Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	5GW4	9540	2023-02-24	2016-09-08	4.7	4.89	—	4.8	0.001	0.42	0.0	0.04	7.26	0.00	2.187	6.49	0.00	4.3	95.6	0.1	-3.58	0.77	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64544	8446	16	0	0	0	0	logfile
✘	7YPA	33997	2023-02-25	2022-08-03	3.05	3.16	3.05	3.1	0.003	0.59	0.0	0.04	14.85	0.01	2.191	3.02	0.08	3.1	96.9	0.0	-3.59	0.76	0.81	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26022	3129	10	86	3	0	0	logfile
✘	6JZo	9898	2023-02-23	2019-05-03	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21405	2657	8	0	12	0	0	logfile
✘	6DJN	7937	2023-02-20	2018-05-25	3.1	3.26	—	3.2	0.011	0.95	0.0	0.06	10.67	0.01	2.106	5.53	0.00	5.4	94.6	0.0	-4.61	0.69	0.86	4.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11768	1488	8	0	12	0	0	logfile
✔	6LHW	0901	2023-02-21	2019-12-10	4.84	5.29	—	4.6	0.008	1.37	1.0	0.05	5.28	0.00	1.530	14.43	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.64	0.56	—	4.6	0.008	1.29	0.0	0.04	6.56	0.00	2.027	44.00	0.00	0.0	0.0	0.0	—	3.20	0.83	0.64	—	7644	0	3	0	1541	0	0	logfile
✘	5MLV	3527	2023-02-22	2016-12-07	4.5	4.47	—	4.4	0.010	1.21	0.0	0.06	17.43	0.01	2.060	8.31	0.20	9.0	91.0	0.0	-4.85	0.67	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56928	7218	36	6	24	0	0	logfile
✘	6Hio	0226	2023-02-21	2018-08-30	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16085	1925	20	0	30	0	0	logfile
✘	6AEi	9615	2023-02-23	2018-08-05	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21142	2568	8	0	13	0	0	logfile
✘	6oES	20036	2023-02-22	2019-03-27	3.06	3.17	—	3.1	0.005	0.77	2.0	0.05	19.56	0.01	2.226	4.56	2.87	3.4	96.4	0.2	-3.12	0.81	0.83	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16829	1784	14	128	4	2	0	logfile
✔	6PoM	20416	2023-02-17	2019-07-04	4.9	5.01	—	5.0	0.003	0.64	0.0	0.03	17.29	0.00	2.075	3.10	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.61	0.64	—	5.0	0.010	1.28	0.0	0.06	21.46	0.01	1.930	61.80	0.00	0.0	0.0	0.0	—	1.76	0.75	0.80	—	4937	0	2	230	0	0	0	logfile
✘	7WTC	32778	2023-02-26	2022-02-04	4.0	4.61	—	3.1	0.008	0.82	0.0	0.05	13.69	0.01	2.060	22.27	0.10	8.0	92.0	0.1	-0.78	0.86	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28418	3661	8	0	6	0	0	logfile
✘	6BWF	7298	2023-02-24	2017-12-14	4.1	4.19	—	4.2	0.008	1.49	2.0	0.07	12.82	0.01	2.204	12.32	0.59	12.1	86.6	1.3	-5.34	0.62	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22174	2584	4	0	480	0	0	logfile
✘	6PM5	20388	2023-02-21	2019-07-01	3.1	3.38	—	3.4	0.001	0.42	0.0	0.06	6.80	0.00	2.275	4.99	0.00	2.4	97.6	0.0	-4.42	0.52	0.78	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13975	1735	15	0	15	0	0	logfile
✘	6i53	4411	2023-02-21	2018-11-12	3.2	3.37	3.20	3.3	0.006	0.88	0.0	0.05	9.04	0.01	2.264	3.96	0.00	3.7	96.3	0.0	-4.72	0.52	0.70	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15362	1821	16	0	34	0	0	logfile
✘	6RoH	4972	2023-02-20	2019-05-13	2.8	2.94	2.83	2.9	0.006	0.88	0.0	0.05	13.67	0.01	1.709	4.00	0.23	3.4	96.6	0.0	-4.73	0.68	0.79	3.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11758	1449	7	0	9	2	0	logfile
✘	6HiQ	0227	2023-02-21	2018-08-30	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16110	1925	20	0	30	0	0	logfile
✘	6NZK	0557	2023-02-27	2019-02-13	2.8	2.92	—	2.9	0.025	1.80	0.0	0.17	10.31	0.01	2.033	0.97	0.39	1.6	98.3	0.1	0.52	0.79	0.85	4.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29268	3525	39	0	105	396	0	logfile
✘	7XL3	33271	2023-02-25	2022-04-21	3.13	3.20	—	3.2	0.002	0.39	0.0	0.04	12.03	0.00	2.263	4.77	1.08	2.9	97.1	0.0	-4.73	0.73	0.79	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25700	3480	8	0	3	0	0	logfile
✘	6Y5A	10692	2023-02-28	2020-02-25	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32403	1940	10	0	5	0	16272	logfile
✘	7K10	22619	2023-02-19	2020-09-06	3.3	3.44	—	3.4	0.006	0.98	0.0	0.05	15.43	0.01	2.300	4.19	0.37	10.6	89.3	0.1	-5.28	0.72	0.77	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10037	1259	1	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 353
• next →