Table showing results for November 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6UXA	20931	2023-11-15	2019-11-07	4.5	5.05	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.628	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.71	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	7WU5	32820	2023-11-14	2022-02-05	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6948	888	4	0	2	0	0	logfile
✘	6AEi	9615	2023-11-18	2018-08-05	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21142	2568	8	0	13	0	0	logfile
✘	6DG8	7883	2023-11-16	2018-05-17	3.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16715	1955	24	0	40	0	0	logfile
✘	7X76	33033	2023-11-15	2022-03-09	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64334	3793	18	168	15	0	31436	logfile
✘	7K10	22619	2023-11-14	2020-09-06	3.3	3.44	—	3.4	0.006	0.98	0.0	0.05	15.43	0.01	2.300	4.19	0.37	10.6	89.3	0.1	-5.28	0.72	0.77	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10037	1259	1	0	0	0	0	logfile
✘	7CFS	30346	2023-11-14	2020-06-28	3.56	3.72	—	3.7	0.008	0.94	0.0	0.06	15.94	0.01	1.835	5.64	0.60	5.9	94.1	0.0	-5.35	0.79	0.84	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9974	1278	6	0	10	0	0	logfile
✘	5XNN	6743	2023-11-14	2017-05-23	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10020	854	8	0	72	0	0	logfile
✘	6SGA	10177	2023-11-20	2019-08-03	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137038	15423	77	463	790	0	0	logfile
✘	8EAo	27792	2023-11-18	2022-08-29	3.2	4.04	3.15	20.0	0.003	0.60	0.0	0.05	14.09	0.00	2.197	10.56	0.10	3.6	96.4	0.0	1.03	0.18	0.04	-0.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71628	8964	24	0	0	0	0	logfile
✘	8iV5	35741	2023-11-13	2023-03-26	3.77	3.99	3.73	4.0	0.007	0.88	0.0	0.06	13.90	0.01	2.297	5.11	0.91	7.9	92.1	0.0	-3.73	0.48	0.70	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5096	645	6	0	3	0	0	logfile
✘	6GDG	4390	2023-11-14	2018-04-23	4.11	3.92	—	4.0	0.008	1.10	0.0	0.06	12.81	0.00	2.449	0.87	2.07	4.9	94.6	0.5	-3.15	0.76	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7223	997	6	0	1	0	0	logfile
✘	6TF9	10491	2023-11-16	2019-11-13	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7M9C	23723	2023-11-20	2021-03-30	4.2	4.61	3.85	4.2	0.003	0.64	4.0	0.04	14.80	0.00	1.350	9.42	0.10	2.6	97.3	0.1	0.09	0.78	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30517	3598	26	66	10	0	0	logfile
✘	7DBH	30631	2023-11-15	2020-10-20	3.6	4.18	—	3.4	0.007	0.74	1.0	0.05	28.88	0.00	1.451	11.99	0.17	3.2	96.8	0.0	0.54	0.91	0.85	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10631	697	10	252	0	0	0	logfile
✘	7UFM	26477	2023-11-22	2022-03-22	3.9	2.97	4.04	1.8	0.009	1.77	14.0	0.08	22.53	0.01	1.075	9.26	24.41	11.0	89.0	0.0	-4.66	0.68	0.65	0.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36392	4354	30	72	14	0	0	logfile
✘	7QEV	13942	2023-11-13	2021-12-03	2.9	3.46	—	3.1	0.009	0.86	0.0	0.05	13.68	0.00	2.164	5.92	0.00	4.3	95.7	0.0	-0.15	0.79	0.86	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3204	383	6	0	8	8	0	logfile
✘	7ND7	12278	2023-11-21	2021-01-30	3.6	3.91	—	3.8	0.004	0.63	0.0	0.05	11.00	0.00	2.229	3.62	0.38	3.7	96.2	0.2	-0.12	0.77	0.72	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29591	3699	30	0	64	0	0	logfile
✘	7E0H	30932	2023-11-14	2021-01-28	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8017	661	6	0	57	0	0	logfile
✘	7ZR8	14886	2023-11-13	2022-05-03	3.7	3.81	3.43	3.8	0.003	0.46	0.0	0.04	8.45	0.00	2.181	7.02	0.74	3.9	96.1	0.0	-0.94	0.72	0.82	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3693	471	4	0	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 528
• next →