cryo-EM Re-Refine

Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6KAC	9955	2023-04-28	2019-06-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	77947	7858	126	0	318	595	0	logfile
✘	7UT8	26760	2023-04-25	2022-04-26	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20221	2538	18	0	13	29	0	logfile
✘	7JR7	22443	2023-04-23	2020-08-11	3.3	3.18	—	3.3	0.010	1.34	4.0	0.08	11.83	0.01	2.254	3.49	0.57	2.6	97.0	0.4	0.62	0.65	0.79	2.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15799	2020	6	0	0	0	0	logfile
✘	8ERA	28551	2023-04-28	2022-10-11	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29054	3644	6	0	2	0	0	logfile
✘	7YRQ	34064	2023-04-21	2022-08-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9812	1247	4	0	2	0	0	logfile
✘	7RR6	24653	2023-04-26	2021-08-09	3.1	3.36	3.18	3.3	0.008	1.21	12.0	0.08	15.64	0.01	2.102	14.14	0.44	5.0	95.0	0.0	-1.19	0.74	0.84	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23821	3063	6	0	35	0	0	logfile
✘	7UTA	26764	2023-04-27	2022-04-26	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24323	3068	20	0	22	55	0	logfile
✘	7D0J	30536	2023-04-26	2020-09-10	3.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	68860	5923	56	0	453	0	0	logfile
✘	6PLS	20374	2023-04-23	2019-07-01	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14610	1720	15	0	75	0	0	logfile
✘	5GKY	9518	2023-04-21	2016-07-07	3.8	4.18	—	4.0	0.017	1.70	19.0	0.10	11.29	0.01	1.789	19.04	0.51	5.8	91.8	2.5	-2.71	0.73	0.79	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111036	15068	12	0	4	0	0	logfile
✘	6PLU	20376	2023-04-23	2019-07-01	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14665	1720	15	0	80	0	0	logfile
✘	6WLW	21844	2023-04-26	2020-04-20	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22145	2749	35	0	61	0	0	logfile
✘	6PLV	20377	2023-04-23	2019-07-01	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14655	1725	15	0	75	0	0	logfile
✘	6U8Q	20689	2023-04-25	2019-09-05	4.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21129	2442	18	96	6	0	0	logfile
✘	7PMN	13539	2023-04-28	2021-09-02	3.2	3.93	—	3.5	0.007	0.94	0.0	0.05	14.26	0.01	1.984	0.34	0.55	2.9	97.1	0.0	-0.35	0.79	0.71	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	74640	9131	28	67	11	0	0	logfile
✘	6ZJi	11234	2023-04-21	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6VXK	21442	2023-04-24	2020-02-22	3.1	3.57	—	3.2	0.011	0.84	0.0	0.05	14.73	0.00	2.122	15.37	8.05	10.5	89.5	0.0	-3.69	0.86	0.88	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17418	2254	8	0	18	0	0	logfile
✘	7WDB	32436	2023-04-26	2021-12-21	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22400	2660	8	0	28	0	0	logfile
✘	7SPB	24769	2023-04-21	2021-11-02	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7Li9	23364	2023-04-20	2021-01-26	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6174	767	5	0	13	0	0	logfile