Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6ZY9	11555	2023-04-23	2020-07-30	3.3	3.42	—	3.5	0.004	0.81	0.0	0.05	12.81	0.01	2.174	2.45	0.25	4.7	95.3	0.0	-5.76	0.62	0.71	1.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14973	1985	14	0	4	0	0	logfile
✘	7XL3	33271	2023-04-27	2022-04-21	3.13	3.20	—	3.2	0.002	0.39	0.0	0.04	12.03	0.00	2.263	4.77	1.08	2.9	97.1	0.0	-4.73	0.73	0.79	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25700	3480	8	0	3	0	0	logfile
✘	7CFS	30346	2023-04-21	2020-06-28	3.56	3.72	—	3.7	0.008	0.94	0.0	0.06	15.94	0.01	1.835	5.64	0.60	5.9	94.1	0.0	-5.35	0.79	0.84	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9974	1278	6	0	10	0	0	logfile
✘	6GDG	4390	2023-04-20	2018-04-23	4.11	3.92	—	4.0	0.008	1.10	0.0	0.06	12.81	0.00	2.449	0.87	2.07	4.9	94.6	0.5	-3.15	0.76	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7223	997	6	0	1	0	0	logfile
✘	7XTC	33446	2023-04-23	2022-05-16	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16301	1038	5	0	2	0	8097	logfile
✘	7Ji3	22343	2023-04-20	2020-07-22	3.46	4.28	—	4.0	0.005	0.79	0.0	0.05	13.46	0.01	2.365	6.77	0.00	3.6	96.4	0.0	-5.13	0.64	0.72	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6000	777	3	0	0	0	0	logfile
✘	7QEV	13942	2023-04-19	2021-12-03	2.9	3.46	—	3.1	0.009	0.86	0.0	0.05	13.68	0.00	2.164	5.92	0.00	4.3	95.7	0.0	-0.15	0.79	0.86	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3204	383	6	0	8	8	0	logfile
✘	7DBH	30631	2023-04-21	2020-10-20	3.6	4.18	—	3.4	0.007	0.74	1.0	0.05	28.88	0.00	1.451	11.99	0.17	3.2	96.8	0.0	0.54	0.91	0.85	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10631	697	10	252	0	0	0	logfile
✘	7X26	32959	2023-04-20	2022-02-25	3.685	3.39	—	3.9	0.011	1.46	1.0	0.09	14.53	0.01	2.186	10.90	9.27	16.2	81.1	2.7	-3.21	0.68	0.74	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4828	641	3	0	0	0	0	logfile
✘	7JPT	22422	2023-04-21	2020-08-09	3.2	3.54	3.50	3.5	0.002	0.55	0.0	0.04	13.65	0.00	2.267	8.72	3.48	6.8	93.2	0.1	-4.02	0.66	0.71	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10220	1327	3	0	5	0	0	logfile
✘	7VD6	31906	2023-04-26	2021-09-06	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23937	1916	31	0	196	13	0	logfile
✘	6oLL	20116	2023-04-25	2019-04-16	4.1	4.59	—	4.4	0.004	1.05	0.0	0.06	6.94	0.01	2.400	0.40	0.00	2.0	97.8	0.2	-0.51	0.67	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10426	2114	6	0	0	0	0	logfile
✘	7WLM	32588	2023-04-20	2022-01-13	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7308	603	9	0	51	54	0	logfile
✘	7DXA	30902	2023-04-23	2021-01-18	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15162	1629	23	0	50	0	0	logfile
✘	6WTi	21897	2023-04-21	2020-05-02	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9980	1207	8	0	14	0	0	logfile
✘	5T4D	8354	2023-04-23	2016-08-29	3.0	3.12	2.96	3.1	0.010	0.81	0.0	0.05	8.91	0.00	2.120	12.34	0.26	4.4	95.6	0.0	-2.69	0.75	0.79	4.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14876	1852	8	0	12	0	0	logfile
✘	6XKT	22224	2023-04-22	2020-06-27	3.75	3.88	—	3.8	0.009	0.99	1.0	0.07	13.78	0.01	1.732	26.25	0.08	16.5	83.1	0.4	-4.20	0.75	0.79	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13079	1678	12	0	8	0	0	logfile
✘	7P2Q	13172	2023-04-20	2021-07-06	4.9	4.54	—	4.3	0.004	0.84	0.0	0.05	8.76	0.01	2.264	4.17	0.00	5.0	95.0	0.0	-3.09	0.77	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4780	587	5	0	5	0	0	logfile
✘	6PPL	20442	2023-04-20	2019-07-08	3.02	3.14	—	3.1	0.010	0.99	0.0	0.25	14.17	0.01	1.917	3.20	0.23	2.7	97.3	0.0	-6.00	0.74	0.86	4.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8155	980	6	0	4	0	0	logfile
✘	5GW4	9540	2023-04-22	2016-09-08	4.7	4.89	—	4.8	0.001	0.42	0.0	0.04	7.26	0.00	2.187	6.49	0.00	4.3	95.6	0.1	-3.58	0.77	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64544	8446	16	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 372
• next →