Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7WST	32766	2023-04-21	2022-02-01	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9438	1202	4	0	8	0	0	logfile
✘	7D8X	30614	2023-04-21	2020-10-11	2.6	2.78	—	2.7	0.010	1.31	0.0	0.06	11.16	0.01	2.221	3.29	0.18	5.1	94.9	0.0	-3.36	0.70	0.86	4.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10928	1314	13	0	28	0	0	logfile
✘	7A69	11667	2023-04-22	2020-08-25	3.2	3.36	—	3.3	0.014	1.06	0.0	0.18	14.34	0.00	2.042	11.79	4.42	4.7	95.2	0.1	-2.83	0.63	0.76	2.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12637	1596	4	0	9	0	0	logfile
✘	7ZES	14692	2023-04-22	2022-03-31	3.1	3.32	3.11	3.4	0.005	0.61	0.0	0.04	13.69	0.01	1.966	5.90	0.00	2.3	97.7	0.0	0.35	0.75	0.82	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13538	1654	6	10	4	0	0	logfile
✘	6YMY	10848	2023-04-23	2020-04-10	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14612	1766	19	0	16	0	0	logfile
✘	8DJM	27461	2023-04-20	2022-07-01	3.23	3.66	3.31	3.6	0.029	1.53	2.0	1.04	15.98	0.00	1.844	8.23	0.82	3.7	96.3	0.0	-2.26	0.49	0.75	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7032	862	7	0	8	0	0	logfile
✘	8FHD	29082	2023-04-22	2022-12-14	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12686	1467	6	0	35	0	0	logfile
✘	7LB5	23263	2023-04-26	2021-01-07	3.16	4.00	—	3.7	0.003	0.52	0.0	0.04	14.28	0.00	2.323	7.12	0.93	1.9	98.1	0.0	-1.95	0.87	0.84	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23616	3120	12	0	0	0	0	logfile
✘	7VFV	31960	2023-04-25	2021-09-13	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19776	2383	8	0	40	0	0	logfile
✘	7WSF	32756	2023-04-23	2022-01-29	2.87	3.08	—	3.1	0.003	0.44	0.0	0.04	11.23	0.00	2.016	6.14	3.87	2.7	97.3	0.0	-0.12	0.72	0.81	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7170	879	3	0	1	0	0	logfile
✘	6YXR	10995	2023-04-21	2020-05-03	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31910	2783	20	0	194	0	0	logfile
✘	7YR5	34046	2023-04-20	2022-08-08	3.63	3.97	3.62	3.9	0.005	0.81	0.0	0.05	13.92	0.00	2.250	8.97	0.00	5.5	94.5	0.0	-0.05	0.57	0.78	1.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4828	622	2	0	0	0	0	logfile
✘	7L8G	23233	2023-04-23	2020-12-31	4.3	4.35	4.01	4.1	0.022	1.76	0.0	0.16	10.27	0.02	2.354	1.35	0.00	1.2	98.8	0.0	0.64	0.79	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15802	1695	39	0	307	0	0	logfile
✘	7CUW	30475	2023-04-21	2020-08-25	2.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9839	1199	6	0	9	0	0	logfile
✘	7M5X	23684	2023-04-23	2021-03-25	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15476	1000	1	0	25	11	7545	logfile
✘	6JP5	9866	2023-04-26	2019-03-25	2.9	3.03	—	3.1	0.016	1.54	4.0	0.13	14.11	0.01	1.921	28.83	6.11	7.7	91.7	0.6	-3.65	0.56	0.62	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22068	2694	14	0	39	0	0	logfile
✘	6CRX	7575	2023-04-27	2018-03-19	3.9	4.05	4.09	3.9	0.010	1.12	1.0	0.06	9.42	0.01	2.208	7.00	0.18	6.8	93.2	0.0	-3.73	0.76	0.75	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26012	3203	33	0	74	0	0	logfile
✘	7SY3	25515	2023-04-28	2021-11-24	2.95	3.95	—	3.2	0.005	0.82	0.0	0.06	13.42	0.01	2.278	2.67	0.00	1.9	98.1	0.0	-0.06	0.84	0.82	2.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27001	3321	26	0	62	0	0	logfile
✘	5GKY	9518	2023-04-21	2016-07-07	3.8	4.18	—	4.0	0.017	1.70	19.0	0.10	11.29	0.01	1.789	19.04	0.51	5.8	91.8	2.5	-2.71	0.73	0.79	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111036	15068	12	0	4	0	0	logfile
✘	6PLR	20373	2023-04-23	2019-07-01	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14685	1735	15	0	75	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 372
• next →