14	0	42	0	0	logfile
✘	6PLT	20375	2023-02-21	2019-07-01	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14445	1725	15	0	60	0	0	logfile
✘	8E4C	27888	2023-02-17	2022-08-18	4.0	3.22	3.15	3.1	0.005	0.83	2.0	0.07	16.39	0.01	2.251	7.49	1.84	6.1	93.9	0.0	-0.24	0.48	0.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6398	805	6	0	5	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 353
• next →