Table showing results for December 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6VEF	21156	2022-12-18	2019-12-31	4.08	4.14	—	4.1	0.009	1.19	0.0	0.07	11.76	0.01	1.866	12.30	0.00	10.4	89.5	0.1	-4.48	0.77	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13414	1688	4	0	4	0	0	logfile
✘	6ZJi	11234	2022-12-18	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✔	6UQE	20845	2022-12-22	2019-10-18	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	48402	6140	28	0	33	0	0	logfile
✘	6WTi	21897	2022-12-18	2020-05-02	2.38	2.42	—	2.5	0.010	1.20	5.0	0.07	19.47	0.01	1.179	9.26	11.79	4.6	95.3	0.1	-3.48	0.60	0.74	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9980	1207	8	0	14	0	0	logfile
✘	6UTF	20877	2022-12-21	2019-10-29	3.4	4.04	3.76	4.0	0.009	1.28	0.0	0.07	10.41	0.01	2.036	7.47	0.70	5.7	93.9	0.5	-3.27	0.75	0.77	1.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46494	6013	28	0	0	0	0	logfile
✘	6ZP7	11337	2022-12-18	2020-07-08	3.3	4.01	3.43	3.7	0.012	0.83	0.0	0.16	13.52	0.01	0.008	16.14	0.52	3.0	97.0	0.0	-0.92	0.64	0.59	1.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23615	2861	33	0	92	0	0	logfile
✔	6UQo	20851	2022-12-22	2019-10-21	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	48522	6156	28	0	30	0	0	logfile
✔	6W1Z	21519	2022-12-22	2020-03-04	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	48536	6156	27	0	36	0	0	logfile
✘	6PW6	20500	2022-12-18	2019-07-22	4.5	4.56	4.36	4.5	0.021	1.78	0.0	0.11	10.80	0.01	2.200	1.86	0.56	2.7	97.2	0.2	0.50	0.74	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15942	1842	45	0	108	0	0	logfile
✘	6LT4	0967	2022-12-19	2020-01-21	4.5	4.86	—	4.8	0.006	0.92	0.0	0.05	15.21	0.00	1.863	25.41	1.54	7.7	92.3	0.0	-0.98	0.75	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	68432	8722	28	0	56	0	0	logfile
✘	6ZHD	11218	2022-12-18	2020-06-22	3.7	4.31	—	3.8	0.008	1.45	10.0	0.10	12.70	0.01	1.973	5.32	0.74	3.6	96.3	0.0	-0.92	0.89	0.88	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26927	3353	29	0	66	0	0	logfile
✘	6YMX	10847	2022-12-22	2020-04-10	3.17	3.73	3.27	3.6	0.010	1.11	0.0	0.06	15.99	0.01	1.201	7.02	0.39	6.1	93.9	0.1	-5.84	0.76	0.85	2.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47034	5759	47	0	38	0	0	logfile
✘	6V4D	21040	2022-12-18	2019-11-27	3.8	4.13	—	4.1	0.007	0.90	0.0	0.06	13.63	0.01	1.752	21.75	1.35	7.0	93.0	0.0	-3.84	0.49	0.80	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3095	422	1	0	0	0	0	logfile
✘	6UD3	20731	2022-12-18	2019-09-18	3.5	4.06	3.46	3.8	0.018	1.60	0.0	0.11	11.84	0.01	2.293	7.52	0.00	4.6	95.4	0.0	-1.90	0.79	0.78	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14346	1765	10	0	6	0	0	logfile
✘	6YXR	10995	2022-12-19	2020-05-03	3.4	3.53	3.43	3.5	0.019	2.32	2.0	0.14	19.66	0.02	1.197	27.04	0.44	4.1	95.7	0.3	-3.53	0.67	0.76	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31910	2783	20	0	194	0	0	logfile
✘	6YMY	10848	2022-12-18	2020-04-10	3.41	3.81	3.50	3.7	0.008	1.25	0.0	0.06	16.55	0.01	0.424	7.47	0.27	8.9	91.0	0.1	-6.00	0.68	0.82	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14612	1766	19	0	16	0	0	logfile
✘	6VFi	21173	2022-12-19	2020-01-05	4.54	4.63	4.54	4.5	0.018	1.47	0.0	0.09	10.93	0.01	2.449	0.53	0.00	1.3	98.7	0.0	1.21	0.74	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60925	7875	50	0	0	0	0	logfile
✘	6VY2	21456	2022-12-18	2020-02-25	4.86	6.05	—	5.2	0.006	0.91	0.0	0.07	14.28	0.00	2.056	18.44	4.96	5.7	93.8	0.5	-2.41	0.82	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	2442	66	0	180	0	0	logfile
✘	6TRC	10558	2022-12-19	2019-12-18	2.98	3.06	—	3.1	0.010	1.16	0.0	0.07	19.32	0.02	1.220	9.53	1.42	7.9	92.1	0.0	-3.92	0.71	0.79	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	75591	6849	99	0	402	651	0	logfile
✘	7JPW	22425	2022-12-18	2020-08-10	3.2	3.29	—	3.2	0.015	1.06	0.0	0.06	18.76	0.01	2.068	16.08	11.04	9.6	90.3	0.1	-4.54	0.69	0.85	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18583	2257	4	0	12	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 443
• next →