cryo-EM Re-Refine

Table showing results for July 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	5WE6	8815	2022-07-11	2017-07-07	3.4	3.36	3.38	3.3	0.007	1.09	2.0	0.10	16.96	0.01	1.180	1.98	2.48	10.3	87.3	2.4	-4.31	0.77	0.80	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	153233	6322	97	4801	671	153	0	logfile
✘	6PP7	20421	2022-07-06	2019-07-05	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32499	2081	13	0	25	0	16296	logfile
✘	6RHZ	4883	2022-07-06	2019-04-23	3.2	3.48	3.18	3.4	0.008	1.15	0.0	0.10	19.68	0.02	1.172	4.66	0.00	3.7	96.2	0.1	-3.89	0.70	0.76	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53055	2783	20	0	193	0	21167	logfile
✘	6KMW	0726	2022-07-03	2019-08-01	2.35	2.41	—	2.4	0.026	2.51	0.0	0.08	20.93	0.03	1.212	6.39	3.70	4.3	95.6	0.1	-4.06	0.77	0.85	4.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64083	5739	63	0	366	627	0	logfile
✘	5MDZ	3493	2022-07-08	2016-11-13	3.1	3.20	3.10	3.2	0.010	1.23	21.0	0.10	16.40	0.01	1.206	2.84	6.88	4.7	94.9	0.4	-1.93	0.79	0.88	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	146639	5973	66	4638	439	2	0	logfile
✘	6QCM	4508	2022-07-02	2018-12-28	4.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	5MDW	3490	2022-07-09	2016-11-13	3.06	3.16	3.07	3.1	0.008	1.30	26.0	0.11	16.49	0.01	1.176	3.59	7.69	5.6	93.9	0.5	-1.97	0.81	0.89	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	149607	6346	67	4638	440	2	0	logfile
✘	5T62	8362	2022-07-06	2016-09-01	3.3	3.38	—	3.4	0.007	1.14	5.0	0.09	17.38	0.01	1.390	1.95	6.32	8.1	89.7	2.2	-4.03	0.68	0.78	3.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	131766	7061	57	3483	438	6	0	logfile
✘	5MDV	3489	2022-07-09	2016-11-13	2.97	3.05	2.97	3.0	0.007	1.24	22.0	0.10	16.52	0.01	1.216	3.29	7.74	4.9	94.7	0.4	-1.77	0.79	0.88	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	149892	6382	67	4638	442	2	0	logfile
✘	5XTE	6774	2022-07-06	2017-06-19	3.4	3.53	—	3.4	0.008	1.27	2.0	0.05	12.91	0.01	1.396	20.98	1.49	5.0	93.6	1.4	-0.90	0.77	0.79	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34492	4222	35	0	26	0	0	logfile
✘	2XEA	1730	2022-07-03	2010-05-12	4.6	4.10	—	4.2	0.012	2.12	0.0	0.12	20.46	0.02	1.226	162.14	3.68	8.6	90.1	1.3	-3.51	0.39	0.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62671	7546	98	147	0	0	0	logfile
✘	6Q98	4477	2022-07-11	2018-12-17	4.3	4.44	—	4.4	0.008	1.20	0.0	0.12	19.04	0.01	1.164	10.07	0.48	12.0	87.9	0.0	-4.86	0.83	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	153878	6132	71	4920	431	2	0	logfile
✘	6N9X	0382	2022-07-04	2018-12-04	4.1	4.18	—	4.1	0.005	0.84	0.0	0.05	13.69	0.02	1.250	3.73	0.60	3.9	96.1	0.0	-4.04	0.74	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19658	2419	14	31	12	0	0	logfile
✘	5iQR	8107	2022-07-11	2016-03-11	3.0	3.10	3.03	3.1	0.007	1.22	41.0	0.11	17.08	0.01	0.899	7.55	6.07	7.5	91.0	1.5	-2.52	0.76	0.81	1.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	154519	6570	74	4794	303	2	0	logfile
✘	5NUG	3698	2022-07-07	2017-04-30	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46232	5840	4	0	10	0	0	logfile
✘	6NT6	0503	2022-07-03	2019-01-28	4.0	4.22	—	4.1	0.005	0.79	0.0	0.04	11.99	0.01	2.316	3.70	0.00	3.8	96.2	0.0	-3.32	0.69	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4198	556	2	0	0	0	0	logfile
✘	6PBF	20292	2022-07-04	2019-06-13	4.2	4.50	—	4.5	0.005	0.91	0.0	0.05	15.51	0.01	1.242	5.10	0.22	6.8	93.2	0.0	-4.37	0.54	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18484	2392	7	0	4	0	0	logfile
✘	6MHU	9118	2022-07-03	2018-09-18	4.0	3.93	—	3.9	0.007	1.12	0.0	0.06	11.19	0.01	1.222	6.82	0.76	10.9	89.1	0.0	-4.84	0.53	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8810	1112	5	0	1	0	0	logfile
✘	6JEo	9807	2022-07-06	2019-02-06	3.3	3.44	—	3.4	0.009	1.14	0.0	0.06	18.11	0.02	1.212	7.53	0.24	4.8	95.2	0.0	-5.26	0.73	0.81	4.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	94576	8774	88	0	504	0	0	logfile
✘	6NT7	0504	2022-07-03	2019-01-28	4.0	4.27	—	4.1	0.007	0.87	0.0	0.04	13.41	0.01	1.197	5.64	0.00	6.2	93.8	0.0	-3.29	0.75	0.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4729	588	3	0	1	0	0	logfile