Table showing results for November 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✔	6Yo0	10862	2022-11-29	2020-04-14	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55840	3598	17	0	10	0	28162	logfile
✘	7TLY	25990	2022-11-29	2022-01-19	3.0	3.01	2.93	3.0	0.010	1.30	2.0	0.08	9.90	0.00	2.556	1.69	0.00	2.5	97.5	0.0	0.36	0.64	0.76	4.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3105	408	4	0	4	0	0	logfile
✔	6XLA	22237	2022-11-29	2020-06-28	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5403	536	6	46	2	0	0	logfile
✘	7SoF	25269	2022-11-29	2021-10-29	3.6	3.79	3.59	3.8	0.010	1.28	1.0	0.07	8.50	0.01	2.563	1.26	0.00	3.4	96.6	0.0	0.64	0.67	0.78	4.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3735	488	5	0	9	0	0	logfile
✔	7AR8	11876	2022-11-29	2020-10-23	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61461	7676	64	0	55	0	0	logfile
✔	7PPJ	13581	2022-11-29	2021-09-14	3.44	3.68	3.46	3.7	0.005	0.72	0.0	0.05	14.04	0.00	2.245	15.35	1.20	6.8	92.9	0.3	-3.05	0.72	0.75	2.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5175	643	1	0	1	0	0	logfile
✘	7MLZ	23914	2022-11-29	2021-04-29	3.71	4.27	3.83	3.9	0.004	0.78	0.0	0.05	12.84	0.01	2.150	18.34	0.00	17.4	82.5	0.2	-4.08	0.80	0.62	1.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4864	624	4	0	5	0	0	logfile
✔	7P5M	13201	2022-11-29	2021-07-14	3.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6204	788	8	0	12	0	0	logfile
✔	7CXR	30495	2022-11-29	2020-09-02	3.4	3.32	3.43	3.7	0.007	0.87	1.0	0.06	16.56	0.00	2.199	12.99	3.39	6.6	93.1	0.3	-2.27	0.52	0.54	1.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5168	614	2	0	0	0	0	logfile
✔	7MJL	23877	2022-11-29	2021-04-20	2.95	3.62	—	3.3	0.005	0.81	0.0	0.05	12.15	0.01	2.351	2.87	0.00	3.9	96.1	0.0	-0.85	0.80	0.87	3.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4788	621	4	0	1	0	0	logfile
✔	7RFE	24439	2022-11-29	2021-07-14	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59096	3800	16	0	32	0	29576	logfile
✔	7T4L	25679	2022-11-29	2021-12-10	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6062	755	2	0	0	0	0	logfile
✔	7NPS	12518	2022-11-29	2021-02-28	3.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55350	3732	9	0	0	0	27681	logfile
✘	7SoC	25266	2022-11-29	2021-10-29	3.3	3.48	3.25	3.5	0.010	1.21	0.0	0.07	10.55	0.00	2.526	0.89	0.00	1.9	98.1	0.0	0.30	0.70	0.86	4.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3448	433	5	0	7	0	0	logfile
✔	7XLT	33286	2022-11-29	2022-04-22	4.4	4.55	4.45	4.3	0.004	0.89	0.0	0.05	16.27	0.01	2.288	8.02	0.79	6.8	93.2	0.0	-2.19	0.68	0.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4985	431	4	80	0	0	0	logfile
✔	7QB9	13882	2022-11-29	2021-11-18	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5419	598	4	0	26	0	0	logfile
✘	8CTK	26993	2022-11-29	2022-05-15	3.52	3.87	3.55	3.9	0.003	0.69	0.0	0.05	14.37	0.00	2.347	4.53	0.00	3.8	96.2	0.0	-1.07	0.54	0.70	0.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3042	376	2	0	0	0	0	logfile
✔	7N0K	24107	2022-11-29	2021-05-25	3.5	4.16	—	4.1	0.003	0.56	0.0	0.03	18.36	0.00	2.238	8.16	7.46	1.0	99.0	0.0	-2.20	0.63	0.77	1.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5154	626	2	0	0	0	0	logfile
✔	7R1D	14239	2022-11-29	2022-02-02	3.5	3.51	—	3.5	0.005	0.80	0.0	0.05	13.61	0.01	2.097	18.27	0.00	7.1	92.9	0.0	-1.31	0.77	0.79	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5183	653	3	0	0	0	0	logfile
✔	7QTK	14143	2022-11-29	2022-01-14	3.84	4.13	—	4.0	0.004	0.73	1.0	0.05	12.92	0.00	2.182	9.64	0.54	4.9	95.0	0.2	-0.03	0.61	0.79	1.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5009	643	4	0	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 23
• next →