cryo-EM Re-Refine

Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	6o90	0660	2023-08-22	2019-03-12	3.49	3.96	—	3.5	0.007	1.04	0.0	0.05	15.53	0.01	2.125	5.34	0.46	13.8	85.9	0.3	-4.68	0.86	0.82	1.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	138532	5232	53	4547	4	0	logfile
✘	7ST6	25420	2023-08-31	2021-11-12	3.0	3.74	3.18	3.0	0.008	0.96	1.0	0.08	15.23	0.01	1.404	9.99	0.71	10.6	89.0	0.4	-4.95	0.90	0.84	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	147982	5721	58	4811	0	0	logfile
✘	6ZZX	11588	2023-08-10	2020-08-05	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56369	4684	68	0	403	99	logfile
✘	5GoA	9529	2023-08-26	2016-07-26	4.2	4.52	—	4.2	0.022	1.86	60.0	0.12	12.40	0.01	1.505	7.29	1.03	8.5	90.9	0.7	-4.96	0.81	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	105072	13692	8	0	4	0	logfile
✘	7WK0	32554	2023-08-11	2022-01-08	3.32	2.37	—	2.2	0.004	0.65	0.0	0.04	11.04	0.01	2.233	9.59	7.71	12.2	87.5	0.2	-4.96	0.75	0.75	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9724	1264	8	0	2	0	logfile
✘	7R8o	24320	2023-08-20	2021-06-26	3.5	3.86	—	3.9	0.008	1.48	13.0	0.09	12.90	0.02	1.876	11.98	1.03	3.6	96.3	0.1	-0.25	0.71	0.80	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29964	3804	20	0	48	0	logfile
✘	6X36	22019	2023-08-25	2020-05-21	4.7	4.72	5.52	4.6	0.002	0.53	0.0	0.03	10.40	0.00	2.228	5.80	0.00	2.2	97.8	0.0	0.96	0.76	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	100164	13692	12	0	1376	0	logfile
✘	6VL6	21231	2023-08-16	2020-01-22	4.6	5.00	4.54	4.6	0.019	1.46	0.0	0.09	11.38	0.01	2.431	0.59	0.00	0.9	99.1	0.0	0.45	0.87	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21504	2640	24	0	0	0	logfile
✘	7ZDG	14645	2023-08-11	2022-03-29	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9007	1157	2	0	1	0	logfile
✘	8GWN	34317	2023-08-17	2022-09-17	3.38	3.97	3.47	3.7	0.015	1.23	0.0	0.06	18.41	0.01	1.979	38.61	14.07	23.5	75.0	1.5	-6.16	0.86	0.83	1.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21860	2655	12	52	9	0	logfile
✘	6XM3	22254	2023-08-18	2020-06-29	2.9	3.02	2.92	3.0	0.013	1.03	3.0	0.07	14.51	0.01	2.233	3.36	0.66	7.4	92.5	0.2	-4.38	0.66	0.86	3.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25384	3143	23	0	60	0	logfile
✘	8AVV	15684	2023-08-10	2022-08-27	3.4	3.53	3.39	3.5	0.008	1.38	0.0	0.08	18.27	0.01	2.580	1.80	5.03	4.7	95.1	0.2	-3.08	0.76	0.87	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7794	1010	4	0	2	0	logfile
✘	8DDQ	27338	2023-08-21	2022-06-18	2.7	2.93	2.76	2.9	0.015	0.96	0.0	0.07	11.81	0.00	2.231	4.92	1.61	3.4	96.6	0.0	0.95	0.77	0.85	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31842	3848	12	0	78	0	logfile
✘	7EW6	31348	2023-08-25	2021-05-24	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32973	3108	27	0	199	0	logfile
✘	7QWQ	14191	2023-08-26	2022-01-25	2.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	143809	7312	59	3936	158	0	logfile
✘	6Y5R	10703	2023-08-13	2020-02-25	3.76	3.87	3.73	3.8	0.004	0.64	0.0	0.04	11.47	0.00	2.147	7.90	0.07	4.4	95.6	0.0	-2.26	0.68	0.85	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13592	1758	6	0	8	0	logfile
✘	7ZDL	14653	2023-08-11	2022-03-29	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9029	1152	4	0	5	0	logfile
✘	7YS6	34073	2023-08-10	2022-08-11	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8794	1129	6	0	1	0	logfile
✘	8D7R	27231	2023-08-11	2022-06-07	3.9	4.13	3.91	4.0	0.003	0.54	0.0	0.04	11.99	0.00	2.345	5.62	0.00	8.1	91.9	0.0	-3.25	0.60	0.56	0.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9627	1167	12	0	16	0	logfile
✘	5GJR	9512	2023-08-26	2016-07-01	3.5	3.65	—	3.5	0.013	1.53	38.0	0.08	16.77	0.01	1.114	63.72	11.56	13.2	81.8	5.0	-4.66	0.71	0.77	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	142753	19945	76	0	12	0	logfile