Table showing results for November 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✔	6VU8	21388	2022-11-29	2020-02-14	4.14	4.31	4.17	4.2	0.006	1.05	0.0	0.05	16.21	0.01	2.262	7.78	0.00	9.9	90.1	0.0	-4.91	0.72	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5249	669	2	0	0	0	0	logfile
✘	6VU5	21387	2022-11-29	2020-02-14	3.5	3.59	3.38	3.5	0.007	0.99	0.0	0.06	15.26	0.01	2.230	8.48	0.00	9.0	91.0	0.0	-4.94	0.72	0.75	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4657	576	2	0	27	0	0	logfile
✔	6XLY	22252	2022-11-29	2020-06-29	3.1	4.00	3.11	3.5	0.006	0.95	0.0	0.05	15.47	0.01	2.336	4.00	0.97	4.3	95.7	0.0	-5.77	0.86	0.77	1.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5111	646	1	0	1	0	0	logfile
✔	7K1V	22630	2022-11-29	2020-09-08	4.6	4.95	—	4.8	0.008	1.12	0.0	0.06	15.77	0.01	2.159	13.77	0.40	11.0	89.0	0.0	-4.04	0.71	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4971	626	1	0	0	0	0	logfile
✔	7N0L	24108	2022-11-29	2021-05-25	2.8	2.17	—	3.1	0.003	0.52	0.0	0.04	18.50	0.00	1.169	9.49	9.23	2.0	98.0	0.0	-6.10	0.56	0.80	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5270	626	4	0	2	0	0	logfile
✔	6WiK	21684	2022-11-29	2020-04-10	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6077	859	3	0	0	0	0	logfile
✔	6HU7	0273	2022-11-29	2018-10-05	2.8	2.82	2.83	2.9	0.008	0.78	0.0	0.05	9.81	0.01	2.130	10.36	0.36	2.7	96.8	0.5	-3.47	0.49	0.84	4.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4890	609	7	0	0	0	0	logfile
✔	6WJJ	21694	2022-11-29	2020-04-13	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56908	7076	24	0	24	0	0	logfile
✔	6MRT	9212	2022-11-29	2018-10-15	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26868	3420	12	0	0	0	0	logfile
✔	7KKL	22910	2022-11-29	2020-10-27	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53325	3360	27	0	63	0	26301	logfile
✔	7D1T	30547	2022-11-29	2020-09-15	1.95	1.88	1.89	1.9	0.020	1.91	31.0	0.10	18.53	0.02	1.200	3.45	2.40	1.9	97.9	0.2	-0.93	0.77	0.85	6.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52994	5312	108	0	196	2432	0	logfile
✘	6XPE	22286	2022-11-29	2020-07-08	4.1	4.23	—	4.2	0.006	0.82	0.0	0.04	14.30	0.00	1.492	20.11	2.08	10.6	88.1	1.3	-5.36	0.60	0.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4292	554	4	0	8	0	0	logfile
✔	7BP3	30143	2022-11-29	2020-03-21	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6080	788	2	0	0	0	0	logfile
✔	6LNi	0931	2022-11-29	2019-12-30	2.702	2.94	—	2.9	0.004	0.55	0.0	0.04	14.81	0.00	2.200	10.98	0.00	12.6	87.4	0.0	-6.05	0.48	0.82	5.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4920	600	10	0	0	0	0	logfile
✘	5X1G	6701	2022-11-29	2017-01-25	4.5	7.89	—	37.0	0.008	1.42	0.0	0.05	10.05	0.01	2.345	27.78	0.00	6.9	93.1	0.0	-2.75	0.00	0.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	155	31	1	0	0	0	0	logfile
✔	7LRS	23498	2022-11-29	2021-02-17	3.89	4.36	3.88	4.1	0.003	0.64	0.0	0.04	13.26	0.00	2.181	9.22	0.19	10.7	88.7	0.6	-2.85	0.87	0.79	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4912	625	5	0	8	0	0	logfile
✔	7MJL	23877	2022-11-29	2021-04-20	2.95	3.62	—	3.3	0.005	0.81	0.0	0.05	12.15	0.01	2.351	2.87	0.00	3.9	96.1	0.0	-0.85	0.80	0.87	3.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4788	621	4	0	1	0	0	logfile
✔	7NPS	12518	2022-11-29	2021-02-28	3.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55350	3732	9	0	0	0	27681	logfile
✔	7RFE	24439	2022-11-29	2021-07-14	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59096	3800	16	0	32	0	29576	logfile
✔	7PPJ	13581	2022-11-29	2021-09-14	3.44	3.68	3.46	3.7	0.005	0.72	0.0	0.05	14.04	0.00	2.245	15.35	1.20	6.8	92.9	0.3	-3.05	0.72	0.75	2.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5175	643	1	0	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 23
• next →