Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7AA5	11690	2023-04-25	2020-09-03	4.18	4.64	—	4.4	0.006	0.92	2.0	0.04	14.67	0.00	2.119	21.41	2.04	15.1	84.7	0.2	-4.78	0.69	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19705	2448	5	0	1	0	8	logfile
✘	7T4K	25678	2023-04-20	2021-12-10	3.25	3.56	3.27	3.4	0.005	0.88	0.0	0.05	12.76	0.01	2.287	3.74	0.15	2.3	97.7	0.0	0.51	0.73	0.84	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6180	782	2	0	0	0	0	logfile
✘	7oY8	13110	2023-04-26	2021-06-23	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22902	2293	103	0	68	372	0	logfile
✘	7Q3L	13793	2023-04-25	2021-10-28	2.21	2.93	2.31	2.6	0.008	1.50	26.0	0.12	15.22	0.01	1.876	2.99	2.50	3.2	96.8	0.0	-1.25	0.81	0.86	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20470	2440	16	41	4	180	0	logfile
✘	7JPT	22422	2023-04-21	2020-08-09	3.2	3.54	3.50	3.5	0.002	0.55	0.0	0.04	13.65	0.00	2.267	8.72	3.48	6.8	93.2	0.1	-4.02	0.66	0.71	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10220	1327	3	0	5	0	0	logfile
✘	7RBV	24403	2023-04-29	2021-07-06	3.6	3.85	—	3.8	0.005	0.79	0.0	0.05	13.64	0.00	2.167	6.90	0.19	8.0	91.8	0.2	-1.94	0.72	0.74	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30431	3718	40	0	111	0	0	logfile
✘	5UCY	8539	2023-04-27	2016-12-22	4.6	4.99	—	4.6	0.011	1.21	3.0	0.06	13.21	0.01	0.244	89.25	0.68	11.3	88.3	0.5	-4.47	0.50	0.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24990	2610	12	3	6	0	4452	logfile
✘	7XTC	33446	2023-04-23	2022-05-16	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16301	1038	5	0	2	0	8097	logfile
✘	8DQ0	27645	2023-04-26	2022-07-18	3.74	3.61	3.79	3.6	0.008	0.98	0.0	0.05	15.88	0.01	2.203	6.20	1.20	4.9	95.1	0.0	-1.54	0.53	0.72	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17129	1075	6	0	2	0	8445	logfile
✘	7N6B	24206	2023-04-20	2021-06-08	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5942	757	1	0	2	0	0	logfile
✘	7X26	32959	2023-04-20	2022-02-25	3.685	3.39	—	3.9	0.011	1.46	1.0	0.09	14.53	0.01	2.186	10.90	9.27	16.2	81.1	2.7	-3.21	0.68	0.74	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4828	641	3	0	0	0	0	logfile
✘	7XJi	33228	2023-04-20	2022-04-18	3.9	3.60	3.70	3.9	0.003	0.60	0.0	0.04	13.86	0.00	2.165	9.02	0.00	4.3	95.7	0.0	-0.25	0.61	0.78	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7851	1027	6	0	1	0	0	logfile
✘	7DBH	30631	2023-04-21	2020-10-20	3.6	4.18	—	3.4	0.007	0.74	1.0	0.05	28.88	0.00	1.451	11.99	0.17	3.2	96.8	0.0	0.54	0.91	0.85	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10631	697	10	252	0	0	0	logfile
✘	6XKT	22224	2023-04-22	2020-06-27	3.75	3.88	—	3.8	0.009	0.99	1.0	0.07	13.78	0.01	1.732	26.25	0.08	16.5	83.1	0.4	-4.20	0.75	0.79	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13079	1678	12	0	8	0	0	logfile
✘	7ZQ9	14867	2023-04-21	2022-04-29	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	92130	4713	47	0	397	88	35670	logfile
✘	6RAJ	4777	2023-04-21	2019-04-06	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10198	1282	5	0	4	0	0	logfile
✘	6WTi	21897	2023-04-21	2020-05-02	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9980	1207	8	0	14	0	0	logfile
✘	7DXA	30902	2023-04-23	2021-01-18	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15162	1629	23	0	50	0	0	logfile
✘	8HJ9	34835	2023-04-20	2022-11-22	3.12	3.29	3.00	3.2	0.004	0.65	0.0	0.04	15.54	0.00	2.234	10.94	0.00	2.7	97.3	0.0	1.80	0.43	0.76	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3274	416	1	0	1	0	0	logfile
✘	7XL4	33272	2023-04-27	2022-04-21	3.86	3.92	—	3.8	0.001	0.36	0.0	0.04	9.42	0.00	2.274	4.13	0.00	1.4	98.6	0.0	-4.82	0.78	0.75	1.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24560	3479	8	0	3	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 372
• next →